Puupuhaltimiin kuuluvat huilut, oboet, klarinetit, fagotit ja saksofonit. Alkuaikoina tämän ryhmän soittimet, saksofonia lukuun ottamatta, rakennettiin puusta. Nykyisin nimi on hiukan harhaanjohtava, koska poikkihuilu ja saksofonit rakennetaan metallista ja muiden soitinten opetusversioita voidaan rakentaa eboniitista tai muovista. Ryhmää yhdistävänä tekijänä onkin niiden toimintatapa.

Orkesterissa käytettävissä puupuhaltimissa on läppäkoneisto, jolla putkessa olevat äänireiät voidaan avata tai sulkea. Läppiä on ollut pakko ottaa käyttöön, koska reiät on usein sijoitettu niin kauas toisistaan, ettei niitä yletä painamaan sormilla tai reiät ovat olleet niin isoja, ettei sormi peitä niitä. Ensimmäiset kokeilut läppien käyttämisestä soittimissa on tehty jo 1400-luvulla. Läppien määrä lisääntyi aikojen kuluessa. Vuonna 1832 Theobald Böhm sai valmiiksi poikkihuilun, johon hän oli tehnyt koko soittimen kattavan läppäkoneiston, joka mahdollisti äänireikien sijoittamisen akustisesti parhaille paikoille.

1700-luvun puoleenväliin saakka puupuhaltimien sormiaukot ja läpät sijoitettiin siten, että soittimia oli mahdollista soittaa kummalta puolelta tahansa. Läppien määrän lisääntyessä soittimien rakentaminen kaksipuolisiksi vaikeutui ja 1700-luvun lopulla sovittiin, että vasen käsi on soitettaessa aina lähempänä suukappaletta.