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Text File  |  1993-02-08  |  3.2 KB  |  70 lines
  1. 020.18: Molecular Biology: ICGEBnet
  2. by Sandor Pongor, Gyorgy Simon and Arturo Falaschi
  3. <pongor@icgeb.trieste.it>
  4. <simon@icgeb.trieste.it>
  5. <falaschi@icgeb.trieste.it>
  6.  
  7.  
  8. The International Centre for Genetic Engineering and
  9. Biotechnology (ICGEB) is an institute operated by the United
  10. Nations Industrial Development Organization to help developing
  11. countries strengthen their research abilities in molecular
  12. biology and to provide information on various biotech-related
  13. issues such as biosafety and patenting.  ICGEB has two research
  14. components, situated in Trieste, Italy and New Delhi, India.
  15.  
  16. One of the fundamental tools in molecular biology is access to
  17. gene sequence databases.  Mega-projects, such as the sequencing
  18. of the human genome in the US, are pouring data into the
  19. databanks.  Every time a new gene or protein sequence is
  20. determined experimentally, researchers must search  these
  21. databanks for similar sequences.
  22.  
  23. This task is far beyond the reach of small computers and is best
  24. done by using centralized computer resources such as maintained
  25. by EMBL (the European Molecular Biology Laboratory) in Europe or
  26. GenBank in the US.  In addition to access to the databases, these
  27. systems provide services such as electronic mail, bulletin
  28. boards, and access to file archives.
  29.  
  30. ICGEB provides a similar resource for developing countries.
  31. ICGEBnet provides on-line access to the major sequence data
  32. banks, including the EMBL nucleic acid sequence databank which is
  33. updated daily.  ICGEBnet is a node of EMBnet, the informatics
  34. network of the European Molecular Biology Organization.
  35.  
  36. In addition to the EMBL data bank, ICGEB supports a wide variety
  37. of other data resources, such as the HIV sequence databases
  38. HIV-NA and HIV-AA, the Japanese Protein Research Foundation's
  39. protein sequence database SEQDB, and the SBASE protein domain
  40. library (developed at ICGEB).
  41.  
  42. On-line software includes packages for representing and
  43. manipulating nucleic acid and protein sequence data, as well as
  44. FASTA and TFASTA for sequence similarity searching, and CLUSTAL
  45. for multiple sequence alignment. Other utilities include
  46. electronic mail, a bulletin board, and the gopher service.
  47.  
  48. Access to ICGEBnet resources is available to all ICGEB member
  49. country scientists; however, preference will be given to those
  50. scientists whose research is directly related to the research
  51. goals of ICGEB.  The principal mechanism for remote access to the
  52. ICGEBnet is via the Italian ITAPAC X.25 PDN, permitting up to 16
  53. simultaneous incoming connections. In addition, ICGEBnet can also
  54. be accessed over the Internet via the International Centre for
  55. Theoretical Physics.  At the end of 1991, ICGEBnet had 300
  56. registered users.  ICGEBnet also serves as a training facility.
  57. The system is used extensively during the 15 or so ICGEB courses
  58. organized yearly, two of which are usually dedicated to computer
  59. applications.  A computer lab at ICGEB can host up to 25
  60. students.
  61.  
  62. ICGEBnet is maintained by ICGEB's Computer Services in
  63. collaboration with ICGEB's Protein Structure and Function Group.
  64. The joint research is focused on search methods for distant
  65. protein sequence homologies.
  66.  
  67. (S.P. is Head of Protein Structure/Function Group, G.S. is
  68. Systems Manager and A.F. is General Director, ICGEB, Padriciano
  69. 99, Area di Ricerca, 34012 Trieste, Italy)
  70.