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/ NetNews Usenet Archive 1993 #3 / NN_1993_3.iso / spool / comp / ai / genetic / 139 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1993-01-21  |  3.4 KB  |  70 lines
  1. Newsgroups: comp.ai.genetic
  2. Path: sparky!uunet!spool.mu.edu!yale.edu!yale!gumby!destroyer!cs.ubc.ca!uw-beaver!pauld
  3. From: pauld@cs.washington.edu (Paul Barton-Davis)
  4. Subject: Re: So, genetic algorithms have nothing to do with genetics?
  5. Message-ID: <1993Jan21.094615.27344@beaver.cs.washington.edu>
  6. Sender: news@beaver.cs.washington.edu (USENET News System)
  7. Organization: Precipitating Pendulums Postal Party Poopers
  8. References: <1jlmb2INNjp4@gaia.ucs.orst.edu> <1993Jan21.092927.4669@CSD-NewsHost.Stanford.EDU>
  9. Date: Thu, 21 Jan 93 09:46:15 GMT
  10. Lines: 58
  11.  
  12. In article <1993Jan21.092927.4669@CSD-NewsHost.Stanford.EDU> jek@Xenon.Stanford.EDU (James E. Kittock) writes:
  13. >In article <1jlmb2INNjp4@gaia.ucs.orst.edu> choup@ava.bcc.orst.edu (Ping Chou) writes:
  14. >
  15. >>        Do you really believe the complete genome of HIV is just a 4-state
  16. >>bits encoded string?
  17. >
  18. >Well, in a sense, sure.  Why?  What do you know that we
  19. >don't?  How about educate us rather than chastise us!
  20.  
  21. Here's a start: its highly probable that variations in the physical
  22. structure of the DNA are intimately involved in regulating expression,
  23. both in the sense of levels (via histone binding) and process control
  24. (start, stop, splice points). This physical structure is
  25. simultaneously redundant (similar sequences can give rise to the same
  26. physical structure, within the limits of protein binding resolution
  27. anyway) but is also cross-correlated (you need <pattern-1> here, and
  28. <pattern2> there in order to get the effect).
  29.  
  30. Although these effects are not completely lost by using a 4 state
  31. representation, they are considerably less obvious.
  32.  
  33. >>        Then please, give youself a chance, take a look at any modern
  34. >>genetics text book, and be a cross-discipline expert.
  35. >
  36. >It is pretty arrogant to assume that people who work
  37. >with genetic algorithms have no knowledge of genetics!
  38. >Furthermore, different people have different interests,
  39. >and you can't be sure what each person ought to study.
  40. >For example, there is relatively little need for
  41. >someone interested in modelling the evolution of
  42. >populations to have a thorough understanding of, say,
  43. >molecular biology even though it relates to genetics.
  44.  
  45. Perhaps you could explain why you believe this to be so. I can think
  46. of several arguments against this.
  47.  
  48. >For those non-biologists interested in getting some
  49. >background on cell physiology and/or genetics, I highly
  50. >recommend "The Living Cell", by Christian de Duve from
  51. >the Scientific American library series.  It is getting
  52. >a bit "old" (1985?) but I assume the basic top-level
  53. >picture it presents is still mostly "correct".  More
  54. >importantly it is scientific without being pedantic and
  55. >boring and yet it is not too "popular".
  56.  
  57. If you can handle Alberts et al. "Molecular Biology of the Cell",
  58. you'll get more up to date info, nice pictures and lots of references.
  59. Also, see Ben Lewin's "Genes" for a mind-boggling view of just how
  60. complex biological genetics really is. You don't need to understand it
  61. all - just get a feel for the actual complexities.
  62.  
  63. -- paul (ex-theoretical mol.biologist turned operating systems
  64.      hacker and a-life private explorer)
  65. -- 
  66. hybrid rather than pure; compromising rather than clean;    | Militant Agnostic
  67. distorted rather than straightforward; ambiguous rather than| I Don't Know
  68. articulated; both-and rather than either-or; the difficult  |   and You Don't
  69. unity of inclusion rather than the easy unity of exclusion. |   Know Either
  70.