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/ NetNews Usenet Archive 1993 #3 / NN_1993_3.iso / spool / bit / listserv / infogcg / 343 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1993-01-23  |  3.3 KB  |  64 lines
  1. Newsgroups: bit.listserv.info-gcg
  2. Path: sparky!uunet!mcsun!sunic!aun.uninett.no!nuug!nntp.uio.no!biotek25.uio.no!rodrigol
  3. From: rodrigol@biotek25.uio.no (Rodrigo Lopez)
  4. Subject: Re:      Re: Remaking GCG Images
  5. Message-ID: <1993Jan23.162833.26976@ulrik.uio.no>
  6. Sender: news@ulrik.uio.no (Mr News)
  7. Nntp-Posting-Host: biotek25.uio.no
  8. Organization: The Norwegian EMBnet node
  9. References:  <01GTUALDKHMO00074F@hmivax.humgen.upenn.edu>
  10. Date: Sat, 23 Jan 1993 16:28:33 GMT
  11. Lines: 51
  12.  
  13. In article <01GTUALDKHMO00074F@hmivax.humgen.upenn.edu>,         Charles Bailey <BAILEY@HMIVAX.HUMGEN.UPENN.EDU> writes:
  14. |> Elizabeth Cowe (liz@molbiol.ox.ac.uk) writes on 22-Jan-1993"
  15. |> |In article <1993Jan20.131824.24442@ulrik.uio.no>, rodrigol@biotek25.uio.no
  16. |> |(Rodrigo Lopez) writes:
  17. |> |>
  18. |> | [change MAXENXCOUNT parameter assignment]
  19. |> |>
  20. |> |> $ copy enzdata.inc geninclude:enzdata.inc
  21. |> |> $ make/compile findpatterns
  22. |> |
  23. |> |I don't think it's as simple as this - I think you will have to recompile all
  24. |> |the of subroutines that include enzdata.inc (and the routines that use include
  25. |> |files that include enzdata.inc!) and then remake the object libraries before
  26. |> |running the make/compile findpatterns step.
  27. |> 
  28. |> This is correct in principle, but the MaxEnzCount parameter isn't used in any
  29. |> of the library subroutines, so you can get away in this case with simply
  30. |> recompiling the affected applications.  Along these lines, Motifs also uses
  31. |> EnzData, so you might want to remake it with the higher max.  The same could be
  32. |> said of Map* and PeptideSort, though one might argue that it's unlikely you'll
  33. |> need to run them with >2K enzymes.  In general, however, I'd advocate remaking
  34. |> binaries whenever the source is changed; when debugging, it's nice to know that
  35. |> the source you're reading is actually what's running (or not).
  36. |> 
  37. |> I hope this helps.  Good luck to all.
  38. |> 
  39. |>                                         Regards,
  40. |>                                         Charles Bailey
  41. |> 
  42. |> !-------------------------------------------------------------------------------
  43. |> !             Dept. of Genetics / Howard Hughes Medical Institute
  44. |> ! University of Pennsylvania School of Medicine  Rm. 430 Clinical Research Bldg.
  45. |> !     422 Curie Blvd.  Philadelphia, PA 19104 USA      Tel. (215) 898-1699
  46. |> !          Internet: bailey@genetics.upenn.edu  (IN 128.91.200.37)
  47. |> !-------------------------------------------------------------------------------
  48.  
  49. My original posting was meant as a specifical fix for the Find-
  50. Patterns program. Liz & Charles correctly point out that all 
  51. PROGRAMS making use of EnzData.Inc should be rebuild, but ONLY,
  52. as pointed by Charles, IF one requires more than 2K of enzymes
  53. with Map, MapPlot, MapSort, PeptideSort, Motifs, etc...
  54.  
  55. -- 
  56. ***************************************************************************
  57. * RODRIGO LOPEZ SERRANO              Biotechnology Centre of Oslo         *
  58. * Tel: XX-47-2-958756                Gaustadalleen 21                     *
  59. * Fax: XX-47-2-694130                P.B. 1125 Blindern                   *
  60. *                                    0316 Oslo 3 Norway                   *
  61. * rodrigol@biomed.uio.no                                                  *
  62. * rodrigol@ulrik.uio.no                                                   *
  63. ***************************************************************************
  64.