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/ NetNews Usenet Archive 1993 #3 / NN_1993_3.iso / spool / bit / listserv / infogcg / 342 < prev    next >
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Text File  |  1993-01-23  |  2.5 KB  |  53 lines
  1. Comments: Gated by NETNEWS@AUVM.AMERICAN.EDU
  2. Path: sparky!uunet!paladin.american.edu!auvm!HMIVAX.HUMGEN.UPENN.EDU!BAILEY
  3. X-Delivery-Notice:  SMTP MAIL FROM does not correspond to sender.
  4. Return-Path: <BAILEY@hmivax.humgen.upenn.edu>
  5. X-Envelope-To: Info-GCG@UToronto.BitNet
  6. X-Vms-To: IN%"Info-GCG@UToronto.BitNet"
  7. X-Vms-Cc: BAILEY
  8. Message-ID: <01GTUALDKHMO00074F@hmivax.humgen.upenn.edu>
  9. Newsgroups: bit.listserv.info-gcg
  10. Date:         Sat, 23 Jan 1993 01:58:00 EST
  11. Reply-To:     Charles Bailey <BAILEY@HMIVAX.HUMGEN.UPENN.EDU>
  12. Sender:       "INFO-GCG: GCG Genetics Software Discussion"
  13.               <INFO-GCG@UTORONTO.BITNET>
  14. From:         Charles Bailey <BAILEY@HMIVAX.HUMGEN.UPENN.EDU>
  15. Subject:      Re: Remaking GCG Images
  16. Comments: To: Info-GCG@UToronto.BitNet
  17. Lines: 34
  18.  
  19. Elizabeth Cowe (liz@molbiol.ox.ac.uk) writes on 22-Jan-1993"
  20. |In article <1993Jan20.131824.24442@ulrik.uio.no>, rodrigol@biotek25.uio.no
  21. |(Rodrigo Lopez) writes:
  22. |>
  23. | [change MAXENXCOUNT parameter assignment]
  24. |>
  25. |> $ copy enzdata.inc geninclude:enzdata.inc
  26. |> $ make/compile findpatterns
  27. |
  28. |I don't think it's as simple as this - I think you will have to recompile all
  29. |the of subroutines that include enzdata.inc (and the routines that use include
  30. |files that include enzdata.inc!) and then remake the object libraries before
  31. |running the make/compile findpatterns step.
  32.  
  33. This is correct in principle, but the MaxEnzCount parameter isn't used in any
  34. of the library subroutines, so you can get away in this case with simply
  35. recompiling the affected applications.  Along these lines, Motifs also uses
  36. EnzData, so you might want to remake it with the higher max.  The same could be
  37. said of Map* and PeptideSort, though one might argue that it's unlikely you'll
  38. need to run them with >2K enzymes.  In general, however, I'd advocate remaking
  39. binaries whenever the source is changed; when debugging, it's nice to know that
  40. the source you're reading is actually what's running (or not).
  41.  
  42. I hope this helps.  Good luck to all.
  43.  
  44.                                         Regards,
  45.                                         Charles Bailey
  46.  
  47. !-------------------------------------------------------------------------------
  48. !             Dept. of Genetics / Howard Hughes Medical Institute
  49. ! University of Pennsylvania School of Medicine  Rm. 430 Clinical Research Bldg.
  50. !     422 Curie Blvd.  Philadelphia, PA 19104 USA      Tel. (215) 898-1699
  51. !          Internet: bailey@genetics.upenn.edu  (IN 128.91.200.37)
  52. !-------------------------------------------------------------------------------
  53.