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/ NetNews Usenet Archive 1993 #3 / NN_1993_3.iso / spool / bit / listserv / infogcg / 344 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1993-01-23  |  2.9 KB  |  96 lines
  1. Comments: Gated by NETNEWS@AUVM.AMERICAN.EDU
  2. Path: sparky!uunet!paladin.american.edu!auvm!GCG.COM!HOGAN
  3. Message-ID: <9301231708.AA24176@gcg.com>
  4. Newsgroups: bit.listserv.info-gcg
  5. Date:         Sat, 23 Jan 1993 11:08:57 -0600
  6. Reply-To:     hogan@GCG.COM
  7. Sender:       "INFO-GCG: GCG Genetics Software Discussion"
  8.               <INFO-GCG@UTORONTO.BITNET>
  9. From:         hogan@GCG.COM
  10. Subject:      fix for findpatterns
  11. Comments: To: info-gcg@utoronto.bitnet@gcg.com
  12. Lines: 82
  13.  
  14. I just wanted to expand on Rodrigo Serrano's fix to FINDPATTERNS.  He may not
  15. have realized that the file enzdata.inc is included in a number of our applib
  16. routines which are then linked to a number other pattern matching programs
  17. (including FINDPATTERNS).
  18.  
  19. If you want to change the GCG code to accommodate a larger pattern file
  20. (specifically tfsites.dat) the complete VMS fix for enlarging MAXENZCOUNT
  21. follows:
  22.  
  23. $ gcg
  24.  
  25. $ gcgsupport
  26.  
  27. $ copy geninclude:enzdata.inc []
  28.  
  29. edit enzdata.inc and increase MAXENZCOUNT (I've gone as high as 3000 without
  30. raising virtual memory requirements above the 25,000 pages we recommend)
  31.  
  32. The line
  33.  
  34.          Parameter MAXENZCOUNT     = 2000,   ! size of enzdata buffer
  35.  
  36. should be changed to read
  37.  
  38.          Parameter MAXENZCOUNT     = 2500,   ! size of enzdata buffer
  39.  
  40. $ copy enzdata.inc geninclude:enzdata.inc
  41.  
  42. $ remakelib applib
  43.  
  44. $ make/compile findpatterns
  45.  
  46. $ make/compile map
  47.  
  48. $ make/compile mapplot
  49.  
  50. $ make/compile mapsort
  51.  
  52. MOTIFS, REFORMAT and PEPTIDESORT also use these applib routines, but  these
  53. programs are not used with tfsites.dat and so do not have to be remade with the
  54. higher parameter.
  55.  
  56. The procedure for making the change on a UNIX system is similar.
  57.  
  58. % gcg
  59.  
  60. % gcgsupport
  61.  
  62. % getsrc include enzdata.inc
  63.  
  64. edit enzdata.inc and increase MAXENZCOUNT (I've gone as high as 3000 without
  65. raising virtual memory requirements above the 25,000 pages we recommend)
  66.  
  67. The line
  68.  
  69.          Parameter MAXENZCOUNT     = 2000,   ! size of enzdata buffer
  70.  
  71. should be changed to read
  72.  
  73.          Parameter MAXENZCOUNT     = 2500,   ! size of enzdata buffer
  74.  
  75. % putsrc include enzdata.inc
  76.  
  77. % buildlib
  78.  
  79. % buildfapp findpatterns map mapplot mapsort
  80.  
  81. The buildlib command will build all of the libraries that need to be updated.
  82. How extensive this build is will depend on the status of the library files at
  83. your site.
  84. For example, if you recently installed the entire package from CD and did not
  85. run build, this command will compile all of the GCG libraries (this will take
  86. some time).
  87. If the programs being built are running when you start the buildfapp command,
  88. the build will fail with an error message about  "text file busy".
  89.  
  90. ------------------------------------------------------
  91. Michael Hogan, PhD              phone:  (608) 231-5200
  92. Genetics Computer Group, Inc.     fax:  (608) 231-5202
  93. 575 Science Dr., Suite B        e-mail: help@gcg.com
  94. Madison, WI  53711              e-mail: hogan@gcg.com
  95. ------------------------------------------------------
  96.