home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ NetNews Usenet Archive 1993 #1 / NN_1993_1.iso / spool / bionet / software / 2376 < prev    next >
Encoding:
Internet Message Format  |  1993-01-05  |  2.1 KB
  1. Path: sparky!uunet!biosci!MED.PITT.EDU!bsh
  2. From: bsh@MED.PITT.EDU (Basavaraju Shankarappa)
  3. Newsgroups: bionet.software
  4. Subject: Re: software for silent mutagenesis
  5. Message-ID: <9301052220.AA09065@miranda.med.pitt.edu>
  6. Date: 5 Jan 93 22:20:49 GMT
  7. References: <9212302202.AA15166@net.bio.net>
  8. Sender: daemon@net.bio.net
  9. Distribution: bionet
  10. Lines: 34
  11.  
  12. > In article <1992Dec30.185104.9506@alw.nih.gov> usdin@helix.nih.gov (Ted Usdin) writes:
  13. > >Weiner and Scheraga (CABIOS, vol 5 pp191-198, 1989) described a Macintosh
  14. > >program (Gene.Design.?) to assist in introducing restriction sites into DNA without changing the amino
  15. > >acid sequence.  Does anyone know where I can get a copy of this, or a similar
  16. > >program that runs on a Macintosh?
  17. > 
  18. > There is a similar program which runs on a PC called OligoMutantMaker.
  19. > It is available by anonymous ftp from:
  20. > Host fly.bio.indiana.edu
  21. > 
  22. >     Location: /molbio/ibmpc
  23. >            FILE -rw-r--r--       8540  May 14 1991  oligo.doc
  24. >            FILE -rw-r--r--     231882  May 14 1991  oligo.uue
  25. > Dan Jacobson
  26. > danj@welchgate.welch.jhu.edu
  27.  
  28.     I would like to add that we have also developed a PC compatible
  29. program called SILMUT for identifying regions for the introduction of 
  30. restriction enzyme sites by silent mutagenesis.  Although we have used
  31. the same principle as detailed in the above two programs our approach 
  32. was highly simplified.  This programs just tells you what restriction
  33. enzyme/s can be introduced by silent mutagenesis in a specific sequence
  34. of amino or nucleic acid.  This program is most useful for those who are
  35. contemplating introduction of RE sites to generate casette vectors or
  36. for swapping specific fragments of a gene in a construct.  
  37.     The program is also available on fly.bio.indiana.edu in the 
  38. directory molbio/ibmpc as two files: Silmut.xxx.  
  39.     The work has been published in Biotechinques 12: 882-884 (1992).
  40. The program sets include source codes for the program which has been internally
  41. documented.  The programs work in PC and unix machines but if anyone can 
  42. make it work on a Mac, we would welcome that.
  43.  
  44. Raj Shankarappa
  45. bsh@med.pitt.edu 
  46.