home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ NetNews Usenet Archive 1993 #1 / NN_1993_1.iso / spool / bionet / software / 2377 < prev    next >
Encoding:
Internet Message Format  |  1993-01-06  |  2.8 KB
  1. Path: sparky!uunet!spool.mu.edu!agate!biosci!CLVAX1.CL.MSU.EDU!preissj
  2. From: preissj@CLVAX1.CL.MSU.EDU ("J Preiss--Seq Anal")
  3. Newsgroups: bionet.software
  4. Subject: Small scale Auto Sequence entry system
  5. Message-ID: <9301060448.AA14938@net.bio.net>
  6. Date: 6 Jan 93 04:39:00 GMT
  7. Sender: daemon@net.bio.net
  8. Distribution: bionet
  9. Lines: 61
  10.  
  11. sequence.pgm
  12.  
  13.      I am looking for a system for automating entry of sequence
  14. data into the computer in our lab.
  15.  
  16.      We are a midsized (about 12 of us) biochemistry lab who
  17. sequence 2-10 kb per year to verify clones and site directed
  18. mutants.  We use Sanger di-deoxy sequencing with Sequenase and
  19. 35-S-dATP on acrylamide gels and X-ray film.  We use an IBM clone
  20. (386-25) and GCG on a VAX for sequence analysis.
  21.  
  22.      Currently we read sequence films on a light box, record data
  23. on scratch paper, and type it into the computer for analysis. 
  24. This is tedious and error prone.
  25.  
  26.      The lab PI recently asked me to recommend a system to enter
  27. sequence data into the computer automatically.  He wants to spend
  28. under $1,000- and wants to stick to the traditional autorad
  29. technology that he feels comfortable with.
  30.  
  31.      I have a vision of a system in mind, but have no idea if
  32. anything like it exists.  I envision a small scanner device to
  33. enter data into the computer and software which would allow you
  34. to see the autorad on screen.  I would like to see a visual
  35. picture of the computers choices for reading the sequence which
  36. could be edited on screen by the user.  Data should be in a
  37. format which could be easily saved as an ASCII file of sequence
  38. or directly shipped down to the vax for GCG to analyze.
  39.  
  40.      Ideally, I would like some versatility in the system.  If I
  41. had a scanner on hand, I would like to be able to use it to enter
  42. sequence from old publications or faxed data directly from text
  43. on paper.  I would like the option to digitize pictures of
  44. agarose gels into the computer to use graphics programs to add
  45. pointers and text to the gel picture for publication quality
  46. figures. 
  47.  
  48.      This system would require some hardware and some software,
  49. of which we have neither.  The last system I used was purchased
  50. around 1986 and I no longer have access to it or any of it's
  51. components.  Any suggestions for hardware and/or software for a
  52. system like this would be greatly appreciated.  In leu of my
  53. dream system, I would also appreciate any recommendations from
  54. people using small scale automated sequence data entry systems. 
  55. Any warnings or advice will be greatly appreciated.
  56.  
  57.      A summary will be posted back to the net if I get anything
  58. interesting and helpful back.  If I get nothing I will try
  59. posting to autoseqs, but I don't subscribe to that group.
  60.  
  61.  
  62.           Thanks
  63.  
  64.           Dr.  Leonard N. Bloksberg
  65.           PreissJ@clvax1.cl.msu.edu
  66.           Dept. of Biochemistry
  67.           Michigan State University
  68.  
  69.                          "Life is weird"
  70.  
  71.  
  72.