home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ NetNews Usenet Archive 1993 #1 / NN_1993_1.iso / spool / bionet / software / 2375 < prev    next >
Encoding:
Internet Message Format  |  1993-01-05  |  4.1 KB
  1. Path: sparky!uunet!zaphod.mps.ohio-state.edu!saimiri.primate.wisc.edu!ames!ig!biosci!SALK-SC2.SDSC.EDU!mangalam
  2. From: mangalam@SALK-SC2.SDSC.EDU (Harry Mangalam)
  3. Newsgroups: bionet.software
  4. Subject: Re: Mac plasmid programs?
  5. Message-ID: <9301062004.AA02606@salk-sgi.sdsc.edu>
  6. Date: 6 Jan 93 20:04:19 GMT
  7. Sender: daemon@net.bio.net
  8. Distribution: bionet
  9. Lines: 63
  10.  
  11. Scott Monsma writes:
  12. >Is anyone aware of Mac programs for keeping records of plasmid constructs?
  13. >Such program would hopefully also draw graphic maps of the plasmids,
  14. >and keep sequence information.  Thanks!
  15.  
  16.    As a matter of fact, yes....  Check out the program Gene Construction
  17. Kit - an excerpt a critically disclaimed review follows (also check Peter
  18. Markiewicz's reviews on the same (but older version of the) program.
  19.  
  20. Gene Construction Kit by Textco (vox/fax: 603 643 1471) is also a
  21. relatively new entry but it is an extremely interesting cloning tool.  All
  22. of the previously mentioned programs allow you to 'clone electronically',
  23. but GCK is optimized for it (and does nothing else).  It is made only for
  24. the Mac and while it may run on B+W Macs, it really requires a color
  25. monitor to show its stuff.  It combines elements of a drawing program and
  26. sequence editor to allow you to cut and paste elements of a number of
  27. sequences together to form new constructs.  It remembers the history (even
  28. multiple histories) of the sequences you use to clone, what enzymes you
  29. used to clip the sequences, what you did to the ends to allow ligation (and
  30. prevents you from performing biologically impossible operations); whatever
  31. you create, you have a detailed construction history.  It now also allows
  32. boolean searches of the associated text boxes in which you store any
  33. comments.  In this way you could for instance, search all your "electronic
  34. freezer" for any constructs that had a luciferase reporter gene AND amp AND
  35. tet but NOT kan resistance genes.  
  36.    Besides being a great idea, it is also extraordinarily easy to use.  The
  37. last program that attempted this trick was a piece of work from
  38. Intelligenetics called Stratagene (A great idea, if only they hadn't made
  39. it for _only_ a $30,000 Xerox LISP workstation and demanded about $50,000
  40. for the software).  Despite my aforementioned rage at demos, there is an
  41. excellent demo-tutorial of GCK available at the usual archives
  42. (ftp.bio.indiana.bio, in the IUBIO Software+Data/molbio/mac folder by
  43. gopher).  
  44.    There is also a new demo available direct from the company.  From my
  45. experience with the new demo and its very reasonable cost (especially
  46. compared to the amount of aggro and wasted time that a questionable
  47. contruct can bring to a lab) there is no reason why any cloning lab should
  48. be without this bit of software.  Surprisingly enough, it is also available
  49. as a networked version, one of the few that is - however, Textco has taken
  50. a somewhat contrary approach in pricing - they base their pricing not only
  51. on the number of copies you buy (the more, the cheaper, as usual), but also
  52. on the number of Macs that can be served (the larger the number, the more
  53. expensive).  There is a logic to it, but it is not the usual logic 8). 
  54. And, unlike the DNASTAR network license, GCK uses Keyserver, which allows
  55. you find out how many keys are checked out, who has them and for how long. 
  56. For a largish institution, this allows (evil word follows) recharging for
  57. use, if anyone cares. 
  58.  
  59.    Later today, I'll upload the demo mentioned within to the Indiana (if
  60. there's still room) and U Houston archives.  You can also get it direct
  61. from our anonymous FTP server - FTP to salk-sc2.sdsc.edu, login as
  62. anonymous, any password, get the 890K(!), binhexed, self extracting archive
  63. named GCK_DEMO.SEA_HQX (it's a VAX, he said apologetically) in the
  64. directory [anonymous.mac].
  65.  
  66. Cheers
  67. Harry
  68.  
  69. Harry Mangalam                                   Vox:(619) 453-4100, x250
  70. Dept of Biocomputing                                   Fax:(619) 552-1546
  71. The Salk Institute                        1'   mangalam@salk-sc2.sdsc.edu
  72. 10010 N Torrey Pines Rd                   2'        hjm@salk-sgi.sdsc.edu
  73. La Jolla CA 92037                         3'         mangalam@salk.bitnet
  74.