home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ The Datafile PD-CD 5 / DATAFILE_PDCD5.iso / rasmol / scipts / mhc / !MHC / MHCPOLY_SC < prev    next >
Text File  |  1995-10-03  |  1KB  |  61 lines
  1. zap
  2. load "hla-a2.pdb"
  3. restrict 1-180:a
  4. wireframe off
  5. backbone 0.6
  6.  
  7. rotate z 125
  8. rotate y 3
  9. rotate x -149
  10. translate x -6
  11. translate y 3
  12. zoom 200
  13. select 1-90:a
  14. color blue
  15. select 91-180:a
  16. color [0,200,150]
  17. select atomno=735
  18. color white
  19. label HLA-A2
  20. set fontsize 20
  21. script clrleg.scr
  22. echo Here is the groove of HLA-A2.
  23. pause
  24.  
  25. select 1-180:a
  26. center selected #if done earlier, causes Y bug
  27. select 9:a or 95:a or 97:a or 116:a or 114:a
  28. define floor selected
  29. color orange
  30. #Bjorkman et al., Nature 329:512, 1987, Fig. 3b,c.
  31. echo The polymorphic residues of the floor are orange.
  32. pause
  33.  
  34. select 71:a or 62:a or 65:a or 66:a or 67:a or 70:a or 77:a or 80:a
  35. define lips selected
  36. color yellow
  37. select 156:a or 163:a
  38. define lips selected or lips
  39. color yellow
  40. select atomno=735
  41. label off
  42. echo The polymorphic residues of the lips are yellow.
  43. pause
  44.  
  45. select floor or lips
  46. wireframe 0.4
  47. pause
  48.  
  49. zoom 150
  50. script y-90-3.scr
  51. script y3.scr
  52. script y3.scr
  53. select atomno=735
  54. color blue
  55. select 1-180:a
  56. spacefill
  57. pause
  58.  
  59. script y-90-3.scr
  60. pause
  61.