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/ The Datafile PD-CD 5 / DATAFILE_PDCD5.iso / rasmol / scipts / mhc / !MHC / MHC1E_SCR < prev    next >
Text File  |  1995-09-30  |  942b  |  57 lines
  1. #script mhc1dz.scr
  2. #pause
  3.  
  4. #STRUCTURE-COLORED TCR VIEW
  5.  
  6. #ROTATE TO GROOVE-END VIEW
  7. script x-90-3.scr
  8. script y3.scr
  9. pause
  10.  
  11. #INSERT GREEN PEPTIDE
  12. select :p
  13. spacefill
  14. script clrleg.scr
  15. echo The peptide has been restored in spacefilling representation.
  16. pause
  17.  
  18. #ROTATE TO SIDE VIEW
  19. script y3.scr
  20. pause
  21.  
  22. #FILL MHC
  23. select 1-182:a
  24. spacefill
  25. echo
  26. echo Spacefilling representation of the alpha chain shows that
  27. echo the peptide is buried in the groove.
  28. pause
  29.  
  30. slab
  31. script clrleg.scr
  32. echo Here we have sliced down the middle of the molecule, revealing
  33. echo the peptide encased in the groove.
  34. pause
  35.  
  36. spacefill off
  37. pause
  38.  
  39. backbone on
  40. pause
  41.  
  42. slab off
  43. pause
  44.  
  45. select :p
  46. spacefill off
  47. wireframe 0.5
  48. pause
  49.  
  50. color cpk
  51. zoom 250
  52. translate y 60
  53. script clrleg.scr
  54. echo Some amino acid sidechains stick up towards the TCR (Phe, Asn)
  55. echo while others are anchored in the floor of the groove (Tyr, Leu).
  56. pause
  57.