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/ The Datafile PD-CD 5 / DATAFILE_PDCD5.iso / rasmol / scipts / bilayer / !Bilayer / PCW40_SCR < prev    next >
Text File  |  1996-06-15  |  1KB  |  74 lines
  1. zap
  2. load "slicecbw.pdb"
  3. script palmyell.scr
  4. SELECT ALL
  5. wireframe 0.3
  6. select phosphorus
  7. spacefill
  8. rotate y 90
  9.  
  10. #SHOW TOP SLICE W/O WATER
  11. restrict 141-160
  12. zoom 150
  13. refresh
  14. script delay1.scr
  15. script wave5.scr
  16.  
  17. #SHOW SLICE BILAYER WITHOUT WATER
  18. select lip
  19. wireframe 0.3
  20. select phosphorus
  21. spacefill
  22. echo
  23. echo The row is copied to form a bilayer row of 40 phospholipids,
  24. pause
  25. refresh
  26. script Y90-3.SCR
  27.  
  28. #ZOOM DOWN TO MAKE ROOM FOR WATER
  29. zoom 120
  30. select lip and not phosphorus
  31. wireframe 0.5
  32. refresh
  33. script delay3.scr
  34.  
  35. #SHOW WATER WIREFRAME
  36. select water
  37. color greenblue
  38. wireframe
  39. echo and water molecules (bluegreen) are fitted against each surface.
  40. pause
  41. refresh
  42. script delay1.scr
  43. script Y90-3.SCR
  44.  
  45. #SHOW WATER SPACEFILL
  46. select water
  47. spacefill
  48. refresh
  49. script delay3.scr
  50.  
  51. #SPACEFILL ALL
  52. select all
  53. spacefill
  54. refresh
  55. script wave5.scr
  56.  
  57. #BACK TO WIREFRAME
  58. select lip and not phosphorus
  59. pause
  60. spacefill off
  61. restrict not water
  62. refresh
  63. script delay3.scr
  64.  
  65. restrict phosphorus
  66. echo
  67. echo Here are just the 40 phosphorus atoms so you can see how
  68. echo they are arranged.
  69. pause
  70. refresh
  71. script delay3.scr
  72. script x90-3.scr
  73. script delay3.scr
  74.