home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ The Datafile PD-CD 5 / DATAFILE_PDCD5.iso / rasmol / scipts / bilayer / !Bilayer / PC4_SCR < prev    next >
Text File  |  1996-06-15  |  2KB  |  145 lines
  1. zap
  2. load "slc-w.pdb"
  3. wireframe 0.4
  4. script palmyell.scr
  5. restrict 152
  6. rotate y 90
  7. zoom 200
  8. refresh
  9. script delay3.scr
  10.  
  11. restrict 152
  12. select (lip.c15 or lip.c35) and 152
  13. spacefill
  14. script clrleg.scr
  15. echo We'll highlight the terminal carbons.
  16. pause
  17. refresh
  18. script delay3.scr
  19.  
  20. select 148 or 156 or 160
  21. wireframe 0.4
  22.  
  23. #DIFFERENTLY COLOR 4 PC'S IN A ROW
  24. select (lip.c15 or lip.c35) and 148
  25. spacefill
  26. select 148
  27. color yellow
  28.  
  29. select (lip.c15 or lip.c35) and 152
  30. spacefill
  31. select 152
  32. color green
  33.  
  34. select (lip.c15 or lip.c35) and 156
  35. spacefill
  36. select 156
  37. color magenta
  38.  
  39. select (lip.c15 or lip.c35) and 160
  40. spacefill
  41. select 160
  42. color white
  43.  
  44. echo .
  45. echo FOUR Phosphatidyl Cholines.
  46. pause
  47. translate x -10
  48. refresh
  49. script delay3.scr
  50.  
  51. script x-90-3.scr
  52. script delay3.scr
  53.  
  54. #ASSEMBLE TETRAD
  55. restrict not 148
  56. select 149
  57. wireframe 0.4
  58. select (lip.c15 or lip.c35) and 149
  59. spacefill
  60. select 149
  61. color yellow
  62. refresh
  63. script delay3.scr
  64.  
  65. #zoom 500
  66. echo Notice how the leg of one PC fits between the legs of the other.
  67. pause
  68. #refresh
  69. #script delay1.scr
  70. #script delay1.scr
  71. #zoom 200
  72. #refresh
  73. script delay3.scr
  74.  
  75. restrict not 160
  76. select 150
  77. wireframe 0.4
  78. select (lip.c15 or lip.c35) and 150
  79. spacefill
  80. select 150
  81. color white
  82. refresh
  83. script delay3.scr
  84.  
  85. restrict not 156
  86. select 151
  87. wireframe 0.4
  88. select (lip.c15 or lip.c35) and 151
  89. spacefill
  90. select 151
  91. color magenta
  92. translate x 0
  93. refresh
  94. script delay3.scr
  95.  
  96. zoom 500
  97. script delay5.scr
  98. script wave1.scr
  99. zoom 200
  100. script delay3.scr
  101.  
  102. #TURN TETRAD UPRIGHT AND ROTATE
  103. script x90-3.scr
  104. script y90-3.scr
  105.  
  106. select all
  107. color cpk
  108. script palmyell.scr
  109.  
  110. select 149-152
  111. spacefill off
  112. select 149-152 and (phosphorus or nitrogen)
  113. spacefill
  114. select 149-152
  115. echo Nitrogens (in choline) and phosphoruses are enlarged.
  116. pause
  117. refresh
  118.  
  119. script y90-3.scr
  120. #ROTATE SO WE LOOK DOWN ON TOPS
  121. script x90-3.scr
  122.  
  123. #zoom 500
  124. #script delay3.scr
  125. #spacefill
  126. #script wave.scr
  127. #script delay1.scr
  128.  
  129. #spacefill off
  130. #wireframe 0.2
  131. #select 149-152 and (nitrogen or phosphorus)
  132. #spacefill
  133. #echo Nitrogens (in choline) and phosphoruses are enlarged.
  134. pause
  135. #refresh
  136. #script delay3.scr
  137. #
  138. #zoom 200
  139.  
  140. echo
  141. echo 5 phospholipid tetrads are copied into a tight-fitting row
  142. echo of 20 phospholipid molecules.
  143. pause
  144. script delay3.scr
  145.