home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Crawly Crypt Collection 1 / crawlyvol1.bin / apps / database / refbase / refbas14.doc < prev    next >
Text File  |  1992-08-17  |  66KB  |  1,284 lines
  1. RRRRRRR   EEEEEEEE  FFFFFFFF  BBBBBBB    AAAAAA    SSSSSS   EEEEEEEE
  2. RR    RR  EE        FF        BB    BB  AA    AA  SS    SS  EE
  3. RR    RR  EE        FF        BB    BB  AA    AA  SS        EE
  4. RRRRRRR   EEEEEE    FFFFFF    BBBBBBB   AAAAAAAA   SSSSSS   EEEEEE
  5. RR   RR   EE        FF        BB    BB  AA    AA        SS  EE
  6. RR    RR  EE        FF        BB    BB  AA    AA  SS    SS  EE
  7. RR    RR  EEEEEEEE  FF        BBBBBBB   AA    AA   SSSSSS   EEEEEEEE
  8.  
  9.  
  10. Manual to REFBASE Version 1.4  -  14 August 1992
  11.  
  12. Author:   Jan M. de Boer
  13.           Department of Nematology
  14.           Wageningen Agricultural University
  15.           P.O. Box 8123
  16.           6700 ES Wageningen
  17.           THE NETHERLANDS
  18.           Telephone:  08370-82427
  19.           Fax:        08370-84254
  20.  
  21.  
  22. Version 1.4 of REFBASE succeeds earlier versions which were released on 
  23. the following dates:
  24. 23 September 1991  - Preliminary version
  25. 12 January 1992    - Version 1.0
  26. 11 February 1992   - Version 1.1
  27. 13 April 1992      - Version 1.2
  28. 9  July 1992       - Version 1.3
  29.  
  30. This manual succeeds the manual of version 1.0, and it includes the 
  31. changes that have been made in the versions 1.1 to 1.4. For convenience a 
  32. separate file "UPDATE.DOC" is included as well to inform earlier users of 
  33. the changes and repairs that have been made.
  34.  
  35. REFBASE 1.4 is Public Domain. You are allowed to pass on copies of the 
  36. software provided that all original files and programs of the package are 
  37. included.
  38.  
  39. The author has been using REFBASE intensively for several months now, 
  40. and version 1.4 appears to be free of major bugs. Nevertheless, the 
  41. author takes no responsibility for any damage to data or hardware caused 
  42. by remaining defects in the program.
  43.  
  44. REFBASE was written with the GFA-Basic Interpreter V. 3.07, and compiled 
  45. with the GFA-Basic Compiler V. 3.03. A few pieces of assembly code have 
  46. been included as well. These were compiled with the GFA-Assembler.
  47.  
  48. This manual contains the following sections:
  49.  
  50. INTRODUCTION
  51. START/QUIT
  52. MAIN MENU
  53. INPUT
  54. DISPLAY
  55. FONTS
  56. AMEND RECORDS
  57. BLOCK FUNCTIONS
  58. SCREEN COLOUR
  59. SORTING
  60. GOTO
  61. SEARCHING/SELECTION
  62. TEXT MODE
  63. TAGGING
  64. LOADING FILES
  65. MEMORY MANAGEMENT
  66. SAVING FILES
  67. DELETING RECORDS
  68. FIND DUPLICATES
  69. CASE CONVERSION
  70. RECORDS MENU
  71. FIELDS MENU
  72. MODE MENU
  73. THE MOUSE
  74. KEYWORDS
  75. PRINTING
  76. CHAIN SEARCH
  77. FILE FORMAT / DATA EXCHANGE
  78. SUPPORTING PROGRAMS
  79. LIMITS OF REFBASE
  80.  
  81. ---------------------------------------------------------------------
  82. INTRODUCTION
  83.  
  84. REFBASE is a database program for storing scientific references. REFBASE 
  85. was designed primarily for handling titles from publications which have 
  86. appeared in journals; for storing book-titles the record layout is 
  87. probably somewhat less suitable.
  88.  
  89. REFBASE loads its data files completely into the memory of the computer. 
  90. The maximum size of files that can be displayed and sorted is therefore 
  91. limited by the amount of RAM that you have installed. If you have more 
  92. records than will fit in the computer's memory, you can store them in 
  93. several smaller files, which can then still be "chain searched" in a 
  94. single run.
  95.  
  96. The basic design of REFBASE was taken from Data Manager Professional (the 
  97. former TRIM-base), and many key functions are therefore still identical 
  98. in both programs. The aim was to develop a program that would overcome a 
  99. number of severe limitations of DM-Professional, and yet offer the same 
  100. user-friendly interface. Compared with DM-Professional, in REFBASE a 
  101. number of features have been greatly improved, such as (1) fast loading 
  102. of multiple files in memory, (2) fast scrolling, (3) easy splitting and 
  103. merging of files, (4) handling of large text fields for storing 
  104. abstracts, (5) high speed export of fields for keyword extraction, and 
  105. (6) instant printing of neat reports without having to switch to other 
  106. program modules and search for the correct report forms. In addition many 
  107. new features have been added.
  108.  
  109. REFBASE was developed on a Mega ST4 with TOS 1.4. Although REFBASE will 
  110. run on an ST with 1 Mb of memory and a single sided floppy disk drive, it 
  111. is advised to use at least 2 Mb of RAM and a hard disk. REFBASE will only 
  112. run in ST high resolution screen mode (640 x 400 pixels). It is advised 
  113. to install a screen accelerator such as Turbo ST or NVDI; this will 
  114. significantly speed up scrolling through the records.
  115.  
  116. REFBASE has not yet been seriously tested on the Atari TT. I think it 
  117. will probably run without problems on this machine as well, provided that 
  118. the program is started in ST-RAM. If you start REFBASE in TT-RAM problems 
  119. with the screen may be expected and possibly the program crashes right 
  120. from the start.
  121.  
  122. -------------------------------------------------------------------
  123. START/QUIT
  124.  
  125. After starting REFBASE the load menu is displayed. To load a file see 
  126. LOADING FILES. Click on EXIT or press ESC to enter the main menu. You can 
  127. quit REFBASE from the main menu by clicking on EXIT, or pressing ESC, and 
  128. answering the alert box. With CONTROL-X you can quit REFBASE immediately 
  129. from most points in the program and return to the Desktop without having 
  130. to answer an alert box.
  131.  
  132. --------------------------------------------------------------------
  133. MAIN MENU
  134.  
  135. Pressing HELP in the main menu gives a summary of the key functions.
  136.  
  137. The two rows of menu options at the top of the screen are selectable both 
  138. via the function keys and with the mouse. 
  139.  
  140. With F1 (Acc/Cpx) a drop down menu is created with which you can access 
  141. accessories such as the CPX control panel. You return to the main menu 
  142. by pressing ESCAPE or clicking on "Back to main menu". (During Display 
  143. the function of F1 is changed to a Fix/Float cursor toggle)
  144.  
  145. The other function key options are explained in the different sections of 
  146. the manual.
  147.  
  148. Other mouse selectable functions in the main menu are:
  149. Chain search             - See Chain search
  150. Display all records      - See Display
  151. Display selected records - See Display
  152. Display tagged records   - See Display
  153. Show selection rule      - See Searching/selection
  154. Save mode preferences    - See Mode menu
  155. Read drive               - to show/enter the drive from which files will 
  156.                            be loaded
  157. Write drive              - to show/enter the drive to which files will 
  158.                            be written
  159. EXIT                     - to return to the Desktop
  160. Disk space               - To ask for the free space on a specified 
  161.                            drive
  162. File size                - To calculate the size of the file(s) loaded, 
  163.                            and the average record size
  164.  
  165. Not selectable items are:
  166. The date and clock       - change them via the control panel
  167. Free memory              - this value is automatically updated whenever 
  168.                            operations affecting memory space are 
  169.                            performed.
  170. The file name "window"   - this only shows the file(s) currently loaded
  171.  
  172. --------------------------------------------------------------------
  173. INPUT
  174.  
  175. Click/press on INPUT (F5) to enter new records. Each record consists of 
  176. 10 fields for the following parts of a reference:
  177.  
  178. FIELD  LABEL     SIZE in      USE
  179.                  characters
  180.  
  181. 1      authors   70 x 2
  182. 2      year      4
  183. 3      subject   8            For dividing records in main categories
  184. 4      read/     8            To indicate whether or when an article
  185.        document               has been read; you can also use this field
  186.                               to store the document type (e.g. article,
  187.                               note, review)
  188. 5      file      6            For a short code to indicate the file from
  189.                               which record originates, or to which it
  190.                               must be added.
  191. 6      title     70 x 5
  192. 7      journal   50           including volume and page numbers
  193. 8      date      8            To store the date you entered the record
  194. 9      keywords  70 x 6
  195. 10     remarks   70 x 21      A multi-functional large text field, 
  196.                               suitable for entering remarks, storing   
  197.                               author's addresses, abstracts, or 
  198.                               marking labels.
  199.  
  200. The size and position of these fields is fixed. It is not possible to 
  201. rearrange or modify them to your own demands. All fields are text fields.
  202.  
  203. You start entering data in the first field. With the INSERT or CURSOR 
  204. DOWN keys you can move to the next field, and with the CURSOR UP key you 
  205. can return to previous fields. You can also place the cursor at the start 
  206. of any field by clicking on it with the mouse.
  207.  
  208. The fields 1, 6, 9, and 10 are "block" fields consisting of multiple 
  209. lines. Usually text in a block field is automatically formatted when 
  210. entering or inserting text. If this does not occur, you can induce a 
  211. reformat by deleting (and re-typing) a character in the preceding line. 
  212. The block-editor follows the style of 1st Word Plus, i.e. the lines in a 
  213. block field (=paragraph) should end with either a space of a hyphen (-).
  214. Internally the lines of a block field are always stored as a single line; 
  215. it is therefore not possible to force line separations in a block field 
  216. by pressing the RETURN key.
  217.  
  218. As soon as you enter the remarks field with the cursor it will be shown 
  219. in full size. You leave the remarks field again with the CURSOR UP key.
  220.  
  221. The field sizes shown in the table above are the limits for manual data 
  222. entry. If you wish you can overrule these limits with the "paste block" 
  223. or "search and replace" functions. The remarks field actually can display 
  224. 42 lines (two screens) of text, and is therefore suitable for storing 
  225. abstracts.
  226.  
  227. Other key functions are:
  228. BACKSPACE - erase character left of cursor
  229. DELETE    - erase character at cursor position
  230. RETURN    - moves cursor to next line.
  231. CLRHOME   - erase the contents of a field
  232. CONTROL-B - show block
  233. CONTROL-P - paste block at cursor position
  234. CONTROL-K - enter keywords menu
  235. SHIFT + CURSOR LEFT/RIGHT     - moves cursor to start/end of line
  236. SHIFT + CURSOR UP/DOWN        - moves cursor to first/last line of field
  237. CONTROL + CURSOR LEFT/RIGHT   - moves cursor one word left/right
  238. CONTROL + DELETE              - deletes word at cursor position
  239. UNDO                          - restores field contents
  240.  
  241. There are no provisions for entering special characters such as é, Ä, or 
  242. µ. With the new TOS versions 2.06 and 3.06 ALTERNATE + ASCII code will 
  243. automatically allow the entry such characters.
  244.  
  245. The contents of field 5 is automatically converted to upper case after 
  246. entry.
  247.  
  248. In fields 4 and 8, pressing the '#' key enters the system date in the 
  249. format YY/MM/DD (this format is easy to sort).
  250.  
  251. The length of the journal field has deliberately been kept short (50 
  252. characters) so that it can be easily displayed in table view. The journal 
  253. field is therefore only suitable for storing abbreviated journal names. 
  254. To ensure a correct sort, it is advised to be very consequent when typing 
  255. in the journal field. The author uses the following format:
  256.  
  257. J Examples 012:  12-18 (2)
  258.  
  259. The volume numbers consist of three digits, if necessary one or two of 
  260. them are typed as zero's. The starting page number always occupies four 
  261. character positions, of which up to three of may be filled up with 
  262. spaces. If desired, the issue number can be placed at the end of the line 
  263. in brackets; in this way it will have no influence on sorting.
  264.  
  265. By pressing TAB the record is accepted and added to the file. 
  266. Automatically a new blank record is displayed. You can stop data entry, 
  267. or reject a record, by pressing ESCAPE.
  268.  
  269. During data entry a beep will sound when CAPS LOCK is on.
  270.  
  271. After entering new or amended records by pressing TAB, (1) all fields 
  272. (except the journal field) are automatically checked for double spaces, 
  273. which can be removed by answering an alert box, (2) in block fields, 
  274. lines that did not yet end with a space or a hyphen "-" are automatically 
  275. provided with a terminal space, and (3) any lingering spaces at the end 
  276. of the fields are automatically removed.
  277.  
  278. ---------------------------------------------------------------------
  279. DISPLAY
  280.  
  281. Press "A" or "F3", or click on "Display" or "Display all records" to show 
  282. the records in the file(s) currently loaded. Alternatively, pressing "S" 
  283. or "D" or clicking on "Display selected records" or "Display tagged 
  284. records" will respectively show the selected or the tagged records.
  285.  
  286. You can scroll through the file with the CURSOR UP and CURSOR DOWN keys. 
  287. By simultaneously pressing CONTROL or SHIFT, you can scroll through the 
  288. file in steps of 20 records or 1/10 file length.
  289.  
  290. During display, the keyboard sound is switched off, so that you will not 
  291. continuously hear the cursor keys while scrolling.
  292.  
  293. With F8 ("View") or INSERT you can switch between "Card view" and "Table 
  294. view". In "Table view" you can use F9 ("Expand") to switch between a 
  295. compact one-screen table, and an expanded five screen wide table. In the 
  296. expanded table mode you switch between screens with the CURSOR LEFT and 
  297. CURSOR RIGHT keys.
  298.  
  299. In "table view" pressing F1 switches between a fixed and a floating 
  300. cursor. The mouse can be used to place the cursor on any desired record. 
  301.  
  302. In "table view" pressing CONTROL CURSOR UP/DOWN will jump one screen 
  303. full of records backward/forward. You can also scroll one page forward 
  304. or backward by using the SPACEBAR or the BACKSPACE key.
  305.  
  306. From the "Table view" you can press F10 to enter the "Title view" mode. 
  307. You can use the CURSOR UP/DOWN keys in combination with the CONTROL or 
  308. SHIFT key to scroll through the titles. Pressing CURSOR LEFT or CURSOR 
  309. RIGHT will start an automatic soft scroll, which can be stopped by 
  310. pressing any key. In "Title view" the "expand" function (F9) is inactive. 
  311. You can switch between "Title view" and "Card view" by pressing F8 or 
  312. INSERT. The normal table view is restored by pressing F10 again.
  313.  
  314. In the mode menu the speed of the automatic "Title view" soft scroll can 
  315. be varied by choosing between 0 and 9 "units of pause" between 
  316. consecutive records (one unit of pause is 400 ms). You can interrupt the 
  317. soft scroll also DURING a pause period by pressing any key.
  318.  
  319. You can tag a record by pressing "T". The tagged record is now shown in 
  320. grey. To release a tag press "T" a second time. You can use the tagging 
  321. facility to pick out manually a selection of records, for instance for 
  322. printing, or saving in a separate file. (see also TAGGING).
  323.  
  324. With CONTROL-CLRHOME you can jump to the first record in the file; with 
  325. CONTROL-Z you can jump to the last record in the file.
  326.  
  327. The numeric key pad can also be used to scroll through the records:
  328. +-------------+-------------+-------------+
  329. | (7)         | (8)         | (9)         |
  330. | Home        | Cursor Up   | Page Up     |
  331. +-------------+-------------+-------------+
  332. | (4)         |             | (6)         |
  333. | Cursor Left |             | Cursor Right|
  334. +-------------+-------------+-------------+
  335. | (1)         | (2)         | (3)         |
  336. | End         | Cursor Down | Page Down   |
  337. +-------------+-------------+-------------+
  338.  
  339. In "Card view" a copy of the current record can be made by pressing 
  340. CONTROL-D. The duplicate record will then be placed at the bottom of the 
  341. file.
  342.  
  343. In "Card View" pressing CONTROL-P prints the current record in full 
  344. "card" format to the parallel printer port, with a maximum line length 
  345. of 78 characters (Pica width). No printer control codes are given, except 
  346. for a formfeed at the end of the record.
  347.  
  348. In "Card view" pressing CONTROL-M activates a menu with which marking 
  349. labels can be inserted at the start of the Remarks field. Use this to 
  350. indicate what you want to do with the record. The marking labels are 
  351. placed between {}-brackets. You add (or remove) the labels by pressing 
  352. their first letter. Press "O" (= Order library) if you want to order a 
  353. copy of the article via the library, or "R" if you intend to ask for a 
  354. reprint. By pressing "D" (= Done + date) you can mark the date that the 
  355. request for the article was sent away. Alternatively use "F" if you want 
  356. to fetch the article from the nearest library, or "L" if you just want to 
  357. look it up. If by any chance a journal issue was not present in the 
  358. library (e.g. to the binder) you can come back later, and mark the record 
  359. with "M" (= Missing + date). With "A" (= Add) you can enter a text 
  360. yourself. Pressing "C" (= Clear) removes all marking labels in the 
  361. current record. You can switch off the mark menu by pressing CONTROL-M a 
  362. second time.
  363.  
  364. Both in card view and table view pressing HELP displays the remarks field 
  365. in full screen. In order to accommodate for large abstracts to be stored 
  366. in this field, the remarks field actually consists of two full screens, 
  367. and you can switch between them by pressing the CURSOR UP and CURSOR DOWN 
  368. keys. This two-screen facility, however, will only work if there is 
  369. enough text in the remarks field to fill more than one screen. Also it 
  370. does not work during manual data entry: in that case you are allowed to 
  371. type in only a single screen full of text. You can return to the normal 
  372. display mode by pressing HELP, ESC, or UNDO.
  373.  
  374. If the text in a block field is too large to be displayed, the bottom 
  375. line of the field will terminate with a ">>". If such a field occurs, 
  376. editing its text in the normal way with "amend" (F6) may give problems 
  377. because the limit for entering text in this field is already reached. 
  378. With a small block field (Authors, Title, or Keywords) it is possible to 
  379. copy its contents to the block buffer (see below), which offers more 
  380. space for editing. Then, after editing, you can copy the text back to the 
  381. field.
  382.  
  383. In "card view" clicking with the mouse on a field activates a menu with 
  384. which its contents can be erased, copied to the block buffer, or modified 
  385. by paste operations (see BLOCK FUNCTIONS).
  386.  
  387. You leave the Display mode by pressing or clicking F3 again, or by 
  388. pressing ESC or UNDO.
  389.  
  390. --------------------------------------------------------------------
  391. FONTS
  392.  
  393. During record display in "table view" and during display of keywords 
  394. pressing "F" or "f" switches between the 8*16 and 8*8 font. In "card 
  395. view" and "title view" only the 8*16 font is used.
  396.  
  397. ------------------------------------------------------------------
  398. AMEND RECORDS
  399.  
  400. In "Display mode" you can modify the contents of the current record by 
  401. pressing or clicking F6 ("Amend"). The cursor is placed in the first 
  402. field, and you can add or delete text as described under INPUT. Press TAB 
  403. to accept the modifications, press ESCAPE to exit "Amend" and leave the 
  404. original record unchanged.
  405.  
  406. --------------------------------------------------------------------
  407. BLOCK FUNCTIONS
  408.  
  409. You can cut and paste text between records using the block buffer. 
  410. Although in theory the maximum size of this buffer is 32767 characters, 
  411. the block editor will only allow you to type in a single screen full of 
  412. text.
  413.  
  414. You enter the block editor by pressing "B" in the main menu or during 
  415. display. If you are entering or editing a record, access to the block 
  416. editor is denied, and you can only "show" the block by pressing CONTROL-
  417. B. After having typed in a block text you must press TAB to save it to 
  418. the block buffer. Pressing ESC rejects the entered block text, and leaves 
  419. the original block unchanged. When records are displayed in "card view", 
  420. clicking with the mouse on any field activates a selection box with which 
  421. you can copy the contents of this field to the block buffer, or paste the 
  422. block contents to the start or the end of the field. "Fill with block" 
  423. completely replaces the field contents by the block text. Block copies 
  424. that are made like this ignore any limitations imposed on the field size.
  425.  
  426. If you are entering or editing records, pressing CONTROL-P will paste the 
  427. contents of the block buffer at the current cursor position. In this case 
  428. the block copy will stop as soon as the field is full.
  429.  
  430. In the Fields menu, choosing "Paste block" will allow you to insert a 
  431. block text in a given field in a range of records.
  432.  
  433. --------------------------------------------------------------------
  434. SCREEN COLOUR
  435.  
  436. In the main menu and during "Display" the screen colours can be inverted 
  437. by pressing "I" or CONTROL-I. Inverting the screen influences the line 
  438. length in "Table view": with white characters on a dark background, the 
  439. full width of the screen is used, and two extra characters per line are 
  440. displayed. The menu bar at the top of the screen will always be shown in 
  441. black.
  442.  
  443. --------------------------------------------------------------------
  444. SORTING
  445.  
  446. The records can be sorted by pressing or clicking on F4 ("Sort") and 
  447. selecting the desired sort field in the selection box. The current sort 
  448. is marked with an asterisk (*). Via the "Mode" menu you can indicate by 
  449. activation (=>) of "Recall previous sorts" whether or not you want 
  450. REFBASE to store the sort sequence. If this option is active, then 
  451. "stored sorts" are marked in the sort selection box with a dot (.). If 
  452. you sort on a field marked with a dot, REFBASE does not perform a sort, 
  453. but instead uses the stored sort sequence to arrange the records. With 
  454. large files this option allows instant switching between different sort 
  455. sequences (e.g. authors and journals) without having to wait. The maximum 
  456. number of stored sort sequences is three. If more new sort sequences are 
  457. added, the oldest ones are discarded. Stored sorts are erased if extra 
  458. files are loaded, or if records are added or deleted.
  459.  
  460. For multi-level sorts you simply do multiple sorts after each other, 
  461. starting with the innermost level. You may need to switch off "Recall 
  462. previous sorts" via the Mode menu if you want to sort like this.
  463.  
  464. During a sort only the first 60 characters of a field are considered.
  465.  
  466. The sorting algorithm uses a recursive "quicksort" procedure. Generally 
  467. this sort will be done very quickly. However, there is an exception: if 
  468. two identical or nearly identical files are loaded that were already 
  469. sorted on a given field, then a first sort on this same field may take 
  470. much more time than usual.
  471.  
  472. --------------------------------------------------------------------
  473. GOTO
  474.  
  475. By pressing or clicking on F7 ("Goto") during record display you can 
  476. instantly jump (by binary search) to a specified position in the file. 
  477. "Goto" only works with the field that the records are sorted on. 
  478. Depending on the display mode, you can jump through all records in the 
  479. file, or only through a subset of selected or tagged records.
  480.  
  481. --------------------------------------------------------------------
  482. SEARCHING/SELECTION
  483.  
  484. By pressing or clicking on F2 ("Select") you can search for records using 
  485. one or more selection criteria. By answering selection boxes you can 
  486. choose successively a field to be searched, a condition, and a search 
  487. text. In addition to the normal fields, it is possible to search the 
  488. "BASIC" pseudo field, which is a simultaneous search in both the title 
  489. and the keywords field.
  490.  
  491. A maximum of 5 selection criteria can be combined by clicking/pressing F3 
  492. ("AND") or F4 ("OR"). As soon as the selection rules have been entered, 
  493. the search can be started by clicking/pressing F10 ("Accept"). After the 
  494. search, an alert box shows the number of records found and asks whether 
  495. you want to see them.
  496.  
  497. After each search the record selection remains available. The selected 
  498. records can be displayed at any time by clicking on "Display selected 
  499. records" or pressing "S". Pressing "R" or clicking on "Display selection 
  500. rule" shows the selection rule that belongs to the current record 
  501. selection.
  502.  
  503. When searching with "Includes" and "Does not include", the "?" and "*" 
  504. may be used as wildcards. The "?" is a placeholder for one unknown 
  505. character. Similarly "???" specifies three unknown characters. The "*" is 
  506. placeholder for a variable number of unknown characters. It is not 
  507. allowed to let the search text begin or end with a "*" or "?", nor is it 
  508. allowed to use the combinations "?*", "*?" or "**". If desired, searching 
  509. with wildcards can be switched off via the "Mode" menu.
  510.  
  511. "Includes" and "Does not include" searching uses a "quickfind" algorithm, 
  512. which was described in the Dutch magazine "ST", issue 31 (may/june 1991). 
  513. Although this search routine appears to function correctly, it still is 
  514. possible to switch it off in the "Mode" menu. Searching will then proceed 
  515. with the standard search command (= INSTR) of GFA-BASIC. The speed of the 
  516. quickfind algorithm depends on the length of the search text: the more 
  517. characters you type in, the faster the search will be.
  518.  
  519. The quickfind algorithm works both in "ASCII" and "Alpha" text mode (see 
  520. below). The alphabetical search, however, will only work correctly with 
  521. the normal character set (ASCII code <128). If you want to search in 
  522. "Alpha" mode for special characters such as ä and Ä you must inactivate 
  523. the quickfind routine via the mode menu.
  524.  
  525. Via the "Mode" menu you can choose for searching with what I have called 
  526. "partial equation". This implies that in tests involving "<=", "=", ">", 
  527. or ">=" only the first few characters of a field are examined. The effect 
  528. is that searching is done in a more 'natural' way, instead of following 
  529. strict computer logic. For instance the search condition  " Authors <= E 
  530. " will normally not select records of which the authors field begins with 
  531. "Ea.." to "Ez..". With partial equation these records are included as 
  532. well, so that you end up with all authors of which the name begins with 
  533. A, B, C, D, or E, just as you wanted. If you deselect 'partial equation', 
  534. the search conditions "Begins with" and "Does not begin with" are changed 
  535. to "Is" and "Is not".
  536.  
  537. Searching in the BASIC pseudo field (Title plus Keywords) can only be 
  538. done with "Includes" and "Does not include".
  539.  
  540. Most of the functions of REFBASE can be applied to the selected records, 
  541. such as saving, printing, deleting, etc.
  542.  
  543. If you press CONTROL the F2 menu text will change to "Repeat". Clicking 
  544. on "Repeat" or pressing CONTROL-F2 allows you to repeat a search with the 
  545. latest selection rule.
  546.  
  547. ---------------------------------------------------------------------
  548. TEXT MODE
  549.  
  550. After starting REFBASE the default settings are to search and sort 
  551. alphabetically, i.e. no distinction is made between upper case and lower 
  552. case characters. By clicking on "Alpha" or pressing SHIFT-F5 you can 
  553. activate the "ASCII" search mode, in which upper and lower case 
  554. characters are treated differently during a "Select" operation. (This 
  555. switch is also available in the Chain Search and Keywords menus; see 
  556. below). If you want to sort your records by ASCII-code, you must activate 
  557. this option separately via the "Mode" menu. This automatically implies 
  558. that a number of other options ("GOTO", and "Find Duplicates") also will 
  559. distinguish between upper and lower case. "Search and Replace" (see 
  560. below) only works in ASCII mode.
  561.  
  562. ---------------------------------------------------------------------
  563. TAGGING
  564.  
  565. In "Display" mode records can be tagged by pressing "T". The tagged 
  566. records are marked with a "grey colour". From the main menu, you can 
  567. display the tagged records by pressing "D" or clicking on "Display tagged 
  568. records". To release a record tag simply press "T" again.
  569.  
  570. With "TagSel" (SHIFT-F9) you can tag all currently selected records. and 
  571. with "ClrTags" (SHIFT-F10) all current tags are erased. In addition the 
  572. "Records" menu has the options "Untag selected records", "Invert tags", 
  573. and "Tag all records".
  574.  
  575. Most of the functions of REFBASE can be applied to the selection of 
  576. tagged records, such as saving, printing, deleting, etc.
  577.  
  578. ---------------------------------------------------------------------
  579. LOADING FILES
  580.  
  581. By clicking on "Open" (SHIFT-F1) you enter the load menu, and the 
  582. directory of the current drive is searched for REFBASE files ending with 
  583. ".REF". You can also ask to display all files by clicking on the box with 
  584. " * ". Use the mouse to select one or more files to be loaded. By keeping 
  585. the mouse button depressed, you can select multiple files at once. Also 
  586. you can select them all, by clicking on "ALL". You can cancel a selection 
  587. by clicking on the file while keeping the CONTROL key depressed. UNDO 
  588. deselects all files. To load a selection of files click on LOAD. If you 
  589. already have loaded a file this will be erased and replaced by the new 
  590. file(s). Alternatively, you can choose to load extra files by clicking on 
  591. MERGE.
  592.  
  593. If multiple files are loaded, each new file will be placed at the 
  594. "bottom" of the previously loaded file(s), and all loaded files will be 
  595. treated as a single large file. The "window" in the main menu shows which 
  596. files are loaded. After each load or merge operation any stored sort 
  597. orders are erased, and the GOTO facility becomes inactive until you have 
  598. sorted the file again. You can interrupt the loading of files by pressing 
  599. ESC.
  600.  
  601. Folders are marked with a "*" before their name. Open them by clicking on 
  602. their name. To close a folder, click in the box showing the drive path. 
  603. You can switch between drives by clicking on the drive buttons. Drives 
  604. "C" to "P" are also selectable via the keyboard by pressing the 
  605. corresponding drive letter. If you select drive B, for security you will 
  606. be asked once whether this drive is really switched on. You can also 
  607. specify the drive for loading files in the main menu, by clicking on 
  608. "Read drive" and typing in the drive letter.
  609.  
  610. Read only files are marked with a "°" before their name.
  611.  
  612. Hidden files are marked with a "#" before their name.
  613.  
  614. The filename extension button ".ISS" is meant for issues files which were 
  615. created with CC_HELP.PRG. By clicking on "???" you can enter a directory 
  616. file-extension yourself. This extension will then become selectable under 
  617. the left most "extension button".
  618.  
  619. In the load menu a maximum of 68 files and folders can be displayed. If 
  620. the number of files/folders exceeds 34, their names will automatically be 
  621. printed in small text. If a directory contains more than 68 files or 
  622. folders that match a given search extension, the reading of this 
  623. directory is stopped and a warning is given.
  624.  
  625. Finally, the load menu offers some extra options:
  626. * With "NEW" you can erase the current file(s) from memory and start 
  627.   typing in a new file (this is equivalent to quitting and starting 
  628.   REFBASE)
  629. * With "DEL" you can delete a selection of files, provided that 
  630.   they are not write-protected.
  631. * With "RENAME" you can rename a series of selected files. One by one 
  632.   you can edit their names. Only the letters A to Z, the dot (.) and 
  633.   the underscore (_) are accepted as valid characters. To skip a name, 
  634.   simply press RETURN, or enter an empty name.
  635. * With "ATTR" you can modify the file attributes of the selected 
  636.   files. "Hiding" a file makes it invisible in the normal GEM-Desktop. 
  637.   For the rest, hidden files can be read normally by REFBASE.
  638.  
  639. For NeoDesk users, multiple files can be loaded automatically from the 
  640. Desktop by dragging them on the REFBASE icon. The maximum number of files 
  641. that can be loaded in this way is limited by the amount of space that 
  642. GEMDOS reserves for storing the file names with their drive paths: their 
  643. total length should not exceed 127 characters. You can only load .REF or 
  644. .ISS files. A mixture of .REF and .ISS files is not allowed: if the first 
  645. file in the sequence is a .REF file, any following .ISS files will be 
  646. ignored, and vice versa. (Attempts to get a similar autoload facility 
  647. working correctly with the "Install Application" option of the TOS 1.4 
  648. desktop have failed until now).
  649.  
  650. REFBASE assumes that the files to be loaded, either in the load menu, or 
  651. in the keywords menu, are text files. If you try to load any other type 
  652. of file errors may occur, and garbage will be displayed on the screen.
  653.  
  654. You can leave the load menu by pressing ESCAPE or clicking on EXIT.
  655.  
  656. ---------------------------------------------------------------------
  657. MEMORY MANAGEMENT
  658.  
  659. The maximum number of records that can be loaded in REFBASE is shown by 
  660. the "Space" indicator in the main menu, directly after starting the 
  661. program. If you load a file, the number of loaded records is shown by 
  662. "Loaded", and "Space" will show the record space left. If during a load 
  663. operation the maximum number of records is reached, loading will be 
  664. stopped.
  665.  
  666. REFBASE adjusts the amount of reserved record space to the amount of RAM 
  667. available in the computer. In doing so, the program assumes an average 
  668. record size of 400 characters (=bytes). This is the typical size of 
  669. records with a reasonable amount of keywords and without abstracts. 
  670. Therefore the maximum number of records that REFBASE will load is about 
  671. 600 with 1 Mb of RAM, 2300 with 2 Mb RAM, and 5800 with 4 Mb RAM.
  672.  
  673. Records with abstracts consume much more memory space (up to 3000 bytes 
  674. per record). If such records are loaded, the "space" indicator is 
  675. unreliable, and will over-estimate the record space. For this reason 
  676. REFBASE will also check if the size of files to be loaded or merged does 
  677. not exceed the available amount of RAM, and a warning will be given if 
  678. this is the case. This check for sufficient RAM will also include the 
  679. size of any keywords files already loaded or deleted records still stored 
  680. in memory, and you may need to erase a large keyword file or do a garbage 
  681. removal first, before you can load a large data-file.
  682.  
  683. You can ask for the average record size in a file by clicking on "File 
  684. size" in the main menu.
  685.  
  686. ---------------------------------------------------------------------
  687. SAVING FILES
  688.  
  689. Click on "Save" (SHIFT-F2) to save records to disk. If selected or tagged 
  690. records are available, you can choose to save only these records. If you 
  691. save the records to a file that already exists, a warning will be given, 
  692. and you will be offered three options: overwrite the file ("replace"), 
  693. add the records to the end of file ("append") or stop the save operation 
  694. ("cancel"). If you append records to a file on disk, be sure that this 
  695. file does not become too large for loading by REFBASE. If this should 
  696. happen anyway, you can use REFSPLIT.PRG to recover the file (see 
  697. SUPPORTING PROGRAMS)
  698.  
  699. You can specify the drive for saving record files in the main menu, by 
  700. clicking on "Write drive" and typing in the drive letter. This drive 
  701. selection is also valid for other save operations such as export, or 
  702. printing to disk.
  703.  
  704. During all save operations there is NO CHECK FOR SUFFICIENT DISK SPACE. 
  705. You can do this yourself by clicking on "Disk space" in the main menu, 
  706. and typing in the letter of the drive. Clicking of "File size" will give 
  707. the size of the file that you want to save.
  708.  
  709. During a save operation, the normal screen disappears, and a "snowstorm" 
  710. appears. This is the file, which is being written to disk in blocks of 
  711. nearly one screen full.
  712.  
  713. (If a save operation ends with a block of about one fifth of a screen 
  714. full of "snow", then for unknown reasons REFBASE pauses for a moment, 
  715. before writing the information to disk. This is probably a "bug" in GFA-
  716. Basic, for which I know no remedy).
  717.  
  718. ---------------------------------------------------------------------
  719. DELETING RECORDS
  720.  
  721. Records can be deleted manually by pressing DELETE. Also it is possible 
  722. to delete selected or tagged records via the "Records" menu. Deleted 
  723. records are not erased from memory: they keep occupying space until a new 
  724. file is loaded. If you have deleted a large number of records, you can 
  725. permanently erase them from memory by choosing the "Garbage removal" in 
  726. the "Records" menu. The space which they occupied then becomes available 
  727. again, for instance for loading extra files with MERGE.
  728.  
  729. Use "Undo record deletions" in the "Records" menu to retrieve all deleted 
  730. records or the latest deleted record. These records will then be placed 
  731. at the bottom of the file, and they are accessible by displaying all 
  732. records. If by any chance a deleted record was tagged or selected, this 
  733. will no longer be the case.
  734.  
  735. ---------------------------------------------------------------------
  736. FIND DUPLICATES
  737.  
  738. After sorting on the "Journal" field you can look for duplicate records 
  739. by choosing "Find duplicates" in the "Records" menu. REFBASE will then 
  740. check if there are references of which the journal fields are EXACTLY the 
  741. same, in which case they are scored as "duplicates". The duplicate 
  742. records are stored as "selected records", which can be displayed by 
  743. pressing "S", or clicking on "Display selected records". Also, of each 
  744. set of N duplicate records, N-1 are tagged. In this way deleting selected 
  745. records will delete all duplicates, whereas deleting tagged records will 
  746. retain one copy of each duplicate record in the file. Searching for 
  747. duplicates will erase all current record tags.
  748.  
  749. Note that this duplicate finding routine will fail if two or more 
  750. different references occur on the same page of the journal (e.g. 
  751. abstracts from symposia, or book reviews).
  752.  
  753. --------------------------------------------------------------------
  754. CASE CONVERSION
  755.  
  756. In the "Records" menu the references can be converted to upper case or 
  757. lower case by clicking on "case conversion". During the case conversions 
  758. the special characters "ÇÄÅÉÆÖÜÑØŒÀÃÕIJ" are changed to "çäåéæöüñøœàãõij" 
  759. and vice versa. The "Fields" menu also offers the possibility of case 
  760. conversion, with the difference that this time the conversion can be 
  761. applied to a single field.
  762.  
  763. ---------------------------------------------------------------------
  764. RECORDS MENU
  765.  
  766. The options of the Records menu have already been discussed in the other 
  767. sections of the manual:
  768.  
  769. "Untag selected records"      see TAGGING
  770. "Invert tags"                 see TAGGING
  771. "Tag all records"             see TAGGING
  772. "Delete selected records"     see DELETING RECORDS
  773. "Delete tagged records"       see DELETING RECORDS
  774. "Undo record deletions"       see DELETING RECORDS
  775. "Find duplicates"             see FIND DUPLICATES
  776. "Case conversion"             see CASE CONVERSION
  777. "Garbage removal"             see DELETING RECORDS & MEMORY MANAGEMENT
  778.  
  779. ---------------------------------------------------------------------
  780. FIELDS MENU
  781.  
  782. "Fields" menu has the following options, which can be applied to either 
  783. all records, or a selection of records:
  784.  
  785. With "Export field" the contents of a single field can be written to a 
  786. file on disk. The most useful application is exporting the keywords field 
  787. for generating a keyword list with KEYWORDS.PRG.
  788.  
  789. With "Search and Replace" you can search for a text string in a field, 
  790. and replace it by another text string. "Search and Replace" only works in 
  791. ASCII-mode, i.e. upper case and lower case characters are treated 
  792. differently.
  793.  
  794. With "Erase field" you can erase its contents.
  795.  
  796. With "Paste block..." you can choose to paste the block buffer to the end 
  797. of a field, to the start of a field, or to fill the field with the block 
  798. text and thus completely replace its contents. See also BLOCK FUNCTIONS.
  799.  
  800. For "Case conversion" see CASE CONVERSION.
  801.  
  802. With "Remove marks" you can remove all text placed in {}-brackets from 
  803. the remarks field.
  804.  
  805. With "Remove abstracts" you can remove any abstracts that are stored in 
  806. the remarks field. The abstracts that are stored in the remarks field by 
  807. the conversion programs included in this release of REFBASE will always 
  808. start with the text string "---". The "Remove abstracts" option simply 
  809. searches for "---" in the remarks field and then removes all text 
  810. including and after this text string. If you wish you can enter a 
  811. different start string to search for. If you enter an empty string, the 
  812. search will be cancelled.
  813.  
  814. With "Remove issues" you can remove all issue numbers that are placed in 
  815. ()-brackets at the end of the journal field.
  816.  
  817. With "Import ... " you can import a field in the currently loaded REFBASE 
  818. file. The import file must be a text file in which the number of lines is 
  819. equal to the number of records in the REF_BASE file. The import facility 
  820. will then place each line of the import file in the selected field of the 
  821. REFBASE file, starting with the first record that is visible in "Display 
  822. All" mode.
  823.  
  824. ---------------------------------------------------------------------
  825. MODE MENU
  826.  
  827. Most of the options of the Mode menu have already been discussed in the 
  828. other sections of the manual:
  829.  
  830. "Cursor blink"                with this option you can specify whether or 
  831.                               not the cursor should blink during data 
  832.                               entry
  833.  
  834. "Use wildcards"               see SEARCHING/SELECTION
  835. "Recall previous sorts"       see SORTING
  836. "Sort/Goto/FindDupl by ASCII" see TEXT MODE
  837. "Partial equation"            see SEARCHING/SELECTION
  838. "Use quickfind algorithm"     see SEARCHING/SELECTION
  839.  
  840. "Mouse delay time"            with this option you can enter the value 
  841.                               (0-9) of a short time pause to be given 
  842.                               after each mouse function (e.g. mouse 
  843.                               click, change from arrow to bee etc) in the 
  844.                               program. The default value is 5. See also 
  845.                               THE MOUSE.
  846.  
  847. "Soft scroll pause units:"    see DISPLAY
  848.  
  849. "Use VDI 8*16 font"           With this option you can specify whether 
  850.                               the VDI font should be used for displaying 
  851.                               records in the standard 8*16 characters 
  852.                               (instead of the TOS font). This further 
  853.                               increases the scrolling speed if a screen 
  854.                               accelerator is installed that specifically 
  855.                               speeds up the VDI screen output.
  856.  
  857. In the main menu you can save the MODE configuration by clicking on "Save 
  858. MODE preferences ... " or pressing "M". This will create a file 
  859. "REFBASE.MOD" in the same (sub)directory that REFBASE was started from. 
  860. Whenever REFBASE is loaded, this file will now be automatically read and 
  861. the preferences set accordingly.
  862.  
  863. ---------------------------------------------------------------------
  864. THE MOUSE
  865.  
  866. Programs written in GFA-Basic often have difficulties with the standard 
  867. GEM alert boxes: the default button becomes black as soon as you move the 
  868. mouse above it, you may need to click twice before the alert box 
  869. responds, and sometimes pressing RETURN even selects the non-default 
  870. option instead. For this reason REFBASE uses its own alert box, which can 
  871. be operated with both the left and right mouse button. In fact, all 
  872. mouse-selectable functions in REFBASE, except for the GEM-fileselect box, 
  873. respond to the right mouse button as well.
  874.  
  875. Users of TOS version 1.4 may have installed the button fix accessory 
  876. (BUTTNFIX.ACC) to overcome some problems with the mouse-click in GEM-
  877. programs. Unfortunately, using BUTTNFIX.ACC affects the mouse functions 
  878. in REFBASE. Examples are sudden pauses or halts in the program (which can 
  879. be overcome with an extra click of the mouse), erratic and unwanted 
  880. selections in the GEM-fileselect boxes, or difficulties in returning to 
  881. the Desktop after quitting. These errors can be prevented reasonably well 
  882. by introducing a small mouse delay time. The length of this time pause 
  883. can be set in the mode menu. The alternative is not to use BUTTNFIX.ACC 
  884. together with REFBASE, or to use the right mouse button for selecting the 
  885. various functions instead. In the latter case the mouse errors will not 
  886. occur.
  887.  
  888. ---------------------------------------------------------------------
  889. KEYWORDS
  890.  
  891. You can enter the keywords menu from the main menu by clicking on 
  892. "Keywrds" (SHIFT-F3), or pressing "K". You can also enter the keywords 
  893. menu during "Display" or during data entry ("Input"/"Amend") by pressing 
  894. "K" or CONTROL-K respectively.
  895.  
  896. From the keywords menu you can load a file with keywords (or if necessary 
  897. any other text file) by pressing or clicking on F3. You can scroll 
  898. through the file by pressing the CURSOR UP and CURSOR DOWN keys. With 
  899. CONTROL-CURSOR UP/DOWN you can scroll by page. CONTROL-CLRHOME and 
  900. CONTROL-Z jump to the top and bottom of the file respectively. Each line 
  901. is numbered to give an indication of the current position in the keywords 
  902. file. The numeric keypad can also be used to scroll through the keywords 
  903. (see DISPLAY).
  904.  
  905. If your keywords are sorted, you can jump through the file by binary 
  906. search with the GOTO command (F7). GOTO normally works in alphabetical 
  907. mode; if your keywords are sorted by ASCII-code, you must first activate 
  908. the ASCII sort option in the mode menu, otherwise GOTO will not work 
  909. correctly.
  910.  
  911. With "Select" (F2) you can search for all keywords that contain a 
  912. specified text string. You are allowed to make one combination of search 
  913. terms by typing in "AND", "OR", or "NOT". Start the search by pressing 
  914. RETURN. If no matching keywords are found, you return to the main list; 
  915. otherwise the selected keywords are shown, and you can return to the main 
  916. list by pressing ESC. The "Select" option can be set in alphabetical or 
  917. ASCII mode by pressing F4. (This is the same switch as SHIFT-F5 in the 
  918. main menu). With Find (F5) you can search for the first keyword that 
  919. includes a specified text string. The cursor will then move to this 
  920. position in the keywords file. You can repeat this search by pressing F6. 
  921. With "Erase" the loaded keywords file is erased and the memory used is 
  922. available again. Also when a new keywords file is loaded, the preceding 
  923. one is erased first. You can quit the keywords menu by pressing ESC or 
  924. "Exit" (F8).
  925.  
  926. While entering or editing records, keywords can automatically be inserted 
  927. at the cursor position. To do this, you must press CONTROL-K to enter the 
  928. keywords menu, move to the desired keyword, and then press RETURN. Repeat 
  929. this sequence if you want to collect more keywords. Each inserted keyword 
  930. will be terminated with "; " as a separator. It is advised that you do 
  931. this also when you type in the keywords yourself. Only the last keyword 
  932. in the keywords field should be free of this separator sequence. In this 
  933. way you can use keywords which actually consist of two or more words 
  934. separated by spaces, e.g. "polyacrylamide gel electrophoresis". With 
  935. KEYWORDS.PRG you can make a sorted list of your exported keywords, which 
  936. can be loaded into REFBASE. This program has a special facility for 
  937. recognizing keywords that are separated by "; ".
  938.  
  939. NOTE: keywords containing a double space ("  ") will be inserted 
  940. incompletely when pressing RETURN, since all text on the right side of 
  941. the most right double space will be removed. This enables you to load 
  942. keyword files in which each keyword is provided with its word frequency, 
  943. separated by a double space. For instance, the keyword "monoclonal 
  944. antibody  10" indicates that this occurred 10 times in the extracted 
  945. keyword file; if you press RETURN, the "10" will be stripped off since it 
  946. is preceded by a double space, and only "monoclonal antibody" will be 
  947. inserted into the record. KEYWORDS.PRG offers you the option to make such 
  948. keyword files with word frequencies. (Normally, keywords entered in 
  949. REFBASE will never contain double spaces, since they are filtered out 
  950. after data entry).
  951.  
  952. The keyword files use space that is shared with the records. Therefore, 
  953. if large files are loaded the keywords may be overwritten by the records. 
  954. The user is notified when this occurs, and the use of the loaded keywords 
  955. is blocked. Loading of keyword files is cancelled if there turns out to 
  956. be insufficient space or RAM. Loading of keyword files will never lead to 
  957. overwriting of records in memory.
  958.  
  959.  
  960. ----------------------------------------------------------------------
  961. PRINTING
  962.  
  963. Clicking on "Print" (SHIFT-F4) gives the print menu. You can leave this 
  964. menu again by pressing RETURN, of clicking on EXIT. To activate the 
  965. functions in the print menu simply click on them with the mouse.
  966.  
  967. With the print menu, reports can be generated from either all, selected 
  968. of tagged records. These reports can be sent to printers connected to the 
  969. parallel port (= printer port) or the serial port (= modem port), written 
  970. to disk, or shown on the screen. The layout of the reports is essentially 
  971. the same for each of the four "print directions".
  972.  
  973. You can choose between the following report types:
  974. 1. Reference = author + year + title + journal. In addition to this 
  975.      short format, you can also select a medium format (including the 
  976.      File and the Subject fields as well), a large format (to which the 
  977.      keywords and the marks in the remarks field are added) and 
  978.      finally the full format (which includes the remarks field in 
  979.      full).
  980. 2. Card - all fields are printed including labels, with each field 
  981.      starting on a new line.
  982. 3. Author Table - A table with authors + year + subject + journal + 
  983.      date + read + file. If you choose a column width of 136 (17 
  984.      characters per inch) instead of 160 (20 c.p.i) then the date 
  985.      field is omitted.
  986. 4. Title table - Here you can choose for titles only, or for a more 
  987.      complete table with (very short) authors, year, subject, journal, 
  988.      and file as well.
  989. 5. Journal table - This will only print journal + year + file. If you 
  990.      choose to print in pages, the table will be printed in two 
  991.      columns.
  992.  
  993. Start printing with "Print Report". Stop printing by pressing ESCAPE.
  994.  
  995. By clicking on "Continuous Print"/"Pages + formfeeds" you can indicate 
  996. whether or not you want to print in pages.
  997.  
  998. If you print in pages, (1) each page can be printed with a header, (2) 
  999. between pages the printer is instructed to move to a new sheet of paper 
  1000. (= form feed), (3) Journal tables are printed in two columns, (4) it is 
  1001. possible to print only even or uneven pages, thus facilitating double-
  1002. sided printing, and (5) you can also choose to pause printing between 
  1003. pages. Furthermore, if the last reference or card of a page does not fit 
  1004. completely at the bottom of the paper, it will be printed at the start of 
  1005. the next page.
  1006.  
  1007. With continuous print, no form feeds are given and the records are sent 
  1008. "straight" to the printer.
  1009.  
  1010. Click on "No header"/"Print header" to indicate if you want page headers 
  1011. to be printed. With continuous print, only one header will be printed.
  1012.  
  1013. Click on "Show header..." to enter or modify the page header. Each header 
  1014. will automatically contain the system date and the page number, and the 
  1015. user can specify any additional information.
  1016.  
  1017. Click on "Print margins/No margins" to indicate if you want a margin to 
  1018. be printed. This margin will allow sufficient space for a paper 
  1019. perforator. You can place the margin either on the left side or the right 
  1020. side, or if desired left on the uneven pages, and right on the even 
  1021. pages.
  1022.  
  1023. With "card print" you can select the label-text that will be printed 
  1024. before field 4: "DOCU" or "READ".
  1025.  
  1026. You can choose between two printer types:
  1027. 1) The standard 9-pin matrix printer (24-pin will probably also work 
  1028.      properly although this has not been tested)
  1029.      For this printer type you may choose between 10, 12, 17 and 20 
  1030.      characters per inch (= pica, elite, condensed, and elite 
  1031.      condensed respectively). Furthermore you can choose between 7 
  1032.      and 12 lines per inch; in the latter case the text will be 
  1033.      printed in superscript. Other selectable options are Draft/N.L.Q 
  1034.      and the paper height (11 or 12 inch). To prevent the columns in 
  1035.      the tables from being printed too irregularly, an alert box will 
  1036.      offered you the possibility of unidirectional print as well.
  1037. 2) The HP-Deskjet printer.
  1038.      The following fonts are selectable:
  1039.      (cpi = characters per inch; lpi = lines per inch)
  1040.      Cour 10 cpi  6 lpi  - standard Courier 
  1041.      Pres 12 cpi  6 lpi  - standard Prestige
  1042.      Pres 12 cpi  7 lpi  - standard Prestige, reduced line spacing 
  1043.      Pres 16 cpi  8 lpi  - small Prestige
  1044.      Pres 16 cpi 10 lpi  - small Prestige, reduced line spacing
  1045.      Cour 20 cpi 12 lpi  - small Courier
  1046.      For the Prestige fonts you will need to install the Prestige font 
  1047.      cartridge in your printer.
  1048.  
  1049. For printing tables, you are obliged to choose a character pitch of 16, 
  1050. 17 or 20 cpi, even if you only want to print to disk, or to the screen. 
  1051. For printing cards or references, you are free to choose any character 
  1052. pitch you want.
  1053.  
  1054. If you want to export references to a file, it is best to choose 10 cpi 
  1055. with a right margin. The references will then become about 75 characters 
  1056. wide, and they will fit nicely in your word processor documents. If you 
  1057. load reference files in 1ST Word Plus, you must first activate the WP-
  1058. mode (if it was inactive) and then replace every space (" ") by a space 
  1059. (" "). This will convert the references to the Word Plus format, and they 
  1060. will now respond to the "reformat" key.
  1061.  
  1062. When printing references, the journal field is printed in boldface 
  1063. (matrix printer) or underlined (Deskjet).
  1064.  
  1065. If you print to a printer connected to the serial port, you must first 
  1066. make sure that the "RS232 PORT CONFIGURATION" is properly installed with 
  1067. the control panel accessory. For the HP-Deskjet the following settings 
  1068. will work OK: Baud Rate "19200", Parity "None", Duplex "Full", Bits/Char 
  1069. "8", Strip Bit "Off", Xon/Xoff "On", and Rts/Cts "Off".
  1070.  
  1071. ----------------------------------------------------------------------
  1072. CHAIN SEARCH
  1073.  
  1074. You can enter the Chain search menu from the main menu by pressing "C" or 
  1075. clicking on "Chain search ...". You leave the chain search menu by 
  1076. pressing "E" or ESC, or by clicking on "Exit chain search ..."
  1077.  
  1078. With the chain search multiple files on disk can be searched for records 
  1079. that match a given selection rule. This search facility only makes sense 
  1080. if you have more records than can be loaded in the memory of the 
  1081. computer, and if you have a hard disk.
  1082.  
  1083. By clicking on "File" (F1) you enter the chain search file-select menu. 
  1084. Select the files you want to search as described in the LOADING FILES 
  1085. section. Accept a selection by clicking on CHAIN. Note that all files to 
  1086. be searched must be in the same (sub)directory, and that each separate 
  1087. file must fit in the ST's memory. A warning is given if any of the files 
  1088. is too large to be loaded. The maximum number of files in the directory 
  1089. (and thus for the chain search) is 68.
  1090.  
  1091. Use F2 to choose a selection rule as described in the SEARCHING/SELECTION 
  1092. section. With F4 ("Alpha"/"ASCII") you can choose whether or not 
  1093. distinction between upper and lower case characters must be made during 
  1094. the search (See TEXT MODE). The selection rule remains active until 
  1095. replaced by another, and is not affected by any selection rules that are 
  1096. entered in the main menu.
  1097.  
  1098. To start a chain search press or click on F3 ("Search"). Choose "Count 
  1099. selected records" if you only want to count how many records match the 
  1100. selection rule; choose "Fetch selected records" if you want to fetch and 
  1101. see them. During the chain search the selected files are loaded one after 
  1102. the other, and the number of records matching the selection rule (hits) 
  1103. are displayed for each file on the screen. After the chain search the 
  1104. total number of hits is shown in an alert box, and if you had chosen to 
  1105. fetch the selected records, they can be displayed.
  1106.  
  1107. If records are fetched during the chain search, they are first stored in 
  1108. a RAM-buffer, the size of which is indicated in the chain search menu. If 
  1109. this buffer becomes full, REFBASE will start writing the search results 
  1110. to a separate file on disk. The maximum size of this file is indicated by 
  1111. the "Fetch limits" in the chain search menu, and depends on the amount of 
  1112. memory in your computer. As soon as this maximum file size is reached, 
  1113. the chain search will be terminated. You can modify the drive path for 
  1114. saving the chain search results by clicking on "Write drive", and alter 
  1115. the name of the file by clicking on "Save overflow as...". After the 
  1116. chain search, the selected records are displayed either after reading 
  1117. from the RAM-buffer, or after loading from disk.
  1118.  
  1119. If during a chain search a loaded file turns out to have too many 
  1120. records, and thus does not fit in memory, the chain search will be 
  1121. stopped.
  1122.  
  1123. Pressing/clicking on F5 ("Hitlist") will show the selection rule of the 
  1124. latest run, and the number of hits in each of the searched files. You can 
  1125. scroll the list with the cursor keys. Exit with ESC or a mouse-click.
  1126.  
  1127. ---------------------------------------------------------------------
  1128. FILE FORMAT / DATA EXCHANGE
  1129.  
  1130. REFBASE stores its records as plain text files, with each field occupying 
  1131. a single line, and each record consisting of 10 lines. REFBASE files can 
  1132. therefore be loaded in every text editor or word processor. A problem may 
  1133. arise though with the block fields. If their length exceeds the maximum 
  1134. line length of the text editor (or word processor), then they will be cut 
  1135. off, and the remainder of the field is placed in the next line. For 
  1136. TEMPUS the maximum line length is 255 characters, for 1st Word Plus it is 
  1137. 150. Loading REFBASE files in these programs may therefore damage the 
  1138. file structure, and if you save them again they may become useless for 
  1139. REFBASE. If you want to import REFBASE files in other databases, these 
  1140. programs must be able to read lines that are longer than 255 characters.
  1141.  
  1142. For those who want to write conversion programs in GFA-Basic V3, be sure 
  1143. to load the REFBASE files with the "RECALL" function. If you use the 
  1144. "LINE INPUT" function, long fields will as yet be truncated at 255 
  1145. characters, and their remainder passed on to the next line that is to be 
  1146. read from disk.
  1147.  
  1148. --------------------------------------------------------------------
  1149. SUPPORTING PROGRAMS
  1150.  
  1151. With this release of REFBASE four supporting programs are provided as 
  1152. well:
  1153.  
  1154. 1) KEYWORDS.PRG - With this program you can create a sorted list of 
  1155.      keywords from your references, which you can subsequently load in 
  1156.      the keywords menu of REFBASE. First export the contents of the 
  1157.      keywords fields to a file on disk. Then read this file with 
  1158.      KEYWORDS.PRG to make the list. If you have separated your keywords 
  1159.      with a semicolon + space ("; ") you must indicate this in the menu 
  1160.      of KEYWORDS.PRG before you start the extraction. Otherwise, by 
  1161.      default, the space is will be interpreted as the keyword separator.
  1162.  
  1163. 2) CC_HELP.PRG - with this program you can convert export files from 
  1164.      the Current Contents on Diskette (CCoD) into files that can be read 
  1165.      by REFBASE. To do this, you must export your CCoD search results in 
  1166.      the "RAP comma-delimited" format. The fields of the REFBASE files 
  1167.      will then be filled with the following information:
  1168.  
  1169.      SUBJECT = Discipline (abbreviated according to internal tables in 
  1170.      the conversion program; if a discipline in the RAP file does not 
  1171.      match any of the preset values it will be reported in an alert box, 
  1172.      and the discipline will be marked with an asterisk).
  1173.  
  1174.      READ/DOCUMENT = Document/Language in abbreviated form
  1175.  
  1176.      FILE = The first few characters of the name of the export file (see 
  1177.      CC_HELP.PRG)
  1178.  
  1179.      JOURNAL = journal + volume + pages + issue. (a standard format is 
  1180.      used as explained in CC_HELP.PRG)
  1181.  
  1182.      DATE = The date of the journal issue (if given in the export file)
  1183.  
  1184.      REMARKS = The address of the author to whom reprint requests should 
  1185.      be sent. (This address is always terminated with a "|", to 
  1186.      facilitate its recognition by any "reprint request programs" that 
  1187.      the user may wish to write).
  1188.  
  1189.      The other fields need no explanation
  1190.  
  1191.      CC_HELP.PRG also offers the option to load and print your CCOD 
  1192.      search profiles. If you intend to routinely collect the full 
  1193.      contents of your favourite journals, it is advised to create a 
  1194.      separate profile with only "Journal" fields. After exporting records 
  1195.      from CCoD with this profile, and converting them to a REFBASE file, 
  1196.      you can use the issue extraction facility of CC_HELP.PRG to collect 
  1197.      the issue numbers in this REF-file.
  1198.  
  1199.      Issue files are recognized by REFBASE from their extension ".ISS". 
  1200.      When they are loaded in REFBASE, the "Expand" option of the table 
  1201.      view is inactive, and only a single screen table with an adjusted 
  1202.      selection of fields is shown. Also sorting on the journal field will 
  1203.      go differently. For instance issue "(9)" will now be sorted before 
  1204.      issue "(10)", and "(JAN)" will be sorted before "(FEB)".
  1205.  
  1206. 3) FULMERGE.PRG - With this program you can merge abstracts and 
  1207.      additional book-information from the Current Contents on Diskette 
  1208.      into your REFBASE file.
  1209.  
  1210.      From the "CCoD with abstracts" you can export your records in the 
  1211.      so-called "Full + abstracts" format, which not only includes 
  1212.      abstracts but also the complete information (titles, editors, 
  1213.      publishers) of books from the "Current Book Contents". Unfortunately 
  1214.      this format is not suitable for direct conversion to the REFBASE 
  1215.      format, because all journal names are given in full. This would make 
  1216.      the journal fields too long.
  1217.  
  1218.      The "RAP comma-delimited" export format however does have 
  1219.      abbreviated journal names, but lacks both the abstracts and the 
  1220.      complete book-information. The solution to this problem is to export 
  1221.      your records twice from the CCoD: once in the "Full + abstracts" 
  1222.      (extension ".FUL") and once in the "RAP comma-delimited" format 
  1223.      (extension ".RAP"). First you convert the ".RAP" file to a REFBASE 
  1224.      file with CC_HELP.PRG. Then you use FULMERGE.PRG to merge the 
  1225.      essential data (abstract + book information) from the ".FUL" file 
  1226.      into the REFBASE file. This will work o.k. as long as you do not 
  1227.      change the sort order of the records in REFBASE file before the 
  1228.      merge operation. You now have records that combine abbreviated 
  1229.      journal names with abstracts and full book information.
  1230.  
  1231.      The abstracts will be placed in the remarks field, immediately after 
  1232.      the reprint address, and they will be preceded by the separator 
  1233.      string "---". You can later on always automatically remove any 
  1234.      unwanted abstracts with the help of this separator string (see 
  1235.      FIELDS MENU). The complete book information is placed in the title 
  1236.      field, also preceded by a "---" separator string.
  1237.  
  1238. 4) REFSPLIT.PRG - Use this program to recover REFBASE files that have 
  1239.      accidentally become too large to load in the computer's memory (e.g. 
  1240.      due to a save + append operation). REFSPLIT.PRG splits the file in 
  1241.      two or more smaller parts, which can then be loaded separately 
  1242.      again.
  1243.  
  1244. ----------------------------------------------------------------------
  1245. LIMITS OF REFBASE
  1246.  
  1247. The maximum record size is 5000 characters. With larger records errors 
  1248. may occur during saving. When references from the Current Contents on 
  1249. Diskette are converted to REF_BASE format with CC_HELP.PRG or 
  1250. FULMERGE.PRG, their size will be tested, and they will be shortened if 
  1251. they have more than 4500 characters. (REFBASE itself does not yet check 
  1252. whether records exceed the maximum size).
  1253.  
  1254. The maximum number of records that REFBASE can display is 32750. This 
  1255. limit is expected to be reached only on Atari-ST compatible computers 
  1256. with more than 20 Mb of RAM. In practice the maximum number of records 
  1257. that will be loaded (= "record space") ranges from about 600 for a 1 Mb 
  1258. ST to 5800 for a 4 Mb ST.
  1259.  
  1260. The maximum number of files and folders that can be displayed in the load 
  1261. menu is 68. This is also the maximum number of files for a chain-search.
  1262.  
  1263. The maximum number of keywords that can be loaded is 10 times the record 
  1264. space; the maximum number of selected keywords that can be displayed as a 
  1265. subset is equal to the record space.
  1266.  
  1267. The sorting algorithm has been programmed recursively. I have no idea how 
  1268. many levels of recursion are allowed on the Atari ST, nor do I know how 
  1269. many levels or recursion normally occur during a sort. It may be possible 
  1270. that this recursion poses a limit on the maximum number of records that 
  1271. can be sorted. However, I have experienced no difficulties in sorting 
  1272. 5000 records on a Mega ST4.
  1273.  
  1274. REFBASE was written in BASIC. This implies that from time to time the 
  1275. user may expect short pauses or response delays in the program, which are 
  1276. caused by an automatic memory cleanup operation called the "string 
  1277. garbage collection". This phenomenon passes almost unnoticed with 1 or 2 
  1278. Mb machines, but on 4 Mb machines with only a few hundred kilobytes of 
  1279. memory space left it may take one or two seconds before such a "freeze" 
  1280. of the program stops and action is resumed.
  1281.  
  1282. ---------------------------------------------------------------------
  1283. End of text
  1284.