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/ NetNews Usenet Archive 1992 #20 / NN_1992_20.iso / spool / comp / archives / 3285 next >
Encoding:
Internet Message Format  |  1992-09-07  |  2.0 KB
  1. Path: sparky!uunet!spool.mu.edu!agate!agate!usenet
  2. From: deboer@bio.vu.nl (Thon de Boer)
  3. Newsgroups: comp.archives
  4. Subject: [bionet.software] mailfasta 3.0
  5. Followup-To: bionet.software
  6. Date: 5 Sep 1992 19:18:21 GMT
  7. Organization: VU Biology, Amsterdam, The Netherlands
  8. Lines: 32
  9. Approved: adam@soda.berkeley.edu
  10. Distribution: world
  11. Message-ID: <18b15tINNhvv@agate.berkeley.edu>
  12. References: <1992Sep5.164908.28249@bio.vu.nl>
  13. NNTP-Posting-Host: soda.berkeley.edu
  14. X-Original-Newsgroups: bionet.software
  15. X-Original-Date: Sat, 5 Sep 1992 16:49:08 GMT
  16.  
  17. Archive-name: auto/bionet.software/mailfasta-3-0
  18.  
  19. Version 3.0 of the mailfasta program is available via anonymous FTP from
  20. fly.bio.indiana.edu::/incoming/mailfasta3.0
  21. Mailfasta 3.0 is a UNIX shell script which
  22. will take a DNA or PROTEIN sequence and will mail it to all the
  23. different mail-servers where it can be searched against the DNA or PROTEIN
  24. databases using the FASTA and/or BLAST programs. It can also be used to identify
  25. ORFs using the GRAIL and/or GeneID/NetGene mail servers and to identify homology
  26. using PROSITE blocks with the BLOCKS server.
  27. It uses the new BLAST server at NCBI and the FLAT server in Japan for FASTA
  28. searches because the services at GenBank will be terminated at the end of this
  29. month. 
  30.  
  31. It is packed as an shell archive. It contains :
  32. mailfasta : the UNIX shell script
  33. cid.c     : A small c program which will determine if the sequence is DNA or AA
  34. getentry  : A shell script which can be used to retrieve entries of interest
  35. mailfasta.doc : The documentation file
  36.  
  37. The shar file will unpack all these files and will compile cid.c into cid
  38. using the cc c compiler.
  39.  
  40. mailfasta makes use oif the program 'readseq' for file conversion.
  41. This program MUST be present and is NOT packed with this shar file.
  42. It can be obtained via FTP from various FTP sites (fly.bio.indiana.edu etc.)
  43.  
  44. This shar file can also be found on this FTP site. First in the 'incomming'
  45. directory and later in the /molbio/unix directory.
  46.  
  47. Thon de Boer
  48.  
  49.