home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ OS/2 Shareware BBS: 24 DOS / 24-DOS.zip / proanaly.zip / PROPERTY.PPT < prev    next >
Text File  |  1993-05-05  |  4KB  |  96 lines
  1.  Properties of amino acids ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY-
  2.  Structure of file:
  3.  Comments (begins from blank)
  4.  { Property names (from 1-st position of string)
  5.    Literature source (from 1-st position of string)
  6.    Values of amino acid properties }
  7.  
  8. Hydrophilicity Hopp-Woods
  9. T.P.Hopp, K.R.Woods, PNAS 78 (1981) 3824
  10.    -.5   -1.0    3.0    3.0   -2.5    0.0    -.5   -1.8    3.0   -1.8
  11.   -1.3     .2    0.0     .2    3.0     .3    -.4   -1.5   -3.4   -2.3
  12. Hydropathy Kyte-Doolittle 
  13. J.Kyte, R.F.Doolittle J.Mol.Biol 157 (1982) 105
  14.    1.8    2.5   -3.5   -3.5    2.8    -.4   -3.2    4.5   -3.9    3.8
  15.    1.9   -3.5   -1.6   -3.5   -4.5    -.8    -.7    4.2    -.9   -1.3
  16. Polarity Grantham
  17. R.Grantham P.M.Cullis C.C.F.Southgate Science 206 (1979) 575
  18.    8.1    5.5   13.    12.3    5.2    9.    10.4    5.2   11.3    4.9
  19.    5.7   11.6    8.    10.5   10.5    9.2    8.6    5.9    5.4    6.2
  20. Side-chain volume Grantham
  21. R.Grantham Science 185 (1975) 862
  22.   31     55     54     83    132      3     96    111    119    111
  23.  105     56     32.5   85    124     32     61     84    170    136
  24. Hydrophobicity Eisenberg
  25. Eisenberg J.Mol.Biol. 1984, v.179, p.125-142
  26.     .62   0.29  -0.90  -0.74   1.19   0.48  -0.40   1.38  -1.50   1.06
  27.    0.64  -0.78   0.12  -0.85  -2.53  -0.18  -0.05   1.08   0.81   0.26
  28. Alpha-helix Chou-Fasman 
  29.  
  30.    1.42   0.7    1.01   1.51   1.13   0.57   1.0    1.08   1.16   1.21
  31.    1.45   0.67   0.57   1.11   0.98   0.77   0.83   1.06   1.08   0.69
  32. Beta-strand Chou-Fasman 
  33.  
  34.    0.83   1.19   0.54   0.37   1.38    0.75  0.87   1.60   0.74   1.30 
  35.    1.05   0.89   0.55   1.10   0.93    0.75  1.19   1.70   1.37   1.47 
  36. Beta-turn Chou-Fasman 
  37. Chou P.Y., Fasman G.D. Biophys.J. 1979, 26,367-384
  38.    0.66   1.19   1.46   0.74   0.60   1.56   0.95   0.47   1.01   0.59    
  39.    0.60   1.56   1.52   0.98   0.95   1.43   0.96   0.50   0.96   1.14
  40. Hydrophobicity Bogardt et al.
  41. Bogardt R.A. et al., J. Mol. Evol. 1980. V.15. P.197-218
  42.   23.1   40.3   17.5   17.8   76.1    2.7   23.1   83.6   43.5   57.6
  43.   44.3    2.4   73.5    0.0   22.6    1.9    1.9   49.6  100.    70.8
  44. Volume Bogardt et al.
  45. Bogardt R.A. et al., J. Mol. Evol. 1980. V.15. P.197-218
  46.   15.9   28.0   31.3   47.2   77.2    0.0   49.2   63.6   68.0   63.6
  47.   62.8   35.4   41.0   51.3   70.8   18.1   34.0   47.7  100.    78.5
  48. Polarity Bogardt et al.
  49. Bogardt R.A. et al., J. Mol. Evol. 1980. V.15. P.197-218
  50.   25.9    7.4  100.    93.8    1.2   37.0   43.2    0.0   64.2    0.0
  51.    4.9   63.0   21.0   45.7   51.9   32.1   21.0    8.6    4.9    9.9
  52. Isoelectric point Bogardt et al.
  53. Bogardt R.A. et al., J. Mol. Evol. 1980. V.15. P.197-218
  54.   39.2   26.3    0.0    3.2   38.6   38.5   59.2   39.2   86.9    38.6
  55.   35.7   31.3   40.2   34.4  100.0   34.8   45.7   38.5   37.7    34.4
  56. HPLC  Parker 
  57. Parker J.M.R. et al., Biochemistry, 1986,25,5425
  58.    2.1    1.4   10      7.8   -9.2    5.7    2.1   -0.8    5.7    -9.2
  59.   -4.2    7      2.1    6.     4.2    6.5    5.2   -3.7  -10.     -1.9
  60. Length of Peptide
  61. Eroshkin
  62.    1.     1.     1.     1.     1.     1.     1.     1.     1.      1. 
  63.    1.     1.     1.     1.     1.     1.     1.     1.     1.      1. 
  64. Hydrophobicity Fauchere-Pliska
  65. Fauchere J., Pliska V., Eur.J.Med.Chem., 1893,18,369-375           
  66.     .31   1.54  -0.77  -0.64   1.79   0       .13   1.8   -0.99    1.7
  67.    1.23  -0.6     .72  -0.22  -1.01  -0.04    .26   1.22   2.25    0.96
  68. Recognizability Eroshkin
  69. Eroshkin, Molec. Biol.,
  70.   -1.44  -0.1    1.5    1.43  -0.65  -1.73   0.16  -1.1    1.31   -1.14
  71.   -0.9    1.12   0.23   0.77   1.13    .65    .04  -1.24    .02   -0.08
  72. Charge
  73. Eroshkin
  74.    0.     0.    -1.    -1.     0.     0.     0     0.      1.      0. 
  75.    0.     0.     0.     0.     1.     0.     0.     0.     0.      0. 
  76. Chargeness
  77. Eroshkin
  78.    0.     0.     1.     1.     0.     0.     0.    0.     1.      0. 
  79.    0.     0.     0.     0.     1.     0.     0.     0.     0.      0. 
  80. Charge +
  81. Eroshkin
  82.    0.     0.     0.     0.     0.     0.     0.    0.     1.      0. 
  83.    0.     0.     0.     0.     1.     0.     0.     0.     0.      0. 
  84.  
  85.  
  86.  
  87.  
  88. 
  89.  
  90.  
  91.  
  92.  
  93.  
  94.  
  95.  
  96.