home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ OS/2 Shareware BBS: 24 DOS / 24-DOS.zip / proanaly.zip / PROGRAF.PPT < prev    next >
Text File  |  1994-08-08  |  8KB  |  157 lines
  1.  Properties of amino acids ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY-
  2.  Structure of file:
  3.  Comments (begins from blank)
  4.  { Property names (from 1-st position of string)
  5.    Literature source (from 1-st position of string)
  6.    Values of amino acid properties }
  7.  
  8. Trans Free energy of transfer to surface
  9. Bull & Breese, Arch. Biophys. Biochem. 161, 665 (1974)
  10.     610    360    610    510  -1520    810    690  -1450    460  -1650
  11.    -660    890   -170    970    690    420    290   -750  -1200  -1430
  12. AccSA Average accessibility surface area
  13. Janin et al., J. Mol. Biol. 125, 357 (1978)
  14.    27.8   15.5   60.6   68.2   25.5   24.5   50.7   22.8    103   27.6
  15.    33.5   60.1   51.5   68.7   94.7     42     45   23.7   34.7   55.2
  16. Bur Percentage of buried residues
  17. Janin et al., J. Mol. Biol. 125, 357 (1978)
  18.      51     74     19     16     58     52     34     66      3     60
  19.      52     22     25     16      5     35     30     64     49     24
  20. Exp Percentage of exposed residues
  21. Janin et al., J. Mol. Biol. 125, 357 (1978)
  22.      15      5     50     55     10     10     34     13     85     16
  23.      20     49     45     56     67     32     32     14     17     41
  24. HphoX Hydrophobic index
  25. Ponnuswamy et al., Biochim. Biophys. Acta 623, 301 (1980)
  26.     .87   1.52    .66    .67   2.87     .1     .8   3.15   1.64   2.17
  27.    1.67   0.09   2.77      0    .85    .07    .07   1.87   3.77   2.67
  28. HphFl Hydrophobicity in folded form
  29. Ponnuswamy et al., BBA 623, 301 (1980)
  30.   12.28  14.93  10.97  11.19  13.43  12.01  12.84  14.77   10.8   14.1
  31.   14.33  11     11.19  11.28  11.49  11.26  11.65  15.07  12.95  13.29
  32. HphUf Hydrophobicity in unfolded form
  33. Ponnuswamy et al., BBA 623, 301 (1980)
  34.    4.66      4   4.79   4.81   4.44    4.7   4.99   4.78   5.08   4.73
  35.     4.5   4.87   4.55   4.61   4.68   4.33   4.75   4.69   4.54   4.76
  36. HphGn Hydrophobicity gain
  37. Ponnuswamy et al., BBA 623, 301 (1980)
  38.    2.63   3.36   2.29   2.31   3.02   2.55   2.57   3.08   2.12   2.98
  39.    3.18   2.27   2.41   2.45   2.45    2.6   2.55   3.21   2.85   2.79
  40. Polar Polarity
  41. Ponnuswamy et al., Biochim. Biophys. Acta 623, 301 (1980)
  42.       0   1.48   40.7   49.9    .35      0  51.61    .15   49.5    .45
  43.    1.43   3.38   1.58   3.53     52   1.67   1.66    .13    2.1   1.61
  44. HphAH Surrounding hydrophobicity in a-helix
  45. Ponnuswamy et al., BBA 623, 301 (1980)
  46.   13.65  14.49  10.98  12.55  14.08  15.36  11.59  14.63  11.96  14.01
  47.    13.4  12.24  11.51   11.3  11.28  11.26     13  12.88  12.06  12.64
  48. HphBS Surrounding hydrophobicity in b-sheet
  49. Ponnuswamy et al. BBA 623, 301 (1980)
  50.    14.6   15.9  13.78  13.59  14.18  14.18  15.35   14.1  13.28  16.49
  51.   16.23  11.79   14.1  12.02  13.24  13.36   14.5   16.3   13.9  14.76
  52. HphBT Surrounding hydrophobicity in b-turn
  53. Ponnuswamy et al., BBA 623, 301 (1980)
  54.   10.67  14.15  10.21  11.71  13.27  10.95  12.07  12.95   9.93  13.07
  55.      15  10.85  10.62  11.71  11.05  11.18  10.53  13.86  11.41  11.52
  56. AccRd Accessibility reduction ratio
  57. Ponnuswamy et al., BBA 623, 301 (1980)
  58.     3.7   3.03    2.6    3.3    6.6   3.13   3.57   7.69   1.79   5.88
  59.    5.21   2.12   2.12    2.7   2.53   2.43    2.6   7.14   6.25   3.03
  60. SurRe Average number of surrounding residues
  61. Ponnuswamy BBA 623, 301 (1980)
  62.    6.05   7.86   4.95    5.1   6.62   6.16    5.8   7.51   4.88   7.37
  63.    6.39   5.04   5.65   5.45    5.7   5.53   5.81   7.62   6.98   6.73
  64. Volum Volume
  65. Chothia, Nature 254, 304 (1975)
  66.    91.5    118  124.5  155.1  203.4   66.4  167.3  168.8  171.3  167.9
  67.   170.8  135.2  129.3  161.1    202   99.1  122.1  141.7  237.6  203.6
  68. Flexi Flexibility
  69. Bhaskaran and Ponnuswamy (1988)
  70.    .357   .346   .511   .497   .314   .544   .323   .462   .466   .365
  71.    .295   .463   .509   .493   .529   .507   .444   .386   .305    .42
  72. Fx0RN Flexibility for no rigid neighbours
  73. Karplus & Schulz, Naturwiss. 72, 212 (1985)
  74.   1.041    .96  1.033  1.094    .93  1.142   .982  1.002  1.093   .967
  75.    .947  1.117  1.055  1.165  1.038  1.169  1.073   .982   .925   .961
  76. Fx1RN Flexibility for one rigid neighbour
  77. Karplus & Schulz, Naturwiss. 72, 212 (1985)
  78.    .946   .878  1.089  1.036   .912  1.042   .952   .892 1.0827   .961
  79.    .862  1.006  1.085  1.028  1.028  1.048  1.051   .927   .917    .93
  80. Fx2RN Flexibility for two rigid neighbours
  81. Karplus & Schulz, Naturwiss. 72, 212 (1985)
  82.    .892   .925   .932   .933   .914   .923   .894   .872   1.05   .921
  83.    .804    .93   .932   .885   .901   .923   .934   .913   .803   .837
  84. LFlex Local flexibility/10
  85. Ragone et al. (1989)
  86.   70.54 241.26   3.50 115.87 520.39   3.32 163.71 597.94  69.97 498.57
  87.  449.17  51.35  43.20 108.79 148.43  17.48  60.19 447.44 637.41 429.11
  88. HphEi Hydrophobicity
  89. Eisenberg, Ann. Rev. Biochem. 53, 595 (1984)
  90.     .25    .04   -.72   -.62    .61    .16    -.4    .73   -1.1    .53
  91.     .26   -.64   -.07   -.69  -1.76   -.26   -.18    .54    .37    .02
  92. AccSS Accessible surface area in the standard state
  93. Rose et al., Sci. 229, 834 (1985)
  94.   118.1  146.1  158.7  186.2  222.8   88.1  202.5    181  225.8  193.1
  95.   203.4  165.5  146.8  193.2    256  129.8  152.5  164.5  266.3  236.8
  96. AccFl Average accessible surface area in folded proteins
  97. Rose et al., Sci. 229, 834 (1985)
  98.    31.5   13.9   60.9   72.3   28.7   25.2   46.7     23  110.3     29
  99.    30.5   62.2   53.7     74   93.8   44.2     46   23.5   41.7   59.1
  100. SuHph Average surrounding hydrophobicity
  101. Manavalan et al. Nature 275, 673 (1978)
  102.   12.97  14.64  10.85  11.89     14  12.43  12.16  15.67  11.36   14.9
  103.   14.39  11.42  11.37  11.76  11.72  11.23  11.69  15.71  13.93  13.42
  104. HphiH Hydrophilicity
  105. Hopp and Woods, PNAS 78, 3824 (1981)
  106.     -.5     -1      3      3   -2.5      0    -.5   -1.8      3   -1.8
  107.    -1.3     .2      0     .2      3     .3    -.4   -1.5   -3.4   -2.3
  108. Hypat Hydropathy
  109. Kyte and Doolittle, J. Mol. Biol. 157, 105 (1982)
  110.     1.8    2.5   -3.5   -3.5    2.8    -.4   -3.2    4.5   -3.9    3.8
  111.     1.9   -3.5   -1.6   -3.5   -4.5    -.8    -.7    4.2   - .9   -1.3
  112. HphiP Hydrophilicity from HPLC
  113. Parker et al. Biochemistry 25, 5425 (1986)
  114.     2.1    1.4     10    7.8   -9.2    5.7    2.1     -8    5.7   -9.2
  115.    -4.2      7    2.1      6    4.2    6.5    5.2   -3.7    -10   -1.9
  116. HphoJ Hydrophobicity
  117. Jones, J. Theor. Biol. 125, 357 (1975)
  118.     .87   1.52    .66    .67   2.87     .1    .87   3.15   1.64   2.17
  119.    1.67   0.09   2.77      0    .85    .07    .07   1.87   3.77   2.67
  120. Refrc Refractivity
  121. Jones, J. Theor. Biol. 125, 357 (1975)
  122.    4.34  35.77     12  17.26   29.4      0  21.81  19.06  21.29  18.78
  123.   21.64  13.28  10.93  17.56  26.66   6.35  11.01  13.92  42.53  31.53
  124. AHLev Normalized frequency of a-helix with weights
  125. Levitt, Biochem. 17, 4277 (1978)
  126.    1.29   1.11   1.04   1.44   1.07    .56   1.22    .97   1.23    1.3
  127.    1.47     .9    .52   1.27    .96    .82    .82    .91    .99    .72
  128. BSLev Normalized frequency of b-sheet with weights
  129. Levitt, Biochem. 17, 4277 (1978)
  130.      .9    .74    .72    .75   1.32    .92   1.08   1.45    .77   1.02
  131.     .97    .76    .64     .8    .99    .95   1.21   1.49   1.14   1.25
  132. BTLev Normalized frequency for reverse turn with weights
  133. Levitt, Biochem. 17, 4277 (1978)
  134.     .78     .8   1.41     1.    .58   1.64    .69    .51    .96    .59
  135.     .39   1.28   1.91    .97    .88   1.33   1.03    .47    .75   1.05
  136. OMH
  137. Arrell, Bankier and Drouin (1979)
  138.    -0.4   0.17   -1.3   -1.2    1.9  -0.67  -0.64    1.2  -0.67    1.2
  139.     1.0  -0.92  -0.49  -0.91  -0.59  -0.55  -0.28   0.91    0.5    1.7
  140. PEST  Signature for rapidly degraded proteins
  141. P,E,S,T
  142.       0      0      0      1      0      0      0      0      0      0
  143.       0      0      1      0      0      1      1      0      0      0
  144. Charg Charge of amino acids (example scale)
  145. Chagge
  146.       0      0     -1     -1      0      0    0.5      0      1      0
  147.       0      0      0      0      1      0      0      0      0      0
  148. AROM  Local concentration of aromatic amino acids
  149. F, W, Y
  150.       0      0      0      0      1      0      0      0      0      0
  151.       0      0      0      0      0      0      0      0      1      1
  152.  
  153.  
  154.  
  155.  
  156. 
  157.