home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ gimli.bioss.sari.ac.uk / gimli.bioss.sari.ac.uk.zip / gimli.bioss.sari.ac.uk / pub / courses / ExptDesignAnalysis / sessnew4a < prev   
Internet Message Format  |  1995-02-16  |  4KB
  1. From kar@uk.ac.sari.rri Wed Apr  3 09:43:44 1991
  2. Received: from rri.sari.ac.uk by sass.sari.ac.uk; Wed, 3 Apr 91 09:43:43 BST
  3. From: Karen Robertson <kar@uk.ac.sari.rri>
  4. Date: Wed, 3 Apr 91 09:40:29 BST
  5. Message-Id: <5684.9104030840@rri.sari.ac.uk>
  6. Via: rri7.yprri; Wed, 3 Apr 91 09:40:29 BST
  7. To: graham@uk.ac.sari.sass
  8. Subject: sessnew4a
  9. Status: RO
  10.  
  11.  
  12.  
  13.  
  14. "
  15.                 PRACTICAL  SESSION  4
  16.  
  17.  
  18.  
  19.  
  20.     In this session  nine  treatments are applied to  four  blocks of  
  21.     nine  units, each of which is divided into  three  sub-blocks  (or
  22.     main-plots)  of size  three.  The treatments have a factorial 
  23.     structure  A*B  each factor having  three  levels.  In Example ED4.1
  24.     the confounding is restricted to the interaction between A and B.
  25.     In Example ED4.2 it is distributed across all treatment effects.  In
  26.     Example ED4.3 a lattice design for  nine  treatments based on Example
  27.      ED4.2 is analysed.   
  28.  
  29.  
  30.  
  31.  
  32.  
  33. ****    Design  ED4.1   Confounded   3 x 3   factorial  (Plan A4.1)    ****
  34.  
  35.  
  36.     In this design half the information on the interaction between factors
  37.     A, B is confounded with the variation between sub-blocks.
  38.  
  39.  
  40.     Define the treatment factors and read the basic data.
  41. "
  42.  
  43.         unit[nval=36] unitno
  44.         factor[levels=9] T
  45.         factor[levels=3] A,B
  46.         open 'sess4.dat1'; channel=2; filetype=input
  47.         read [print=*; channel=2] unitno, T,A,B,TE,PE
  48.  
  49.  
  50. "
  51.     Generate the blocking factors
  52. "
  53.  
  54.         factor [levels=4; values=9(1...4)]  block
  55.         factor [levels=3; values=3(1...3)4] subblock
  56.         factor [levels=3; values=(1...3)12] plot
  57.  
  58.  
  59.  
  60. "
  61.     !!! The next stage is non-standard  -  randomise the allocation and create
  62.     the variate to be analysed.
  63. "
  64.  
  65.  
  66.         random [block/subblock/plot; seed=12345] T,A,B,TE
  67.         calculate [print=summ]   V1  =  TE + PE
  68.  
  69.  
  70.  
  71. "
  72.     End of non-standard stage !!!
  73. "
  74.  
  75.  
  76.  
  77.  
  78.  
  79.  
  80.  
  81.  
  82. "
  83.     Print data
  84. "
  85.  
  86.  
  87.         print  unitno,block,subblock,plot,T,A,B,V1; field=4(9),3(5),8; decim=7(0),3
  88.  
  89.  
  90.  
  91.  
  92.  
  93.  
  94.  
  95.  
  96.  
  97. "
  98.     Analyse the data
  99. "
  100.  
  101.  
  102.         blocks     block/subblock/plot
  103.         treatment          A*B
  104.  
  105.         anova              V1
  106.  
  107.  
  108.  
  109.  
  110.         close   2
  111.         
  112.  
  113.  
  114.  
  115.  
  116.  
  117.  
  118.  
  119.  
  120.  
  121.  
  122.  
  123.  
  124.  
  125.  
  126.  
  127.  
  128.  
  129.  
  130.  
  131.  
  132.  
  133.  
  134.  
  135.  
  136.  
  137.  
  138.  
  139.  
  140.  
  141. "
  142. ****    Design  ED4.2   Balanced  3 x 3  factorial  (Plan A4.2)    ****
  143.  
  144.  
  145.     In this design both main effects and interactions are confounded with
  146.     blocks.
  147. "
  148.  
  149.  
  150.         open 'sess4.dat2'; channel=2; filetype=input
  151.         read [print=*; channel=2] unitno,T,A,B,TE,PE
  152.  
  153.  
  154. "
  155.     Use same block factors as for Design ED4.1
  156.  
  157.  
  158.  
  159.  
  160.     !!! The next stage is non-standard  -  randomise the allocation and create
  161.     the variate to be analysed.
  162. "
  163.  
  164.  
  165.         random [block/subblock/plot; seed=12345] T,A,B,TE
  166.         calculate [print=summ]    V2  =  TE + PE
  167.  
  168.  
  169. "
  170.     End of non-standard stage !!!
  171.  
  172.  
  173.  
  174.     Print data
  175. "
  176.  
  177.         print  unitno,block,subblock,plot,T,A,B,V2; field=4(7),3(5),8; decim=7(0),3
  178.  
  179.  
  180.  
  181. "
  182.     Analyse the data
  183. "
  184.         
  185.         blocks      block/subblock/plot
  186.         treatment           A*B
  187.  
  188.         anova               V2
  189.  
  190.  
  191.  
  192. "
  193. ****    Design  ED4.3   Balanced  Factorial  Design  (Plan A4.2)    ****
  194.  
  195.  
  196.     This design is identical to the above except that the nine treatments
  197.     have not got factorial structure.  A pseudo=factorial structure based
  198.     on A, B is imposed.  The analysis is the same but the last two lines
  199.     become  (i.e. you need now enter only) :
  200. "
  201.  
  202.         treatment       T // (A*B)
  203.         anova             V2
  204.        
  205.  
  206.  
  207.  
  208.  
  209.  
  210.  
  211.  
  212.  
  213.  
  214.  
  215.  
  216. "
  217.             Exercises  Session   4
  218.  
  219.  
  220.  
  221.     Exercise 4.1    Data file 'sess4.dat3' contains data for a randomised
  222.             block design of 4 blocks of 9 treatments.  Read
  223.             the data through
  224.  
  225.                         open 'sess4.dat3'; channel=3; filetype=input        
  226.             read [print=*; channel=3] unitno, T, A,B,V
  227.  
  228.             use the following instruction to create a two-way table
  229.             of means.
  230.  
  231.             tabulate [print=m; class=block,T; margin=yes] V
  232.  
  233.             Confirm that square-root  (V)  appears to have more
  234.             stable variance and analyse.
  235.  
  236.  
  237.  
  238.  
  239.  
  240.     Exercise 4.2    Often when the analysis of Exercise 4.1 is appropriate
  241.             an alternative analysis is given by a 'generalised
  242.             linear model'.    Replace the analysis of variance
  243.             directives with
  244.  
  245.  
  246.             model [distrib=poisson; dispersion=*]  V
  247.             terms   block + T
  248.             fit     block + T
  249.             predict [print=d,p,se]  T 
  250.  
  251.  
  252. "
  253. stop
  254.  
  255.  
  256.