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/ Simtel MSDOS - Coast to Coast / simteldosarchivecoasttocoast2.iso / biology / esee109e.zip / ESEEREAD.ME < prev    next >
Text File  |  1992-06-06  |  16KB  |  348 lines
  1. Notes and revision history for  ESEE version 1.09e
  2.  
  3. please address correspondance to:
  4.  
  5.             Eric Cabot
  6.             Department of Ecology and Evolution
  7.             University of Chicago
  8.             1101 E. 57th St. 
  9.             Chicago, IL 60637
  10.  
  11.             email: ecec@midway.uchicago.edu
  12.  
  13. **********************************************************************
  14. * Starting with version 1.09e, ESEE is a free program, NOT shareware.*
  15. * Please do not send money or other gratuities to the author!        *
  16. **********************************************************************
  17.  
  18. If you need to cite ESEE for publication, please refer to:       
  19.  
  20. E.L. Cabot and A.T. Beckenbach. 1989. Simultaneous editing of
  21.         multiple nucleic acid and protein sequences with ESEE.
  22.        Computer Applications in the Biosciences 5(3): 233-234.
  23.  
  24.  
  25.  
  26. =====================================================================
  27. Any changes in ESEE since version 1.05  haven't
  28. been added to the manual, hence this file of addenda.
  29.  
  30. Revision History thru version 1.09e:
  31. ********************************************************************
  32. (as of version 1.09e)
  33.   The program is freeware, NOT shareware!
  34. ********************************************************************
  35. (as of version 1.09e)
  36.   A bug preventing the input of the characters , and + introduced
  37.   in the previous version has been corrected
  38. ********************************************************************
  39. (as of version 1.09e)
  40.   The program now automatically uses color if the following two
  41.   conditions are met:
  42.     (a) The computer is in a color mode before executing ESEE.
  43.         (You can put your computer into color with the DOS command:
  44.                  mode co80 )
  45.  
  46.     (b)  The characters C and c DO NOT appear on the command line.
  47.           (This is the opposite of the previous version which
  48.            required the C parameter to use color)
  49. ********************************************************************
  50. (as of version 1.09e)
  51.   The hot-key for the WALL character is now alt - (that's a dash).
  52.  
  53.   Previous versions used control-W, which was too similar to the
  54.   WIPE command.
  55.  
  56. ********************************************************************
  57. (as of version 1.09d)
  58. There is a new mode:PROTECT mode (which was requested by a user).
  59. Protect mode is designed to prevent you from mutating your sequences
  60. when aligning or navigating. 
  61. Protect mode is toggled with the [ENTER] key during normal 
  62. editing.  
  63.  
  64. When in PROTECT mode  the following happens:
  65.   a. the scroll-lock light comes on
  66.   b. the INSERT/TYPEOVER message box displays PROTECT
  67.   c. you can not delete any characters except: 
  68.       blanks, periods, equals signs, walls, and dashes
  69.      if you use the backspace key, the cursor will backspace, 
  70.      non-destructively
  71.   d. you cannot use typeover
  72.   e. the only characters that can be deleted are:
  73.      blanks, periods, equals signs, walls, and dashes
  74.  
  75. ********************************************************************
  76.       (As of version 1.09d)
  77.  Changes to the marking of blocks:
  78.   a. Now when you back up over a page boundary, the block remains
  79.      highlighted. Now when you use down-arrow over a page boundary,
  80.      the cursor ends up on  the top line of the screen.  This allows
  81.      you to see lines below when using this method of block marking.
  82.   b. You can now use the HOME key to unmark blocked characters.
  83.      During marking, this key will take you to the start of the
  84.      current line, unmarking all of the characters on the line.
  85.      (If the block starts on the current line, the cursor ends
  86.      up at was the beginning of the block).
  87.  
  88. ********************************************************************
  89.       (As of version 1.09d)
  90. Changes to the behavior of left arrow and right arrow when
  91. performed over a page boundary.  Things should be a little less
  92. disorientating during cursoring.
  93. ********************************************************************
  94.  
  95.       (As of version 1.09d)
  96. Slight modifications and bug fixes were made to the RESTORE command.
  97. PLEASE NOTE: SAVE-Files from really old versions of ESEE are 
  98.               not supported. This only applies to files saved with
  99.               versions of the program earlier than 0.98f.
  100. ********************************************************************
  101.  
  102.      (As of version 1.09c)
  103. ESEE now uses color. To use color you must:
  104.  
  105.       (a) be in color mode (ie. mode co80 NOT mode bw80)
  106.       (b) run ESEE with the command option C
  107.           e.g. ESEE c
  108.        
  109.         The MODE commmand can be issued from the DOS prompt.
  110.  
  111. You should not use ESEE in color mode if you have a monochrome system
  112. that performs color emmulation with shades of green or gray,
  113. because of the poor contrast between colors.
  114. ********************************************************************
  115.  
  116.      (As of version 1.09c)  (SEQNCE users please note)
  117.  
  118. The GET command has been slightly altered to support the revised
  119. definition of the  database format begining with SEQNCE version 3.0.
  120.  
  121. The revision specifies that a pair of database files  are
  122. named as follows:
  123. -----------------------------------------------------------
  124.   FILE                OLD extension      NEW extension
  125.   ----                 --------------     -------------
  126.  binary database         .sqn              no extension
  127.  database index          .sin                 .ind
  128. -----------------------------------------------------------
  129.  
  130. ESEE will GET from  database files designated with the NEW naming
  131. convention only if a pair with the old extensions cannot be found 
  132. in the specified directory.
  133.  
  134. The PUT commands have not been changed; they only work with
  135. only the old extensions.
  136.  
  137. This change only affects ESEE users who also use SEQNCE. If you
  138. are going back and forth between ESEE and SEQNCE version 3.x,
  139. you should specify database files with the OLD extensions 
  140. when using SEQNCE. (In order to avoid getting confused about where
  141. your sequences are!)
  142.  
  143. Users of SEQNCE versions 2.1 or earlier (i.e. .COM versions) should
  144. not use SEQNCE to add or delete sequences when using ANY database
  145. that  ESEE version 1.09c (or later) has changed through the PUT command.
  146. This is due to a minor change to the .SIN file.  You should either
  147. use an earlier version of ESEE or a later version of SEQNCE, or
  148. only PUT to databases with ESEE (any version).
  149.  
  150. If you do not use SEQNCE at all, these changes have no affect.
  151. There are NO compatiblity problems between databases that have
  152. been created with earlier versions of ESEE and those created 
  153. with ESEE version 1.09c or later.
  154. ********************************************************************
  155.      (As of version 1.09)
  156. ESEE can now find the help file if it is in the  directory
  157. which contains ESEE.exe.  This means that you  no longer will
  158. be prompted for the path to the help file during program
  159. execution.
  160.  
  161. If you have a floppy-drive system, then put
  162. ESEE.EXE and ESEEHELP.FIL on the same diskette.  If you
  163. remove that diskette and summon help, expect to be prompted
  164. for the path to the help file. You should put in your ESEE
  165. disk and give it the floppy disk name and path.
  166.   e.g.  a:\
  167. *********************************************************************
  168.     (As of version 1.08)
  169. You may now re-intialize the built-in "Universal" genetic code from
  170. within the Genetic Code window by typing a "U" in response to the main
  171. prompt.
  172. *********************************************************************  
  173.     (As of version 1.08)
  174. COMPLEMENT erroneously complemented a lower case "c" with an
  175. uppercase "G".   This has been corrected. 
  176. *********************************************************************
  177.     (As of version 1.08)
  178. The bitnet address given in earlier versions is no longer accurate.
  179. The correct address is:
  180.  
  181.      UseridELMO@sfu       <BITNET>
  182.      UseridELMO@cc.sfu.ca <other  electronic mail, such as INTERNET> 
  183. **********************************************************************
  184.    (As of version 1.08)
  185. A persistent problem with TAB  has been corrected.  
  186. **********************************************************************
  187.      (As of version 1.07)
  188. There is new command: Advance start of sequence which slides the 
  189. current sequence downstream to the cursor position.  This command
  190. begins with first non-blank character at the top of the sequence,
  191. ignoring any blanks at the upstream end. The ADVANCE command is
  192. inhibited if the cursor is upstream of the first non-blank character
  193. or if their is not enough room to complete the slide.
  194.  
  195. To use ADVANCE, type either cnt-A or alt-A
  196.  
  197. ********************************************************************
  198.     (As of version 1.07)
  199. A persistent problem with SHIFT-TAB  has been corrected.
  200.  
  201. ************************************************************************
  202.   
  203. A problem with print-out numbering that was introduced introduced with
  204. version 1.05 has been corrected, as of version 1.07
  205.  
  206. **********************************************************************
  207.      (As of version 1.06)
  208. There is a new command: EXTEND END OF SEQUENCE which will fill 
  209. the current sequence with blanks starting from the old end of 
  210. sequence and stopping at the cursor position, which becomes the
  211. new end of sequence.  If you are not beyond the end of sequence 
  212. already, nothing happens.
  213.  
  214. To use EXTEND, type either cnt-E or alt-E.
  215.  
  216. **********************************************************************
  217.   (As of version 1.06)
  218. BLOCK now does more than copy, and the name has been changed 
  219. in the helpfile to reflect the change.  Briefly, you can
  220. mark the block with the arrow keys, as usual, but blocking is
  221. terminated by any key that isn't used to mark blocks.
  222.  
  223. The following details how various termination characters are interpreted
  224. during the marking process:
  225.  
  226.            C = COPY
  227.                   Copies block as in previous versions.
  228.  
  229.               M = MOVE
  230.                   The block is deleted, but can be pasted with F7,
  231.                   in a manner similar to COPY.
  232.  
  233.            D = DELETE BLOCK
  234.                   The block is deleted and the prompt for pasting is omitted.
  235.  
  236.            R = RE-USE previous block
  237.                   Whenever  you copy, move or delete the block will still
  238.                   be available for re-use.  Whenever you are being prompted
  239.                   to mark a block you can instead type a 'R' or 'r' and the
  240.                   previous block is used. If you have started marking and then
  241.                   type the R, the new marking is ignored and you'll still have
  242.                   the previous block available.  If you use R when a successful
  243.                   copy, move or delete has not yet been performed, in a given
  244.                   run of ESEE, then the R command will be ignored and marking
  245.                   will be terminated.  Unfortunately, if you are at the
  246.                   end of sequence (the happy face) you cannot get BLOCK's
  247.                   attention to ask for RE-USE. In these cases, try putting
  248.                   in a blank or going to another sequence, just to initiate
  249.                   the BLOCK function with F7.
  250.  
  251.         <ESC> = aborts marking, higlighting disappears, and the cursor stays
  252.                 wherever it was at the time that you typed the <ESC>. (Just
  253.                 think of it as an accidental penalty for being reticent!)
  254.         <RET> = aborts marking.  During pasting, <RET> as well as F7 can be
  255.                  used, as in previous versions.
  256.  
  257.  other ASCII characters = COPY
  258.  
  259.  control keys and function keys = ignored, marking continues
  260.  
  261.  
  262. For a variety of reasons, UNDO may not always behave the way that you
  263. think is should.  You can use CNTRL-U to undo the text deletion caused
  264. by DELETE or MOVE. In the case of MOVE,  you can use UNDO 
  265. immediately after typing the M, to restore  the deleted text.
  266. You will still get the "Navigate" prompt, so in other  words,
  267. using UNDO with MOVE turns the move into COPY. Alternatively, you
  268. could use the common word-processing trick of pasting the block to
  269. it's original position. Then you can use RE-USE to move a copy or
  270. copies to some other location. The actual pasting from MOVE, COPY, 
  271. or RE-USE is undoable as well. The BLOCK-DELETE is also undoable,
  272. but the deleted block will still be available for pasting with RE-USE.
  273.  
  274. ************************************************************************
  275.   (As of version 1.06)
  276. You can now enter upper ASCII characters directly from the
  277. keyboard using the alt-Keypad combinations.   These characters might
  278. not be print-able on some printers.  The wall character is #222.
  279.  
  280. *************************************************************************
  281.   (As of version 1.06)
  282. When you MATCH or COMPARE, then name of the resulting sequence
  283. is always  given a name that means "upper" vs "lower".
  284. NOTE: The name can easily become inaccurate in the process of
  285. reformating the editing window after sequences have been
  286. created, deleted or moved.  In the case of MATCH, this may
  287. not be a big problem, since you can always re-MATCH to update the
  288. name.  Since COMPARE creates a new sequence everytime, the names of
  289. older compares will rarely be correct. You must, therefore, keep track
  290. of comparsion results a little bit more carefully than in previous
  291. versions of ESEE.  If you want to suppress the automatic naming feature
  292. then run ESEE with a parameter 'A'.
  293. Examples:
  294.           ESEE FA  {fix wonky BIOS behavior and suppress autonaming}
  295.           ESEE a   {use faster screen update, and suppress autonaming}
  296.  
  297. Version 1.1 will allow you to choose whether or not to use the
  298. automatic naming feature of COMPARE and MATCH from within the program.
  299.  
  300. ************************************************************************
  301.   (As of version 1.05)
  302. You can no longer  use cnt-backspace to get a wall. Instead there is
  303. a new key-combination: cnt-W to put in walls. Also alt+222 will
  304. put a wall in.
  305.  
  306. ************************************************************************
  307.  
  308. The function keys for JOIN and PRINT have been reversed.
  309. Now shft-F7 means print, just like in WordPerfect.  JOIN is now
  310. a processive command; everything upstream of the cursor is not
  311. involved in the joining.
  312.  
  313. ************************************************************************
  314.  
  315. The function key for PUT ALL sequences into a database has been
  316. move to CNTRL-F1 from SHIFT-F1. This was done to make room for
  317. a command to pull down a parameter setting window that will appear
  318. in version 1.1.  
  319.  
  320. ************************************************************************
  321.   
  322. Some of you may be used to COMPARE being at ALT-F6.  Recent versions,
  323. however have COMPARE at SHIFT-F6, where it will probably henceforth
  324. remain.  This was done to make room for a command to perform automatic
  325. alignment that will appear in version 2
  326.  
  327. ************************************************************************
  328.   
  329. Check the help-file for information concerning the current keyboard layout.
  330. I don't anticipate any further changes to the function-key usage.
  331.  
  332. ************************************************************************
  333.  
  334. ESEE works well with DESQVIEW (TM) and with LOGITECH (TM) and Microsoft
  335. mouse drivers.  (Other brands of mouse have not been tested). 
  336.  
  337. With the Logitech mouse driver, use the MENU program to make the
  338. mouse emmulate the cursor keys, and to define buttons.
  339.  
  340. With the Microsoft mouse, you should use the program MOUSEKEYS 
  341. from PC-magazine, or its equivalent.  I heartily recommend that 
  342. you write to Microsoft to inform them that they are a poor hardware
  343. supplier for not supplying essential mouse software. (At least 
  344. they didn't with my mouse).
  345.  
  346. Please contact me if you need assistance configuring your system to use 
  347. ESEE with these products.   
  348. *************************************************************************