home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Simtel MSDOS - Coast to Coast / simteldosarchivecoasttocoast2.iso / biology / esee109e.zip / ESEEHELP.FIL < prev    next >
Text File  |  1992-06-06  |  7KB  |  115 lines
  1.   ESEE - The Eyball Sequence Editor Version 1.09e
  2.    ╔═════════════════╤═══════════════════╗     ________CURSOR MOVEMENT:________
  3.    C PUT ALL seqs    │ WIPE all seqs     C     cn-HOME...top left of page
  4. F1 S                 │ DELETE a seq      S F2  cn-END....bottom right of page
  5.    A SPACE in N      │ REMOVE # & spaces A     cn-LEFT...left 10 positions
  6.    ║_SPACE in 3 _____│_REMOVE spaces_____║     cn-RIGHT..right 10 positions
  7.    C begin NUMBERING │ change NAME       C     cn-PgUp...first page
  8. F3 S FILES           │ REPLICATE         S F4  cn-PgDn...last page
  9.    A Genetic Code    │ change TYPE       A     cn-RET....end of sequence
  10.    ║_Help____________│_TRANSLATE_________║     alt =.....go to
  11.    C UPPERcase       │ LOWERcase         C     alt -.....WALL
  12. F5 S Redefine ORIENT │ COMPARE           S F6      [.....SLIDE Left
  13.    A REVERSE         │                   ║         ].....SLIDE Right
  14.    ║_COMPLEMENT______│_MATCH_____________║  (Tabs are blanks in type-over mode)
  15.    ║                 │                   ║    sh-TAB.....insert 60 spaces  
  16. F7 S PRINT           │ MOVE a seq        S F8    TAB.....insert 10 spaces
  17.    A JOIN seqs       │ CREATE a seq      A      cn-A.....Advance  sequence
  18.    ║_BLOCK___________│_FIND string_______║      cn-E.....Extend end of sequence
  19.    C GET a sequence  │ PUT a sequence    C      cn-U.....UNDO
  20. F9 S RESTORE seqs    │ SAVE all seqs     S F10  cn-Y.....DEL to end of line
  21.    A INPUT a sequence│ OUTPUT as ASCII   A      cn-Z.....Del to end of sequence
  22.    ║ REPLACE  char   │       QUIT        ║       INS.....Toggle TYPEOVER mode
  23.    ╚═════════════════╧═══════════════════╝       RET.....Toggle PROTECT mode
  24. INPUT/OUTPUT   Alt-F9  or Alt-i ... INPUT one raw ASCII sequence
  25.                Alt-F10 or Alt-o ... OUTPUT one raw ASCII sequence
  26.                Shf-F10 or Alt-s ... SAVE all sequences in a save file
  27.                Shf-F9     Alt-r ... RESTORE a saved file
  28.                Cnt-F1 ............. PUT ALL sequences into a database
  29.                Cnt-F9  ............ GET sequence from a database
  30.                Cnt-F10 ............ PUT current sequence into a database
  31.                Shf-F7  or Alt-p ... PRINT-OUT window
  32.  
  33. SEQUENCE        Alt-F8 or Alt-c ... CREATE a sequence at cursor position
  34. MANIPULATION    Shf-F2 or Alt-d ... DELETE the sequence at cursor position
  35.                 Shf-F8 or Alt-m ... MOVE the sequence at cursor position
  36.                 Cnt-F2 or Alt-w ... WIPE all the sequences from the editor
  37.                 Shf-F4 ............ REPLICATE the sequence at cursor position
  38.                 Alt-F7 ............ JOIN a copy of a sequence onto another
  39.                 Alt-F4 or Alt-t ... Change TYPE of current sequence
  40.                 Alt-F6 or Alt-n ... Change NAME of current sequence
  41.                 Cnt-F3 or Alt-b ... Begin NUMBERING with N
  42.                 Shf-F5 ............ Redeclare Orientation
  43.                 Cnt-e  or Alt-e ... EXTEND end of sequence to cursor position
  44.                 Cnt-a  or Alt-a ... Advance sequence to cursor position
  45. GENERAL   F7 .. BLOCK (mark, copy, move, delete a block)
  46. EDITING   F8 .. FIND a string of up to 25 characters in the current sequence
  47.           F9 .. REPLACE all occurences of a given character to right of cursor
  48.  
  49. PROGRAM  CONTROL
  50.  Shf-F3  or Alt-f...FILES window           Alt-F3 or Alt-g...Genetic Code
  51.  Shf-F7  or Alt-p...PRINT OUT window       Alt-h  or F3......HELP
  52.  Alt-q   or F10  or <ESC>...QUIT                     Cnt-U...UNDO
  53.  
  54. SEQUENCE EDITING COMMANDS
  55.  cnt-U .. UNDO
  56.  cnt-W .. Insert WALL (to block spacing and translation)
  57.  cnt-Y .. DELETE to end of line
  58.  cnt-Z .. DELETE to end of sequence
  59.     F1 .. SPACE in TRIPLETS to right from cursor position
  60. alt-F1 .. Insert a space every nth position
  61.     F2 .. REMOVE SPACES to right from cursor position
  62. alt-F2 .. REMOVE SPACES and digits to right
  63.     F4 .. TRANSLATE a protein sequence from cursor to right. The translation is
  64.          based upon the first nucleic acid sequence found above the protein
  65.          sequence. You can't translate beyond the end the nucleic acid sequence
  66.     F5 .. COMPLEMENT. Creates a new sequence based upon the current sequence
  67. shf-F5 .. REVERSE the current sequence
  68.     F6 .. MATCH  two sequencese. Creates a new sequence of type A if necessary
  69. shf-F6 .. COMPARE two sequences of the same type. Creates a new sequence
  70.  
  71. DESTINATION: Specify a file or a device. Don't use colons in device names, i.e.
  72.     use names like PRN, LPT2 and CON not names like PRN:, etc. Unlike
  73.     OUTPUT and SAVE, PRINT-OUT will overwrite an existing file with no query.
  74. TITLE: Enter a string of up to 80 characters to be printed on the top of each
  75.     page.  Note: The title takes up 4 lines of the print out even if it
  76.     is  blank (the default).
  77. LINE LENGTH: Specify the number of sequence characters  to include on a line.
  78.     Allow for spaces taken up by names and numbers any defined left margin,
  79.     keep this in mind!  This command affects the OUTPUT command.
  80. PAGE LENGTH: Specify the maximum number of lines to print on a page. Remember
  81.     to allow 4 lines for the title.  Groups of sequences are not split over
  82.     pages.  After each page a form feed is sent.
  83. SUPPRESS FORM FEEDS: This is useful for getting two or more outputs on a page.
  84. SUPPRESS NUMBERING: Enter the number of a sequence that shouldn't be numbered.
  85.     Unsuppress by "suppressing" a given sequence a second time. You may add as
  86.     many valid sequence numbers to this list as you desire.
  87. VERTICAL SPACING BETWEEN GROUPS OF LINES: Enter a value from 0 through 25.
  88. PRINTER COMMAND: Selected presets are highlighted. Selecting a second time
  89.    unselects the option. In addition you may enter an ASCII string of up to
  90.    255 characters containing control codes for your own printer. Enter non-
  91.    printable characters as decimals in square brackets. This string can be
  92.    added to as you go along.  RET alone will clear any existing string.
  93. Go:  Starts printout.  Printing is complete when the word "GO" disappears.
  94. NAME WIDTH: You may specify any width from 0 to 64. Other values are ignored.
  95.    With a setting of 0 no  names are printed otherwise the names will
  96.    be printed and the name field will be separated by the sequences by one
  97.    space.
  98.  
  99. PRINT BLANK LINES: Any print-out line that consists of blanks is normally NOT
  100.   printed.  Blank lines can be forced to appear when this option is set to N,
  101.   in which case they will be printed with no numbers.
  102.  
  103. READ/SAVE print-out definition.  The SAVE option allows you to save the current
  104.    print-out settings in a file that can be READ at a later time.  Any valid
  105.    file name is allowed.  The only option that is not saved with this command
  106.    is the list of sequences with suppressed numbering, since numbering is
  107.    really a sequence-specific attribute.
  108.  
  109. NUMBERING RULES:
  110. By default only sequences of type N and P are numbered on print-out.
  111. For type N: only characters in the set {A, G, C, T, U, N, R, Y} are numbered.
  112. For type P: Only valid amino acids will be numbered.
  113. For type T: the count on a line is based on the number of non-blank characters
  114.             divided by 3 with the remainder ignored.
  115. For type A: all non-blank characters are numbered.