Oι συλλογές Iσλαμικής τέχνης θα στεγασθούν στο υπό ανάπλαση νεοκλασικό κτηριακό συγκρότημα των αρχών του αιώνα στην περιοχή του Κεραμεικού, στο ιστορικό κέντρο της Αθήνας. Το συγκρότημα, επί των οδών Αγίων Ασωμάτων 22 και Διπύλου 12, περιήλθε στο Μουσείο Μπενάκη από δωρεά εν ζωή του αείμνηστου Λάμπρου Ευταξία, ο οποίος κατά το τελευταίο διάστημα της ζωής του διετέλεσε Επίτιμος Πρόεδρος της Διοικητικής Επιτροπής του Μουσείου.

Το κτηριακό συγκρότημα αποτελείται από δύο κτήρια κατοικιών, ένα τριώροφο και ένα διώροφο, τα οποία το 1989 χαρακτηρίστηκαν διατηρητέα ως προς τις όψεις τους. Στην ίδια περιοχή βρίσκονται σημαντικοί αρχαιολογικοί χώροι όπως η υπό ανάπτυξη περιοχή της Αρχαίας Αγοράς, ο δωρικός ναός του Ηφαίστου (Θησείο) και το Μουσείο του αρχαίου Νεκροταφείου του Κεραμεικού.

Με βάση την εγκεκριμένη αρχιτεκτονική και στατική μελέτη, που εκπονήθηκε για λογαριασμό του Μουσείου Μπενάκη από τον αρχιτέκτονα Π. Καλλιγά και τον πολιτικό μηχανικό Γ. Σπάρη, η Διεύθυνση Ειδικών Έργων του Υπουργείου Περιβάλλοντος Χωροταξίας και Δημοσίων Έργων ανέλαβε το 1996 τα σωστικά έργα για τη στήριξη των δύο κτηρίων και τη στερέωση των διακοσμητικών στοιχείων των όψεων, στα πλαίσια του προγράμματος ανάπλασης της περιοχής του Κεραμεικού.

Κατά τη διάρκεια των σωστικών εργασιών βρέθηκε στη στάθμη των θεμελίων του κτηρίου τμήμα του αρχαίου τείχους των Αθηνών, καθώς και αρχαίος τάφος. Μετά από συνεννόηση του Μουσείου Μπενάκη με τη Γ΄ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων, αποφασίστηκε να παραμείνουν τα ευρήματα στη θέση τους και να διαμορφωθεί κατάλληλα ο χώρος στη στάθμη του υπογείου, ώστε να είναι επισκέψιμα. Για το σκοπό αυτό εκπονήθηκε άμεσα η τροποποίηση της αρχικής αρχιτεκτονικής και στατικής μελέτης με βάση τα νέα στοιχεία των ανασκαφών και σύμφωνα με τα σύγχρονα δεδομένα παρουσίασης σύνθετων πολιτισμικών χώρων.