ここでは，既にアイテムが追加され，バックアップすべきファイルの指定が完了した時点を想定し，プロジェクトを設定する方法を紹介します。
プロジェクトを設定することで，バックアップに関する詳細を指定することが出来ます。
プロジェクトの設定は，プロジェクト編集画面から呼び出します。呼び出す方法は，次の3通りがあります。
プロジェクトのプロパティでは，プロジェクトファイル名以外の大部分を変更することが出来ます。ここで変更した内容は，[OK] を押すと反映されます。ここでバックアップするに当たっての重要な項目についてご紹介します。
プロジェクトの全般的な設定を行います。
ディスティネーションとは，バックアップ先のことです。このソフトウエアでは，判別のしやすさから，英語を用いています(バックアップ元・バックアップ先 だと1文字しか変わりません)。履歴ディスティネーションは，履歴を保存するバックアップ先のことです。バックアップ先は，リムーバブルメディア・固定ディスク・ネットワークドライブのいずれでも動作可能です。
バックアップモードと履歴で紹介した，完全モードで実行する間隔や，履歴の最大数を指定します。
自動実行するプロジェクトに設定しているとき(ここのシートにある「アクティブ」が ON になっていて，更に自動実行モードになっているとき)，どういうタイミングで実行するかを設定します。
アクティブを ON にすると，自動実行対象となります。実際に自動実行するかどうかは，自動実行モードかどうかに依存します。
間隔指定は指定した時間毎に，時間指定は指定した時間に，アイドル時指定は，アイドル判定で指定時間が経過した際に実行します。
これらの設定はコンバイン出来，たとえば間隔10分・アイドル3分とすると，12:00 に実行した後 PC を放置しても，12:10 まで実行されません。12:03 に実行したければ，間隔設定を OFF にします。更に，作業を続けている場合は，12:10 を過ぎても実行されません。アイドル状態が3分続いてから，実行されます。
ボリュームラベルが異なると，コピー動作に移らないようにします。これにより，ありもしないコピー先に転送したりする問題を回避できます。特にリムーバブルメディアでは，メディアが違うのに動作してしまう問題を回避できるでしょう。この設定を ON にするだけだと，特に確認せず，違えばキャンセルされますが，全般シートの「プロジェクトを実行する前に確認する」が ON ならば，確認するようになります。