home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Collection of Hack-Phreak Scene Programs / cleanhpvac.zip / cleanhpvac / TIERRA40.ZIP / DOC / PROBE.DOC < prev    next >
Text File  |  1992-09-11  |  10KB  |  263 lines

  1.  
  2.  
  3.                           TIERRA Genebank Probe            
  4.                             by Daniel Pirone
  5.  
  6.  
  7. PURPOSE:
  8.  
  9.    This document describes a software tool that aids in the analysis of the
  10. large amount of "genebank" data generated by the Tierra Artificial Life
  11. Simulation (1). "Probe" allows an automated filtering of genebank data 
  12. ( tierra creature data files ), by selection of 10 major gene descriptives 
  13. ( e.g. size ).  Probe is an excellent companion tool to Beagle, a graphical
  14. analysis tool, also bundled with the MSDOS version of Tierra.
  15.  
  16. THE INTERFACE:
  17.  
  18.    The Probe user interface is a simple menu driven system. All of the
  19. menu options are Case Sensitive (Turn Caps Lock Off).  
  20. In most cases:
  21.    - if you wish to leave a value unchanged, press <Enter> when prompted for
  22.      a new value. 
  23.    - all numeric parameters ( options 1 - 8 ) can have the wildcard value -1,
  24.      (negative one), meaning "don't care", which will match any value.
  25.    - pressing escape <ESC> , will take you to the previous interface level,
  26.      and will Exit the program if done from the main menu.
  27.  
  28. The main interface looks like the following:
  29.  
  30.  
  31. > TIERRA Genebank Probe            by Daniel Pirone
  32. > 1 - Size                                     (-1)
  33. > 2 - Label                                    ( -1)
  34. > 3 - MaxPropPop  threshold [0-100]%           (-1) 
  35. > 4 - MaxPropInst threshold [0-100]%           (-1) 
  36. > 5 - Begin Time of MaxPropPop threshold cross (-1,-1)
  37. > 6 - End   Time of MaxPropPop threshold cross (-1,-1)
  38. > 7 - Begin Time of Origin                     (-1,-1) 
  39. > 8 - End   Time of Origin                     (-1,-1) 
  40. > 9 - Watch Bit String [0,1,?] (????????????????????????????????) 
  41. >     Watch Bit String (EXsdofh TCsdofh TPsdofh MFsdofh MTsdofh MBsdofh ) 
  42. > f - Toggle file type                         (gen)
  43. > i - Genebank Input directory                 (gb/)
  44. > o - Match    Output directory                (td/)
  45. > m - Opcode - Instruction Map file            (opcode.map)
  46. > v - Set Gene Output viewer                   (vi)
  47. > G - Begin Probe
  48. > PROBE | (1-9) = edit param, 0 = init params, G=go <ESC> = quit      -> 
  49.  
  50. At this point you may enter a digit 1-9 to edit the corresponding parameter,
  51. or 0 to set them to their initial don't care values. Additionally, you
  52. can specify:
  53.    - select permanent or temporary gene files,
  54.    - an input path & directory for genebank data, 
  55.    - an output path & directory for ascii format gene data, 
  56.    - your favorite text viewing executable, 
  57.  
  58. All of these options are detailed below.
  59.  
  60. Gene Size:
  61.  
  62. > PROBE | (1-9) = edit param, 0 = init params, G=go <ESC> = quit      -> 1
  63. > Enter Size [-1 = don't care] -> 
  64.  
  65.    Parameter 1 allows you to select for a specific size of gene.
  66.  
  67. Gene Label:
  68.  
  69. > PROBE | (1-9) = edit param, 0 = init params, G=go <ESC> = quit      -> 2
  70. > Enter Label [-1 = don't care, aaa-zzz] -> 
  71.  
  72.    Parameter 2 allows you to select for a specific gene sequence.
  73.  In combination with the size parameter, you can easily extract
  74.  and genome of your choice.
  75.  
  76. MaxPropPop  &  MaxPropInst:
  77.  
  78. > PROBE | (1-9) = edit param, 0 = init params, G=go <ESC> = quit      -> 3
  79. > Enter threshold [-1 = don't care, 0-100]% -> 
  80.  
  81.    Parameters 3 and 4 allow you to select a percent threshold for the
  82.  maximum proportion of the population (MPP) and/or max. proportion of
  83.  instructions ( bytes of "soup" ) that a gene has attained.
  84.  A gene will be selected if its MPP/MPI was greater than or equal to the 
  85.  percentage you enter.  Reasonable values for MPP are 5 - 30, for normally
  86.  diverse runs. Values higher than 30 % usually indicate a "mutual exclusion" 
  87.  scenario.  In combination with with the MPP time window, you can easily find
  88.  a dominant genome of your choice.
  89.  
  90. MaxPropPop Time Window & Gene Origin Time Window:
  91.  
  92. > PROBE | (1-9) = edit param, 0 = init params, G=go <ESC> = quit      -> 5
  93. > Enter millions , insts [-1 = don't care]  -> 
  94.  
  95.    These two part parameters allow you to specify a temporal window
  96.  in which to look for a MPP threshold ( param 3 ) crossing, or
  97.  the Origin of a gene. For both the Begin and End time specifications,
  98.  your input can take the form:
  99.    m    
  100.  or
  101.    m,i
  102.  Where m is a -1 for don't care, or a non-negative integer representing
  103.  a number of millions of Tierrian instructions executed, and i is the
  104.  remainder of instructions executed.  If only a single number is entered,
  105.  it is assumed to be the millions part.
  106.  
  107. Watch Bits String:
  108.  
  109. > PROBE | (1-9) = edit param, 0 = init params, G=go <ESC> = quit      -> 9
  110.  
  111.    This complex parameter allows you to look for a specific behavioral trait
  112.  (eg: writing on its own memory, using someone elses template)
  113.  For each of the following 30 parameters, you may :
  114.    - press <Enter> to leave the value as it is,
  115.    - enter a 1/0 to look for the presence of this trait,
  116.    - enter a ? for don't care
  117.    - press <ESC> to return to the main menu, leaving the rest of the 30
  118.      Watch Bits as they were.
  119.  
  120.  The Watch bits are:
  121.  
  122.  Bit  2 EXs = executes own instructions (self)
  123.  Bit  3 EXd = executes daughter's instructions
  124.  Bit  4 EXo = executes other cell's instructions
  125.  Bit  5 EXf = executes instructions in free memory
  126.  Bit  6 EXh = own instructions are executed by other creature (host)
  127.  Bit  7 TCs = matches template complement of self
  128.  Bit  8 TCd = matches template complement of daughter
  129.  Bit  9 TCo = matches template complement of other
  130.  Bit 10 TCf = matches template complement of free memory
  131.  Bit 11 TCh = own template complement is matched by other creature (host)
  132.  Bit 12 TPs = uses template pattern of self
  133.  Bit 13 TPd = uses template pattern of daughter
  134.  Bit 14 TPo = uses template pattern of other
  135.  Bit 15 TPf = uses template pattern of free memory
  136.  Bit 16 TPh = own template pattern is used by other creature (host)
  137.  Bit 17 MFs = moves instruction from self
  138.  Bit 18 MFd = moves instruction from daughter
  139.  Bit 19 MFo = moves instruction from other cell
  140.  Bit 20 MFf = moves instruction from free memory
  141.  Bit 21 MFh = own instructions are moved by other creature (host)
  142.  Bit 22 MTs = moves instruction to self
  143.  Bit 23 MTd = moves instruction to daughter
  144.  Bit 24 MTo = moves instruction to other cell
  145.  Bit 25 MTf = moves instruction to free memory
  146.  Bit 26 MTh = is written on by another creature (host)
  147.  Bit 27 MBs = executing other creatures code, moves inst from self
  148.  Bit 28 MBd = executing other creatures code, moves inst from daughter
  149.  Bit 29 MBo = executing other creatures code, moves inst from other cell
  150.  Bit 30 MBf = executing other creatures code, moves inst from free memory
  151.  Bit 31 MBh = other creature uses another cpu to move your instructions
  152.  
  153.  For a more detailed description of the Watch Bits, see the Tierra Users Guide 
  154.  (and/or the source code!).
  155.  
  156. Gene File Type:
  157.  
  158. > PROBE | (1-9) = edit param, 0 = init params, G=go <ESC> = quit      -> f
  159.  
  160.    The f option allows you to choose to scan permanent genes (.gen files),
  161.  or temporary genes (.tmp files) generated as Tierra shut down.  Temporary
  162.  gene files generally contain "less fit" genes.
  163.  
  164. GENE OUTPUT VIEWER:
  165.  
  166. > PROBE | (1-9) = edit param, 0 = init params, G=go <ESC> = quit      -> v
  167.  
  168.    The v option allows you to choose a path and executable file
  169.  ( and limited command line options ) used to view the ascii format of 
  170.  the selected genes.  These gene files are written to the Output 
  171.  directory ( 'o' option ).  In Unix, you might use more, less, vi, cat ...
  172.  In MSDOS, the default 'more <' is ok, but something more like the
  173.  EDIT program that comes with DOS 5.x is better.  The syntax of the
  174.  system shell call is roughly:
  175.  
  176.    path/viewer.exe options  output_path/gene
  177.    ----- v option --------  -- o ------ - found file ( eg 0080aaa )
  178.  If no path is specified, the executable must be in you path.
  179.  
  180. PROBING THE GENEBANK:
  181.  
  182. > PROBE | (1-9) = edit param, 0 = init params, G=go <ESC> = quit      -> G
  183.  
  184.    Once you have entered all the parameters you care to specify, entering
  185.  a capitol G will initiate the search.  The first thing Probe will do
  186.  is read in the opcode mapping file you have specified with the 'm' 
  187.  parameter.  The file is assumed to be in the same directory as the Genebank
  188.  input files, ( the 'i' parameter ).  This is used to decode the numeric 
  189.  instructions to a human digestible from.  The default ( opcode.map ) is
  190.  usually fine, but Please take care that if you use a different mapping,
  191.  that you specify it! 
  192.  
  193.    After pressing the G, you can stop the search with your break key
  194.  <Control-C>, (or <ESC> in MSDOS ).  When the search starts you will see:
  195.  
  196. > BEGIN Probing Genebank
  197. >
  198. > scanning archive  |gb//0080.gen|
  199.  
  200.  The filename should flash as Probe looks through the files.
  201.  If Probe finds a genome that matches your parameter settings:
  202.  
  203. >     0080aaa
  204. > Enter y to show , ESC to break out, any other key to continue ->
  205.  
  206.  At this point you may enter a 'y' to use the viewer ( 'v' option )
  207.  to look at an ascii format of the gene that has been written to the
  208.  Output directory ( 'o' option ).  Pressing <ESC> will take you back to the
  209.  main menu, and any other key will continue the search.
  210.  
  211. > Enter y to show , ESC to break out, any other key to continue ->y
  212.  
  213. > format: 2  bits: 45750471  EXsh    TCsh    TPs     MFsofh  MTdf    MB      
  214. > genotype: 0080aaa  parent genotype: 6666god
  215. > 1st_daughter:  flags: 0  inst: 827  mov_daught: 80          breed_true: 1
  216. > 2nd_daughter:  flags: 0  inst: 809  mov_daught: 80          breed_true: 1
  217. > Origin: InstExe: 0,0  clock: 0  Wed Dec 31 17:00:00 1969
  218. > MaxPropPop: 0.8306  MaxPropInst: 0.4239 mpp_time: 0,0 
  219. > ploidy: 1  track: 0
  220. > track 0: prot
  221. >           xwr
  222. > nop_1   ; 010 110 01   0
  223. > nop_1   ; 010 110 01   1
  224. > nop_1   ; 010 110 01   2
  225. > nop_1   ; 010 110 01   3
  226. > zero    ; 010 110 04   4
  227. > or1     ; 010 110 02   5
  228. > shl     ; 010 110 03   6
  229. > shl     ; 010 110 03   7
  230. > mov_cd  ; 010 110 18   8
  231. > ...
  232. > ret     ; 010 110 17  74
  233. > nop_1   ; 010 100 01  75
  234. > nop_1   ; 010 100 01  76
  235. > nop_1   ; 010 100 01  77
  236. > nop_0   ; 010 100 00  78
  237. > if_cz   ; 010 000 05  79
  238.  
  239. > END   Probing Genebank
  240.  
  241. > Enter to continue 
  242.  
  243.    Please send bug reports to : tierra-bug@life.slhs.udel.edu
  244.  
  245. -----------------------------------------------------------------------------
  246.  
  247. (1) Tierra is available by anonymous ftp from:
  248.  
  249. tierra.slhs.udel.edu ( 128.175.41.33 )
  250.  
  251. or on disk by mail from Virtual Life, P.O. Box 625, Newark, DE 19715.
  252. Make check for $65 payable to Virtual Life, and specify 3.5" or 5.25" disks.
  253.  
  254. -----------------------------------------------------------------------------
  255.