home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ The Best of Windows 95.com 1996 September / WIN95_09964.iso / apps / ammp95.zip / RUNNING.IT < prev    next >
Text File  |  1996-06-13  |  4KB  |  90 lines
  1.  
  2. General instructions for running ammp.
  3.  
  4. 1) Ammp only understands ammp files.  The functions involved in
  5. taking a coordinate file and associating the atoms to the 
  6. potential functions is done by an auxilary program PREAMMP.
  7. This separation allows the use of many potential functions without
  8. the complete redesign of AMMP.  We have used at least four, including
  9. united atom AMBER potentials, UFF all-atom potentials, and two
  10. reduced number of atoms model potentials for folding experiments.
  11. The complexity of the code for potential generation is generally
  12. quite high which makes these programs more difficult to support.
  13. Hence it is a very good idea to keep them small and seperate which 
  14. makes support relatively easy.
  15.  
  16. 2) running preammp.  Preammp is the all-atom UFF potential
  17. "compiler" which takes PDB files to AMMP files.  It recognizes a 
  18. minimal subset of the PDB record set.  Basically a card is an
  19. ATOM card or it isn't.  HETATM's should be recognized as well.
  20. Preammp uses an atom dictionary to define atom types and a set
  21. of templates to define bonds angles and the like.  Two atom
  22. dictionaries are included.  atoms.new uses the UFF values for
  23. charge generation (mompar and mom); atoms.adj uses values calibrated
  24. against dipole moments of small molecules.  Atoms.adj is probably
  25. better.   The templates are a set of files named by the same
  26. three letter code used in the pdb file (i.e. ALA has a ala. template).
  27. The template is a list of atoms and a list of bonds.  Special
  28. angles, torsion values, and hybrid terms may be included.  Special
  29. hybrids are included to enforce stereochemistry (the quick
  30. way to get parameters for these is to use a hybrid of
  31. "hybrid i j k l 0 0 ;" and analyze the hybrid after building a
  32. non-specfic model.  The height reported is then +- the height to use.)
  33.  
  34. preammp is (currently) a DOS program and should have a pif written for it
  35. or run under a DOS window.  If you modify dosprmpt.pif you can have a 
  36. window which works under windoz. (this is how i do it).
  37.  
  38. Prewin is the windows version of this and can be called directly from
  39. AMMP.
  40.  
  41. examples
  42. a) read in a protein
  43.  
  44. D:\ROB\PREAMMP>preammp
  45.  atom definition file:>
  46. atoms.adj
  47.  Residue dictionary directory:>
  48. protein
  49.  atom input coordinate file:>
  50. dtx.pdb
  51.  AMMP file:>
  52. dtx.amp
  53.  
  54. the directory .\protein\ (you only need the minimal specification)
  55. contains the templates for ALA ... .  The file dtx.pdb is scanned
  56. and every time the residue number changes a new template is opened 
  57. and used.  The output file "dtx.amp" will need to have the peptide
  58. bonds pasted in and command examples are in the preammp\protein
  59. directory.  Atoms which are in the dictionary but not the
  60. coordinates will be generated with a position of 0 0 0.  You
  61. will be warned about atoms, such as OXT, which are not in
  62. the dictionary, but are in the coordinates.
  63.  
  64. b) do a new molecule "xyz"
  65.  
  66. D:\ROB\PREAMMP>preammp
  67.  atom definition file:>
  68. atoms.adj
  69.  Residue dictionary directory:>
  70.  
  71.  atom input coordinate file:>
  72.  
  73.  AMMP file:>
  74. xyz.amp
  75.  enter the dictionary name >
  76. xyz
  77.  
  78. If there is no coordinate file or the coordinate file is empty the
  79. program prompts for a dictionary name and the uses that to generate
  80. a file with 0 0 0 for all atoms.  Note that the template is in
  81. the current directory.
  82.  
  83. 3) Building coordinates.
  84.  
  85. initially you should freeze the positions of any defined atoms to 
  86. build the positions of the undefined (0 0 0 ) atoms.  Use
  87. nzinactive (or see what the menu command does).  Then release all
  88. the coordinates.  Generally using gsdg to get a self-avoiding
  89. start is a good idea.
  90.