home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ DP Tool Club 17 / CD_ASCQ_17_101194.iso / vrac / med9408d.zip / M9480704.TXT < prev    next >
Text File  |  1994-08-27  |  3KB  |  45 lines
  1.        Document 0704
  2.  DOCN  M9480704
  3.  TI    Methylphosphonate mapping of phosphate contacts critical for RNA
  4.        recognition by the human immunodeficiency virus tat and rev proteins.
  5.  DT    9410
  6.  AU    Pritchard CE; Grasby JA; Hamy F; Zacharek AM; Singh M; Karn J; Gait MJ;
  7.        MRC Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, UK.
  8.  SO    Nucleic Acids Res. 1994 Jul 11;22(13):2592-600. Unique Identifier :
  9.        AIDSLINE MED/94316502
  10.  AB    The HIV-1 regulatory proteins tat and rev are both RNA binding proteins
  11.        which recognize sequences in duplex RNA which are close to structural
  12.        distortions. Here we identify phosphate contacts which are critical for
  13.        each binding reaction by use of a new method. Model RNA binding sites
  14.        are constructed carrying substitutions of individual phosphodiesters by
  15.        uncharged methylphosphonate derivatives isolated separately as Rp and Sp
  16.        diastereoisomers and tested for protein binding by competition assays.
  17.        In the binding of tat to the trans-activation response region (TAR),
  18.        three phosphates, P21 and P22 which are adjacent to the U-rich bulge and
  19.        P40 on the opposite strand, are essential and in each case both isomers
  20.        inhibit binding. Similarly, in the interaction between the HIV-1 rev
  21.        protein and the rev-responsive element (RRE) both methylphosphonate
  22.        isomers at P103, P104, P124 and P125 interfere with rev binding. At
  23.        P106, only the Rp methylphosphonate isomer is impaired in rev binding
  24.        ability and it is proposed that the Rp oxygen is hydrogen-bonded to an
  25.        uncharged amino acid or to a main chain hydrogen atom. Synthetic
  26.        chemistry techniques also provide evidence for the conformations of
  27.        non-Watson-Crick G106:G129 and G105:A131 base-pairs in the RRE 'bubble'
  28.        structure upon rev binding. Almost all functional groups on the 5 bulged
  29.        residues in the bubble have been ruled out as sites of contact with rev
  30.        but, by contrast, the N7-positions of each G residue in the flanking
  31.        base-pairs are identified as sites of likely hydrogen-bonding to rev.
  32.        The results show that both tat and rev recognize the major groove of
  33.        distorted RNA helixes and that both proteins make specific contacts with
  34.        phosphates which are displaced from the sites of base-pair contact.
  35.  DE    Base Composition  Base Sequence  Binding Sites  Cloning, Molecular  Gene
  36.        Products, rev/*METABOLISM  Gene Products, tat/*METABOLISM
  37.        HIV-1/*METABOLISM  Molecular Sequence Data  Nucleic Acid Conformation
  38.        Organophosphorus Compounds/*METABOLISM  Phosphates/METABOLISM  RNA,
  39.        Viral/*METABOLISM  Stereoisomers  Support, Non-U.S. Gov't  JOURNAL
  40.        ARTICLE
  41.  
  42.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  43.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  44.  
  45.