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Text File  |  1994-09-05  |  2KB  |  39 lines
  1.        Document 0864
  2.  DOCN  M9480864
  3.  TI    Identification of three distinct HIV-1 subtypes in Brazil based on the
  4.        protease gene.
  5.  DT    9410
  6.  AU    Janini LM; Luo CC; Peralta M; Schecther M; Kalish ML; Pieniazek N; de la
  7.        Torre N; Schochetman G; Rayfield M; Pieniazek D; CDC, Atlanta, GA.
  8.  SO    Abstr Gen Meet Am Soc Microbiol. 1994;94:482 (abstract no. T-1). Unique
  9.        Identifier : AIDSLINE ASM94/94313081
  10.  AB    OBJECTIVE: To study genotypic differences in the protease gene from
  11.        HIV-1 infected persons in Brazil. METHODS: HIV-1 proviral DNA from 40
  12.        specimens were surveyed for genetic similarity to reference strains
  13.        using a PCR typing procedure based on the polymorphism of restriction
  14.        sites in the p24 gag region and in the protease gene. Twenty four of
  15.        these isolates were selected for protease gene sequencing. The sequence
  16.        data were used to infer phylogenetic relationship between isolates using
  17.        maximum likelihood and distance matrix methods. RESULTS: Three
  18.        genetically distinct subtypes were identified on the basis of their
  19.        protease gene sequences. Twenty one of the sequences were related to
  20.        those of the North American/European env subtype (B). The remaining 3
  21.        strains clustered into 2 distinct groups in the phylogenetic tree: one
  22.        sequence clustered with the African strains ELI and Z2Z6 (env subtype
  23.        D), whereas two other sequences clustered with strains in the env
  24.        subtype F group. CONCLUSIONS: Analysis of protease gene demonstrated the
  25.        existence of 3 distinct HIV-1 phylogenetic groups corresponding to env
  26.        subtypes B, D and F in the Brazilian population in contrast to the two
  27.        env subtypes (B and F) previously identified. Whether differences
  28.        between the grouping of some Brazilian strains, based on protease or
  29.        envelope gene regions, is a result of convergence in V3 region or a
  30.        recombination event merits further studies.
  31.  DE    Brazil  Comparative Study  DNA, Viral/*ISOLATION & PURIF  Genes, gag
  32.        *Genes, Viral  Human  HIV Protease/*GENETICS
  33.        HIV-1/*CLASSIFICATION/*GENETICS/ISOLATION & PURIF  Phylogeny  Polymerase
  34.        Chain Reaction/METHODS  Polymorphism (Genetics)  MEETING ABSTRACT
  35.  
  36.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  37.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  38.  
  39.