Le second des travaux fut de tuer l'Hydre du marais de Lerne. L'Hydre était un monstre au corps de chien avec neuf têtes, dont une immortelle, qui repoussaient chaque fois qu'elles étaient coupées. Pendant qu'Héraclès coupait les têtes avec son épée, son neveu Iolas brûlait les cous pour éviter que les têtes ne repoussent. Quand il ne resta plus que la tête immortelle, celle-ci fut coupée puis enfouie sous un rocher énorme. C'est ainsi que l'Hydre fut tuée. Mais Eurysthée ne considéra pas cette épreuve valable parce qu'Héraclès avait été aidé par son neveu.
