home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Hall of Fame / HallofFameCDROM.cdr / misc1 / chemic.lzh / CHEM.EXA < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1986-12-13  |  3.3 KB  |  95 lines
  1.  Example 1:   Make Water Molecule
  2.  
  3.          Key                  function
  4.          ---           -----------------------
  5.          A             Enables Atom Selection
  6.          O (cr)        selects Oxygen
  7.          H (cr)        selects Hydrogen
  8.          H (cr)        selects Hydrogen
  9.          (cr)          exits Atom Selection
  10.          B             Enables Bond Command
  11.          1 (cr)        selects first atom (Oxygen)
  12.          2 (cr)        selects second atom (Hydrogen)
  13.          (cr)          no dative bonds
  14.          1 (cr)        selects first bond listed
  15.                        (Oxygen and Hydrogen atoms appear on screen)
  16.          (cr)          Enables Bond Command              
  17.          1 (cr)        selects first atom (Oxygen)
  18.          3 (cr)        selects third atom (Hydrogen)
  19.          (cr)          no dative bonds
  20.          1 (cr)        selects first bond listed
  21.          V             Chemical is shown in selected view
  22.          down cursor   New view selected
  23.          (cr)          New view shown
  24.  
  25.      Example:  Saving to Disk
  26.      
  27.          F               File command
  28.          W               Write to Disk command
  29.          H2O (cr)        file name
  30.          Water  H2O(cr)  title  
  31.          
  32.     The file saved on disk looks like this (after using the (F)ile/
  33.     (M)inimize command to eliminate unused orbitals):
  34.  
  35.       chemical_name("Water H2O")
  36.       chemical(a(3,"H",o("1s",1,"σ",1)))
  37.       chemical(a(1,"O",o("3p(z)",1,"σ",3)))
  38.       chemical(a(2,"H",o("1s",1,"σ",1)))
  39.       chemical(a(1,"O",o("3p(y)",1,"σ",2)))
  40.       atomlocation(3,l(10001,10000,11456,0.375,0,-1.5692036732,0,1),1)
  41.       atomlocation(2,l(10001,11456,10000,0.375,0,0,1.57,1),1)
  42.       atomlocation(1,l(10000,10000,10000,0.745,0,0,0,6),1)
  43.       commandactive("Files")
  44.       viewshown("Rht")
  45.       grid(0)
  46.       atom_count(4)
  47.  
  48.    Each orbital is represented by a line labeled chemical and contains
  49.    the Selection Number, the Atom Name, the orbital name, the number of
  50.    electrons in this orbital, the bond type(if bonded), and the atom
  51.    number bonded to. Each atom has a line labeled atomlocation giving:
  52.    the X,Y,Z coordinates, the radius, the X,Y,Z rotation angle of the 
  53.    Atom, and the color of the atom (last integer is used internally in
  54.    program).
  55.  
  56.  
  57.   Example 2: Benzene C6H6
  58.   
  59.   1) Clear previous entries with (C)lear  
  60.   
  61.   2) Enter 6 Carbon Atoms using (A)tom
  62.   
  63.   3) Select the sp2 hybrid for each Carbon Atom using (H)ybrid
  64.   
  65.   4) Bond Atoms 1 and 2 using (B)ond - select the first bond listed
  66.   
  67.   5) Use the Up/Down cursor key to set view to TOP
  68.   
  69.   6) Bond Atoms 2-3, 3-4, 4-5, 5-6 as in step 4
  70.   
  71.   7) Bond Atoms 6-1 selecting the 2nd bond listed
  72.   
  73.   8) Make a pi bond between atoms 1-2, 3-4, and 5-6 using (B)ond
  74.   
  75.   9) Enter 6 Hydrogen Atoms using (A)tom
  76.  
  77.  10) Bond each hydrogen atom to a carbon atom - select first bond listed
  78.  
  79. Example 3  [Co(NH3)6]3+  Coordination Compound
  80.  
  81.   1) Select Co and six N atoms
  82.  
  83.   2) Select the +3 ionization and d2sp3 Hybridization of Co using
  84.      the Ionize and the Hybrid commands
  85.  
  86.   3) Select the sp3 Hybriization of N using the Hybrid command
  87.  
  88.   4) Bond the six d2sp3 orbitals on Co with the six N atoms (sp3
  89.      orbital)
  90.  
  91.   5) Select 18 hydrogen atoms
  92.  
  93.   6) bond the hydrogen atoms to the six nitrogen atoms
  94.  
  95.