home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Club Amiga de Montreal - CAM / CAM_CD_1.iso / files / 523b.lha / Molec3D / Manual / Manual.English < prev    next >
Text File  |  1991-06-10  |  27KB  |  629 lines
  1.       
  2.       
  3.       
  4.       
  5.       
  6.       
  7.       
  8.       
  9.       
  10.       
  11.       
  12.       
  13.                       A glimpse into another universe:
  14.       
  15.       
  16.       
  17.                             ----------------
  18.                              M O L E C  3 D
  19.                             ----------------
  20.       
  21.       
  22.       
  23.       
  24.           An interactive 3D solid modelling program for molecules.
  25.             Running on all AMIGA models. 1 MByte memory required.
  26.                                       
  27.                                       
  28.                                       
  29.                                       
  30.                                       
  31.                                       
  32.                                       
  33.                                       
  34.                                       
  35.                                       
  36.                                       
  37.                                       
  38.                                       
  39.                                       
  40.                                       
  41.                                       
  42.                                       
  43.                                       
  44.                                       
  45.                 Written by Dr.Stefan Abrecht, Baumgartenweg 14
  46.                              CH-4142 Münchenstein
  47.                                  Switzerland
  48.       
  49.       
  50.                            Checked by Beat Steiger
  51.                                       
  52.                                       
  53.                                       
  54.                              Basel, Switzerland
  55.       
  56.       
  57.       1. INTRODUCTION
  58.       
  59.       Molec3D is a program for the graphic, three dimensional repre-
  60.       sentation of molecules, based on 3D coordinates data from geometry
  61.       optimization programs, X-ray measurements, or any other source.
  62.       
  63.       The program can handle up to 500 atoms at a time, is written 100%
  64.       in assembler and runs on Amiga's with at least 1 MByte memory. It
  65.       automatically adjusts the vertical display resolution to american
  66.       (NTSC) or european (PAL) machines.
  67.       
  68.       The program consits of two modes: In wire frame mode the molecule
  69.       can be real time positioned in space. The color picture mode then
  70.       produces a variety of 3D-color representations out of this. The
  71.       generation of these ray-tracing-like pictures is very fast: 10-15
  72.       seconds are typical for molecules consisting of about 100 atoms
  73.       (on a normal AMIGA with a 8 MHz/68000 processor and without math
  74.       coprocessor).
  75.       
  76.       
  77.       1.1 The menu system
  78.       
  79.       To avoid descriptions for menu selections like "go to the PROJECT
  80.       menu, choose the SAVE item and select its PROTOCOL subitem", this
  81.       is written throughout this text as e.g. PROJECT->SAVE ->PROTOCOL. 
  82.       
  83.       There are keyboard shortcuts available for frequently used menu
  84.       items (shown on the right edge of the menu items), which allow
  85.       convenient work with the program.
  86.       
  87.       Settings are switched on and off by selecting an re-selecting a
  88.       menu item (toggle). 
  89.       
  90.       When molecules containing more than about 150 atoms are displayed,
  91.       the response on menu selections becomes slow. If this is the case,
  92.       keep the right mouse button pressed for a while, until the menu
  93.       appears. Keyboard shortcuts are not recommended in this special
  94.       case.
  95.       
  96.       
  97.       1.2. AMIGA's with 512 KBytes memory
  98.       
  99.       It is definitely not recommended to run the program on 512 K
  100.       memory under Kickstart 1.3. Altough the wire frame mode will work
  101.       in most cases, the system could crash when it is attempted to
  102.       switch to the color picture mode (especially if a second disk
  103.       drive is mounted under these tight memory conditions).
  104.       
  105.       
  106.       
  107.       2. WIRE FRAME MODE
  108.       
  109.       In wire frame mode a molecule is positioned in 3D space for sub-
  110.       sequent generation of a color picture. Distances and angles be-
  111.       tween atoms may be determined and are automatically protocolled.
  112.       Settings are defined and files can be speech-synthesized.
  113.       
  114.       To display a molecule, its coordinate file (see chapter 4) has to
  115.       be loaded by PROJECT->LOAD. Examples of such files are available
  116.       in the "DEMOS" directory of the program disk. A file requester
  117.       (see chapter 5) with following content will appear:
  118.       
  119.       
  120.        DIR  DEMOS
  121.        DIR  fileconversion
  122.        DIR  Manual
  123.        DIR  tables
  124.             Molec3D
  125.       
  126.       
  127.       Only the DEMOS-directory contains coordinate files. Click at this
  128.       directory to see its files, select one of these, and the corres-
  129.       ponding molecule will be displayed.
  130.       
  131.       Rotation and translation of a molecule are controlled by the keys
  132.       of the numeric keypad. The ENTER key toggles their functionality
  133.       between rotation and translation. In step-mode (toggled by the
  134.       ZERO-key) only one motion frame is displayed at a time. Just try
  135.       now to move the molecule you just loaded!
  136.       
  137.       
  138.       For maximum animation speed and accuracy, a transformation method
  139.       is applied, in which the original coordinates rotate along with
  140.       the molecule. This may cause two axes to coincide or other incon-
  141.       veniences. Use therefore the JUSTIFY-function (see below) for
  142.       exact positioning of the molecule in space.
  143.       
  144.       
  145.       2.1. Center and reset molecules
  146.       
  147.       FUNCTIONS->CENTER moves the molecule to the center of the screen
  148.       (actually its pivot point is centered).
  149.       
  150.       FUNCTIONS->RESET resets the molecule to its position immediately
  151.       after loading. This is helpful, if a molecule is accidentially
  152.       moved out of view.
  153.       
  154.       
  155.       2.2. The Justify-function
  156.       
  157.       An atom, line or plane can be adjusted parallel to the viewing
  158.       axis by marking 1-3 atoms followed by FUNCTIONS ->JUSTIFY. This is
  159.       a very powerful function for positioning molecules in space.
  160.       
  161.       An atom is marked by moving the mouse pointer on it and pressing
  162.       the SPACE bar. A "#" mark will be attached to it. Marks are re-
  163.       moved by FUNCTIONS->MARKS OFF.
  164.       
  165.       One mark defines the line beween the marked atom and the pivot
  166.       point of the molecule. Two marks define the line between them-
  167.       selves. Three marks define a plane. 
  168.       
  169.       FUNCTIONS->JUSTIFY moves the marked atoms to the desired position
  170.       in space. This is either done animated or in one jump; select the
  171.       desired mode with SETTINGS->SET_JUSTIFY->ANIMATED. By default, the
  172.       marked atom(s) will be moved to the center of the screen. If this
  173.       is not desired, toggle SETTINGS->SET_JUSTIFY->CENTERED.
  174.       
  175.       As a rule, JUSTIFY rotates the molecule along its actual pivot
  176.       point in such a way, that the marked atoms are positioned in front
  177.       of the molecule relative to the viewer (plane,atom). In the case
  178.       of a line, the first marked atom will be moved in front of the
  179.       second one.
  180.       
  181.       
  182.       2.3. Labels, distances/angles and protocol
  183.       
  184.       Atoms can be labelled to find out which is which. Simply click at
  185.       one with the mouse pointer, and its label will be displayed, e.g.
  186.       "C21". Such labels also remain attached to their atoms when the
  187.       molecule is animated. All labels are switched off by FUNCTIONS->
  188.       LABELS OFF.
  189.       
  190.       Distances and angles between any atoms in the molecule are de-
  191.       termined by labelling - not marking! - two (distance) or three
  192.       atoms (angle), followed by FUNCTIONS->DISTANCE or FUNCTIONS->
  193.       ANGLE, respectively. The corresponding value will be displayed in
  194.       a requester. The latest 20 displayed values are stored in a ring
  195.       buffer in memory (protocol).
  196.       
  197.       This protocol can be saved as ASCII-file by PROJECT->SAVE->
  198.       PROTOCOL.
  199.       
  200.       
  201.       2.4.  Speak, IFF, interlace and multitasking
  202.       
  203.       For proof reading your coordinate files, the PROJECT->SPEAK func-
  204.       tion will read them aloud for you. Its advantage over the AMIGA-
  205.       DOS command "say" is, that the reading can be stopped/continued
  206.       after every line. Moreover, the line currently being read is
  207.       displayed on screen.
  208.       
  209.       The contents of the current wire frame screen can be saved as IFF
  210.       file by PROJECT->SAVE->SCREEN and is thus available for all stan-
  211.       dard paint programs.
  212.       
  213.       The resolution of the wire frame screen is doubled vertically by
  214.       SETTINGS->WIRE_FRAME->INTERLACE. The disadvantage of this mode is
  215.       a slight flickering and the increased memory consumption of the
  216.       graphics display. Therefore it is not recommended to use this mode
  217.       if you are short in memory, otherwise the color display (see be-
  218.       low) is no more possible.
  219.       
  220.       Multitasking is fully supported. However, in wire frame mode
  221.       double buffering does not allow to return to the workbench in the
  222.       usual manner, namely by pressing left-AMIGA-N. Instead, PROJECT->
  223.       CLI/WB will do this. Once in the workbench screen, click into the
  224.       desired window.  When you are done with the workbench screen,
  225.       press left-AMIGA-M to return to MOLEC3D. Don't forget to click
  226.       inside the screen to re-activate the program again! 
  227.       
  228.       
  229.       
  230.       3. COLOR PICTURE MODE
  231.       
  232.       Color picture mode generates 3D color (or black & white) repre-
  233.       sentations of a molecule in a variety of display options. The high
  234.       resolution picture may be saved in compressed IFF-format (com-
  235.       patible with all standard paint programs).
  236.       
  237.       The color picture screen displays objects in 16 colors in the
  238.       highest possible resolution (hires/interlace). Altough in inter-
  239.       lace mode, the display is virtually flicker-free due to the chosen
  240.       geometries and colors of the objects (except in black&white repre-
  241.       sentation, see below).
  242.       
  243.       The possibility to save the screen as IFF-file is a direct com-
  244.       munication link to other programs. E.g. for printing, additional
  245.       painting or page flipping, specialized programs in these fields
  246.       will do an excellent job.
  247.       
  248.       There are two ways to enter the color picture mode from the wire
  249.       frame screen: press the "."-key of the numeric keypad, or use
  250.       FUNCTIONS->COLORPIC alternatively.
  251.       
  252.       Actually, all settings for the color picture mode are defined in
  253.       the SETTINGS menu of the wire frame mode, since menus are avail-
  254.       able only in this mode.
  255.       
  256.       Pressing a mouse buttton in color picture mode will produce a
  257.       requester with following options: save screen as IFF-file (Save
  258.       Pic), cancel the requester (Cancel) and go to wire frame mode
  259.       (Quit Pic). The latter also can be accomplished by pressing "." on
  260.       the numeric keypad.
  261.       
  262.       For the color representation there are 7 individual atom colors
  263.       available (each of these consiting of two different shades plus
  264.       white). They are assigned to their atoms by the color assign table
  265.       of SETTINGS->COLOR_TABLE-> ASSIGN. For example, blue can be as
  266.       signed to all C-atoms, red to all O-atoms, green to all Cl, Br and
  267.       J atoms, and so on. All unassigned atoms will be represented in
  268.       grey. Just click inside a box of the color assign table and enter
  269.       the required atom symbol (up to 2 letters - it doesn't matter if
  270.       in upper or lower case letters or both). Individual color assign
  271.       ment tables can be saved with SETTINGS-> COLORTABLE->SAVE and
  272.       loaded with SETTINGS->COLOR_TABLE ->LOAD. Load the file Tables/
  273.       OrigCols to restore the default colors.
  274.       
  275.       There are various options for the color representation of mole-
  276.       cules. Almost all of these can be active at the same time or indi-
  277.       vidually switched on (checked in the menu) or off (not checked).
  278.       This is done by SETTINGS->BONDMODE.....
  279.       
  280.       -> SPHERES:  Toggles the display of spheres. All atoms are dis-
  281.                    played in the same relative sphere radius, i.e. van
  282.                    der Waals radii are not considered.
  283.       
  284.       -> CONNECT:  Both halfs of a bond stick obtain the color of the
  285.                    atom they are connected to. If switched off, the
  286.                    whole bond will be represented in grey.
  287.       
  288.       -> SHADED STICK:  Switches the simulated shadows on the bond sticks
  289.                    on/off.
  290.       
  291.       There are two functions for depth-cueing the display, i.e. fading
  292.       the molecule with increasing distance from the viewer:
  293.       
  294.       -> GRADPAT:  Superimposes a background color pattern onto the more
  295.                    distant half of the molecule, which therefore seems
  296.                    to disappear in the background. In SHADOWS mode (grey
  297.                    background) shadows are temporarely set to none.
  298.       
  299.       -> GRADCOL:  Gradually darkens the molecule from front to end in
  300.                    five stages. Only five atom colors (the first five
  301.                    actually used in the color assign requester) are
  302.                    available in this mode, SPHERES and SHADED are not
  303.                    active, also SHADOWS, BLACK&WHITE and PATFADE are
  304.                    switched off automatically. If CONNECT is off, the
  305.                    first color used in the color assign table will be
  306.                    used as bond color.
  307.       
  308.       Finally, there are two functions dealing with overall display
  309.       effects:
  310.       
  311.       -> SHADOWS:  Generates shadows of the molecule on an imaginary
  312.                    surface slightly below it. This option greatly en-
  313.                    hances the 3D-effect the whole representation. The
  314.                    intensity of the shadows can be adjusted by SETTINGS
  315.                    ->SET_SHADOWS->... to STRONG, NORMAL, WEAK and NONE
  316.                    (no shadow at all but grey background, useful in
  317.                    connection with GRADPAT).
  318.                    GRADCOL will be switched off automatically. When
  319.                    using grey atoms, at least one color of the color 
  320.                    table should remain unused and thus be available to 
  321.                    the shadow algorithm, otherwise errors in the shadow
  322.                    generation will occur. 
  323.       
  324.       -> BLACK&WHITE: Generates a black and white representation of the
  325.                    color picture. Although initially meant and very
  326.                    useful for black and white publication purposes, this
  327.                    display mode is quite intriguing by itself. GRADCOL
  328.                    is automatically switched off in this mode. The
  329.                    screen will flicker significantely, especially when
  330.                    working with shadows.
  331.       
  332.       
  333.       4. COORDINATE FILES:
  334.       
  335.       A coordinate file contains atomic coordinates (x,y,z), their con-
  336.       nectivities, and a bond length definition (used for scaling). It
  337.       may be created as ASCII-file on any text editor. All entries are
  338.       separated by one or more spaces or tabs, not by semicolons. For
  339.       examples, please refer to the "DEMOS" drawer of your program disk.
  340.       
  341.       MOLEC3D produces detailed error messages, if the file format
  342.       should be incorrect (cf. chapter 7).
  343.       
  344.       The first part of the file contains atomic labels and coordina-
  345.       tes. Labels are descriptors for atoms, e.g."C21" or "Si14". Their
  346.       size is limited to four characters, starting with the element sym-
  347.       bol, followed by a number (not vice versa!). Atomic coordinates
  348.       are cartesian x,y,z-coordinates which must be in the range between
  349.       +-(99'999 and 0.0001).
  350.       
  351.        C1       123.4   432.5   -15.8
  352.        Si11     233.6   -231.7  122.8
  353.       
  354.       The second part of the file contains a bond length definition. In
  355.       this statement, one bond out of the molecule is defined: single
  356.       (=s), double(=d), triple(=t) or aromatic(=a). The program extracts
  357.       from this the actual size of the molecule (scaling). The bond
  358.       length definition is introduced by an asterik ("*") followed by
  359.       the bond-descriptor and the two labels defining the bond. All en-
  360.       tries are connected with a "-". Again, just one bond of the whole
  361.       molecule needs to be defined this way.
  362.       
  363.        *d-C3-C7
  364.       
  365.       The third and last part of the file contains the connections
  366.       between the above atoms. These are defined by connecting their
  367.       labels with a "-". Make sure that the labels exactly match the
  368.       ones defined in the coordinates part of the file, otherwise an
  369.       error message will occur. Any number of such lines may be created.
  370.       
  371.        C1-C2-C5-C7
  372.        O27-C16-S12-O15-C12
  373.       
  374.       
  375.       
  376.       5. FILE REQUESTER
  377.       
  378.       If you already are familiar with file requesters on the Amiga,
  379.       then please feel free to skip this chapter.
  380.       
  381.       When functions like LOAD, SAVE or SPEAK are selected, a file re-
  382.       quester will appear, displaying the files and directories of a
  383.       given disk. When starting MOLEC3D from CLI, the file requester
  384.       will contain the contents of "df0:" as default. When started from
  385.       the workbench, the contents of the actual program disk are shown.
  386.       
  387.       The pathname gadget contains information of where a file is to be
  388.       found (drive or diskname, directory, subdirectory), without speci-
  389.       fying the filename itself, e.g. "df1:demos". The contents of the
  390.       pathname gadget are either updated automatically by the file view
  391.       (see below) or may be edited manually, e.g. for changing the
  392.       current drive.
  393.       
  394.       The filename gadget contains the name of the file to be selected
  395.       in the current path. As above, the contents of the gadget are
  396.       either updated by the file view or may be edited manually.
  397.       
  398.       The file view contains eight directories and/or files of a given
  399.       path in alphabetical order. Directories are labelled as "DIR" and
  400.       displayed first. When clicking such a directory, its name will be
  401.       copied to the pathname gadget and its content is loaded from
  402.       disk and displayed. A selected filename is copied into the file
  403.       name gadget.
  404.       
  405.       If there are more than eight entries in a directory, the slider to
  406.       the right of the file view can be moved to define the section of
  407.       entries to be displayed. This is graphically represented by the
  408.       size and position of the slider bar. If there are eight or less   
  409.       entries within a directory, the slider bar will fill the whole
  410.       slider and cannot be moved. The more entries there are, the smal-
  411.       ler the bar becomes.
  412.       
  413.       Update updates the contents of the current path. This is useful
  414.       when a file has been deleted or created during a multitasking
  415.       session with CLI.
  416.       
  417.       Cancel cancels the file requester without any further actions to
  418.       the program.
  419.       
  420.       After clicking the OK box, the file requester disappears and
  421.       the currently selected filename will be used by the program for
  422.       further actions. This can also be accomplished by pressing
  423.       RETURN inside the filename gadget.
  424.       
  425.       
  426.       
  427.       6. CONVERSION OF ALCHEMY-FILES TO MOLEC3D-FILES
  428.       
  429.       Alchemy-files can be converted to the Molec3D format. This enables
  430.       you to view your own molecular constructions in Molec3D pictures.
  431.       All programs needed for this conversion are contained in the file
  432.       conv directory of the program disk.
  433.       
  434.       The first thing to do is to convert the IBM-format file to AMIGA
  435.       format. This can either be done by the public domain program
  436.       "PcPatch" on this program disk (please refer to the PcCopy-doc for
  437.       the procedure), or by any other IBM->AMIGA conversion program.
  438.       
  439.       The ConvertAlchem program then converts Alchemy files (AMIGA-for-
  440.       mat) to Molec3D files. It must be executed from CLI and from with
  441.       in the fileconv-directory ("cd Molec3D:fileconv") in the following
  442.       way:
  443.       
  444.        ConvertAlchem <sourcefile> <destfile>
  445.       
  446.       where <sourcefile> is the Alchem-file including its path, <dest
  447.       file> is the corresponding Molec3D file including its path. Exam-
  448.       ple: ConvertAlchem df1:testos.txt ram:testosterone.
  449.       
  450.       If a label contains more than 4 characters, e.g. CU234, the second
  451.       digit will be omittet to fit the Molec3D format; so 234 CU will
  452.       become CU24.
  453.       
  454.       Note that the bonddescriptor line (e.g. *s-c1-c3) of the Molec3D
  455.       file is generated from the first bond definition encountered in
  456.       the alchemy-file. This may not be a C-C bond. In this case you
  457.       will have to edit this line manually for a correct C-C bond de-
  458.       finition.
  459.       
  460.       
  461.       
  462.       7. ERROR MESSAGES
  463.       
  464.       Coordinate file errors:
  465.       
  466.       Line-format: more than 3 coords.
  467.       A line of the file contains more than 3 coordinate values. Fre-
  468.       quent message, if it is attempted to load a non-coordinates file.
  469.       
  470.       Number >99999 detected in file.
  471.       A number greater than the allowed maximum value of +- 99999 was
  472.       found (numbers smaller than +- 0.0001 are treated as zero).
  473.       
  474.       Bondlength label not found.
  475.       The bondlength descriptor contains a previously undefined label.
  476.       
  477.       Just ONE bonddescriptor allowed.
  478.       More than one bond has been defined by a bonddescriptor, but only
  479.       one definition is allowed.
  480.       
  481.       Too many labels in bonddescriptor.
  482.       Only two labels make sense in the bonddescriptor.
  483.       
  484.       Invalid bonddescriptor format.
  485.       The bonddescriptor does not match the format "*x-label1-label2"
  486.       (x=s,d,t,a).
  487.       
  488.       Undefined connect item: xxxx
  489.       The displayed label (xxxx) out of the connections section was not
  490.       defined in the coordinates section.
  491.       
  492.       
  493.       Selection errors:
  494.       
  495.       More than one point selected.
  496.       More than one atom was in the range of the mouse pointer, when you
  497.       tried to put a mark or label on it. Rotate the molecule into a new
  498.       position and try again.
  499.       
  500.       Exactly 2 centers required.
  501.       You tried to obtain a distance value by defining more or less than
  502.       the required 2 labels.
  503.       
  504.       Exactly 3 centers required.
  505.       You tried to obtain an angle value by defining more or less than
  506.       the required 3 labels.
  507.       
  508.       No justify point(s) selected.
  509.       Attempted use of the justify function without defining any marks.
  510.       
  511.       More than 3 justify points selected.
  512.       There is a maximum number of 3 justify points (plane) that make
  513.       sense. This number was exceeded.
  514.       
  515.       
  516.       Memory-errors:
  517.       
  518.       Out of memory - program will abort.
  519.       Not enough memory available to read in files. Hopeless situation.
  520.       Reset the computer and restart the program. The program WILL run
  521.       on any Amiga with 1 MByte memory.
  522.       
  523.       Out of memory for color display.
  524.       No color display possible. Remove all other simultaneously running
  525.       programs from the system and try again. The program WILL run on
  526.       any Amiga with 1 MByte memory.
  527.       
  528.       Out of RAM for file requester.
  529.       Not enough memory to display the file requester in color pict
  530.       mode (save IFF). Remove all other simultaneously running programs
  531.       from the system and try again. The program WILL run on any Amiga
  532.       with 1 MByte memory.
  533.       
  534.       Not enough memory for shadows.
  535.       No shadows can be generated. Remove all other simultaneously
  536.       running programs from the system and try again. This function WILL
  537.       work an any AMIGA with at least 1 MByte memory.
  538.       
  539.       DOS-errors:
  540.       
  541.       File not found.
  542.       Error while reading disk.
  543.       Disk is full.
  544.       Unable to open file.
  545.       All these messages should be self-explanatory
  546.       
  547.       
  548.       other errors:
  549.       
  550.       This is no ASCII-file.
  551.       You tried to speak a non-ASCII file. Sorry, the Amiga doesn't
  552.       speak chinese.
  553.       
  554.       Nothing protocolled so far.
  555.       There are no protocol entries around to be saved.
  556.       
  557.       Out of colors for correct shadows.
  558.       Due to internal routines, the program requires at least one un-
  559.       assigned color out of the seven available ones, in order to cast
  560.       correct shadows. Rearrange the color assignments if this is not
  561.       the case.
  562.       
  563.       
  564.       
  565.       8. Literature references of demos
  566.       
  567.       
  568.       In some demos hydrogens are omitted, solvent molecules removed,
  569.       or coordinates scaled.
  570.       
  571.       
  572.       atrovenetin:    ATROVENETIN ORANGE TRIMETHYL ETHER FERRICHLORIDE
  573.                       I.C.Paul, G.A.Sim, J.Chem.Soc., p.1097 (1965).
  574.       
  575.       avenaciolide:   (-)-AVENACIOLIDE
  576.                       D.L.Hughes, Acta Crystallogr., Sect.B, 34,
  577.                       p.3674 (1978).
  578.       
  579.       bis-porphyrine: {N3Mn(IV)(TPP)}2O
  580.                       B.C.Schardt, F.J.Hollander, C.L.Hill, J.Chem.
  581.                       Soc.Chem.Commun, p.765 (1981).
  582.       
  583.       bromo-edunol:   BROMO-EDUNOL
  584.                       J.G.Leipoldt, G.J.H Rall, D.G.Roux, J.C.Breyten
  585.                       bach, J.Chem.Soc.,Chem.Commun. p.349 (1977).
  586.       
  587.       calix(8)arene:  (CALIX(8)ARENE METHYL ETHER)-HEXAKIS(TRIMETHYL
  588.                       ALUMINIUM) BIS(TOLUENE)
  589.                       A.W.Coleman, S.G.Bott, J.L.Atwood, J.Inclusion
  590.                       Phenomena 5, p.581 (1987).
  591.       
  592.       coenzymeB12:    5'-DEOXYADENOSYLCOBALAMIN (VITAMIN B12 COENZYME)
  593.                       P.G.Lehnhert, Proc.R.Soc.London, Ser.A, 303,
  594.                       p.45 (1968).
  595.       
  596.       cucurbituril:   CUCURBITURIL CALCIUM BISULFATE SULFURIC ACID
  597.                       TRIDECAHYDRATE
  598.                       W.A.Freeman, W.L.Mock, N.Y.Shih, J.Am.Chem.Soc.
  599.                       103, p.7367 (1981).
  600.       
  601.       cyclodextrine:  ALPHA-CYCLODEXTRIN HYDRATE CLATHRATE
  602.                       K.K.Chacko, W.Saenger, J.Am.Chem.Soc.103, p.1708
  603.                       (1981).
  604.       
  605.       cyclosporinA:   CYCLOSPORIN A
  606.                       H.-R.Loosli, H.Kessler, H.Oschkinat, H.-P.Weber,
  607.                       T.J.Petcher, A.Widmer, Helv.Chim.Acta 68, p.682,
  608.                       (1985).
  609.       
  610.       deoxyoligonuc:  DEOXY(CYTIDINE PHOSPHATE GUANOSINE PHOSPHATE
  611.                       THYMIDINE PHOSPHATE)
  612.                       R.G.Brennan, E.Westhof, M.Sundaralingam,
  613.                       J.Biomol.Struct.Dyn.3, p.649 (1986).
  614.       
  615.       furan:          3-METHYL-7-METHOXY-5-(PROP-1-ENYL)-2-(3,4-ME
  616.                       THYLENE-DIOXYPHENYL)-2,3-DIHYDROBENZO(B)FURAN
  617.                       M.N.Ponnuswamy, S.Parthasarathy,
  618.                       Cryst.Struct.Commun. 10, p.1203 (1981).
  619.       
  620.       hexakisbenzene: HEXAKIS(2-PHENYLETHYLTHIOMETHYL)-BENZENE
  621.                       1,4-DIOXANE CLATHRATE
  622.                       K.Burns, C.J.Gilmore, P.R.Mallison, D.D.
  623.                       Macnicol, S.Swanson, J.Chem.Res.30, p.501
  624.                       (1981).
  625.       
  626.       tetrakisCu:     A.S.Batsanov, Yu.T.Struchkov, A.S.Grigor'Eva,
  627.                       E.E.Kriss, N.F.Konakhovich, Yu.A.Fialkov,
  628.                       Koord.Khim.7, p.784 (1981).
  629.