home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Club Amiga de Montreal - CAM / CAM_CD_1.iso / files / 523b.lha / Molec3D / Manual / Manual.Deutsch next >
Text File  |  1991-06-10  |  29KB  |  652 lines
  1.       
  2.       
  3.       
  4.       
  5.       
  6.       
  7.       
  8.       
  9.       
  10.       
  11.       
  12.       
  13.                      Ein Blick in ein anderes Universum:
  14.       
  15.       
  16.       
  17.                            ---------------  
  18.                             M O L E C 3 D      
  19.                            ---------------      
  20.       
  21.       
  22.       
  23.       
  24.            Ein interaktives 3D-Darstellungs-Programm für Moleküle.
  25.                  Läuft auf allen AMIGA's mit 1 MByte Memory.
  26.                                       
  27.                                       
  28.                                       
  29.                                       
  30.                                       
  31.                                       
  32.                                       
  33.                                       
  34.                                       
  35.                                       
  36.                                       
  37.                                       
  38.                                       
  39.                                       
  40.                                       
  41.                                       
  42.                                       
  43.                                       
  44.                               Geschrieben von 
  45.                        Dr.S.Abrecht, Baumgartenweg 14
  46.                              CH-4142 Münchenstein
  47.                                    Schweiz
  48.       
  49.       
  50.                           Getestet von Beat Steiger
  51.                                       
  52.                                       
  53.                                       
  54.                                Basel, Schweiz
  55.       
  56.       
  57.       1. EINLEITUNG
  58.       
  59.       Molec3D ist ein Programm zur grafischen, dreidimensionalen
  60.       Darstellung von Molekülen, basierend auf Daten aus Geometrie-
  61.       optimierungsprogrammen, Röntgenstrukturdaten oder jeder anderen
  62.       Quelle.
  63.       
  64.       Das Programm kann Molekle mit bis zu 500 Atomen verarbeiten, ist
  65.       100% in Assembler geschrieben und ist auf allen AMIGA-Modellen mit
  66.       mindestens 1 MByte Memory lauffähig. Es passt sich autmatisch
  67.       amerikanischen (NTSC) oder europäischen (PAL) Modellen an.
  68.       
  69.       Das Programm besitzt zwei Betriebsarten: Im Drahtgitter-Modus
  70.       (wire frame) wird das Molekül in Echtzeit im dreidimensionalen
  71.       Raum positioniert. Der Farbbild-Modus (color picture) generiert
  72.       daraus dreidimensionale Farbbilder in zahlreichen Varianten. Der
  73.       Aufbau solcher "ray-tracing" ähnlicher Bilder geschieht rasch:
  74.       10-15 Sekunden sind typisch für ein Molekül mit ca. 100 Atomen
  75.       inkl. Schattenwurf (dies auf einem 8 MHz-AMIGA ohne Turboboard und
  76.       ohne Mathematik-Coprozessor).
  77.       
  78.       
  79.       1.1. Das Menu-System
  80.       
  81.       Um Beschreibungen wie "wählen Sie das das PROTOCOL-subitem aus dem
  82.       SAVE-item aus dem PROJECT-Menu" zu vermeiden, wird dies im folgen-
  83.       den immer als z.B. PROJECT->SAVE->PROTOCOL beschrieben.
  84.       
  85.       Für die meisten Menupunkte existieren Tastatur-Abkürzungen, welche
  86.       die Arbeit mit dem Programm wesentlich erleichtern.
  87.       
  88.       Menu-Attribute (settings) werden durch aufeinenanderfolgendes An-
  89.       wählen ein- und ausgeschaltet.
  90.       
  91.       Bei der Darstellung von mehr als etwa 150 Atomen reagiert das
  92.       Programm erst nach einer gewissen Zeit auf Menu-Selektionen. In
  93.       solchen Fällen wird empfohlen, die rechte Maustaste gedrückt zu
  94.       halten, bis das Menu erscheint. Tastatur-Abkürzungen sollten in
  95.       diesem Spezialfall vermieden werden.
  96.       
  97.       
  98.       1.2. AMIGA's mit 512 KBytes Speicher
  99.       
  100.       Es wird davon abgeraten, das Programm mit 512 KBytes Speicher un-
  101.       ter Kickstart 1.3. laufen zu lassen. Obwohl der Drahtgitter-Modus
  102.       funktioniert, wird das System wahrscheinlich beim Versuch, ein
  103.       Farbbild zu generien, abstürzen (speziell wenn ein zweites Dis-
  104.       kettenlaufwerk angeschlossen ist).
  105.       
  106.       
  107.       
  108.       2. DRAHTGITTER MODUS
  109.       
  110.       Der Drahtgitter-Modus ermöglicht die interaktive Positionierung
  111.       eines Moleküls im dreidimensionalen Raum, die Bestimmung und
  112.       Protokollierung von Distanzen und Winkeln zwischen Atomen, die
  113.       Definition von Settings, sowie die Sprachausgabe von Koordinaten-
  114.       Files.
  115.       
  116.       Moleküle werden als Koordinaten-Files (s. Kapitel 4) mit PROJECT->
  117.       LOAD geladen. Dabei erscheint ein File-Requester (s. Kapitel 5)
  118.       mit folgendem Inhalt:
  119.       
  120.        DIR      DEMOS
  121.        DIR      fileconversion
  122.        DIR      MANUAL
  123.        DIR      tables
  124.                 Molec3D
  125.       
  126.       Das DEMOS-directory enthält Beispiele von Koordinatenfiles. Klick-
  127.       en Sie dieses an, und die darin enthaltenen Files werden ausge-
  128.       geben. Klicken Sie eines davon an, darauf wird das entsprechende
  129.       Molekül geladen.
  130.       
  131.       Rotation und Translation eines Moleküls werden durch die Tasten
  132.       des numerischen Tastenfeldes kontrolliert. Die ENTER-Taste schal-
  133.       tet deren Funktion zwischen Rotation und Translation um. Die NULL-
  134.       Taste schaltet den Schritt-Modus ein/aus; wenn dieser eingeschal-
  135.       tet ist, wird nur ein einziger Bewegungsschritt pro Tastendruck
  136.       ausgeführt. Versuchen Sie nun, das eben geladene Molekül zu be-
  137.       wegen!
  138.       
  139.       
  140.       Um eine maximale Animationsgeschwindigkeit und Genauigkeit zu er-
  141.       reichen, wird eine Methode angewandt, bei welcher die Original-
  142.       koordinaten zusammen mit dem Molekül rotieren. Dies kann das
  143.       Ueberlappen zweier Achsen oder andere Unannehmlichkeiten bewirken.
  144.       Benützen Sie daher für genaue Positionierungen die sehr leistungs-
  145.       fähige JUSTIFY-Funktion (s. unten).
  146.       
  147.       
  148.       2.1. Zentrieren und Zurücksetzen von Molekülen
  149.       
  150.       FUNCTIONS->CENTER bewegt den Schwerpunkt des Moleküls in die Mitte
  151.       des Bildschirms.
  152.       
  153.       FUNCTIONS->RESET setzt das Molekül in die Ausgangslage nach dem
  154.       Laden zurck. Dies ist hilfreich, wenn ein ein Molekül versehent-
  155.       lich aus dem Blickfeld verschwindet.
  156.       
  157.       
  158.       2.2. Die Justify-Funktion
  159.       
  160.       Ein Atom, eine Linie oder eine Ebene können parallel zur Blick-
  161.       richtung justiert werden. Dazu werden 1-3 Atome markiert und an-
  162.       schliessend FUNCTIONS->JUSTIFY angewählt.
  163.       
  164.       Ein Atom wird markiert, indem der Mauszeiger auf ein Atom bewegt
  165.       und anschliessend die LEERTASTE (nicht die Maustaste!) gedrückt
  166.       wird. Ein "#" wird dadurch ans Atom gehängt. Markierungen werden
  167.       durch FUNCTIONS->MARKS_OFF entfernt.
  168.       
  169.       Eine Markierung definiert die Linie zwischen dem Schwerpunkt des
  170.       Moleküls und dem betreffenden Atom. Zwei Markierungen definieren
  171.       die Linie zwischen sich selbst. Drei Markierungen definieren eine
  172.       Ebene.
  173.       
  174.       FUNCTIONS->JUSTIFY bewegt die markierten Atome in die gewünschte
  175.       Position im Raum. Dies geschieht entweder animiert oder in einem
  176.       Sprung, je nach dem Setting in SETTINGS->SET_JUSTIFY->ANIMATED.
  177.       Normalerweise werden die markierten Atome in die Mitte des Bild-
  178.       schirmes bewegt. Falls dies nicht gewünscht wird, kann dieses
  179.       Attribut mit SETTINGS->SET_JUSTIFY->CENTERED ein/ausgeschaltet
  180.       werden.
  181.       
  182.       
  183.       2.3. Labels, Distanzen/Winkel und Protokolle
  184.       
  185.       Atome können durch einfaches Anklicken mit dem Mauszeiger mit
  186.       Labels (Beschriftungen) versehen werden. Diese Labels entsprechen
  187.       den Atombezeichnungen in den Atomkoordinatenfiles (s. Kapitel 4),
  188.       also z.B."C21". Alle aktuellen Labels werden mit FUNCTIONS->LABELS
  189.       OFF wieder entfernt.
  190.       
  191.       Distanzen und Winkel im Molekül können durch Anklicken (nicht Mar-
  192.       kieren!) von zwei (Distanz) oder drei Atomen (Winkel) mit nachfol-
  193.       gendem FUNCTIONS->DISTANCE resp. FUNCTIONS->ANGLE bestimmt werden.
  194.       Der betreffende Wert wird in einem Requester angezeigt und gleich-
  195.       zeitig in einem Ringspeicher abgelegt, welcher die letzten 20 Ab-
  196.       fragen von Distanzen und/oder Winkeln enthält (Protokoll).
  197.       
  198.       Dieses Protokoll kann mit PROJECT->SAVE->PROTOCOL als ASCII-File
  199.       abgespeichert werden.
  200.       
  201.       
  202.       2.4. Sprachausgabe, IFF, Interlace und Multitasking
  203.       
  204.       MOLEC3D bietet die Gelegenheit, sich die Koordinatenfiles zur
  205.       Fehlerkorrektur mit PROJECT->SPEAK vom Computer vorlesen zu las-
  206.       sen. Der Vorteil gegenüber dem DOS-Befehl "say" liegt darin, dass
  207.       die Sprachausgabe nach jeder Zeile gestoppt/wiederaufgenommen wer-
  208.       den kann. Ausserdem wird die gerade gelesene Zeile auf dem Bild-
  209.       schirm dargestellt.
  210.       
  211.       Der Inhalt des aktuellen Bildschirms kann mit PROJECT->SAVE_SCREEN
  212.       als IFF-File abgespeichert werden und ist damit fr alle Standard-
  213.       Malprogramme verfügbar.
  214.       
  215.       Die Bildschirmauflösung im Drahtgitter-Modus kann durch SETTINGS->
  216.       WIRE_FRAME->INTERLACE vertikal verdoppelt werden. Der Nachteil
  217.       dieser Auflösung liegt im leichten Flackern des Bildschirms und im
  218.       erhöhten Speicherverbrauch.
  219.       
  220.       Das Multitasking wird voll unterstützt. Im Drahtgitter-Modus ist
  221.       allerdings aus technischen Grnden (double buffering) der übliche,
  222.       direkte Zugriff auf die Workbench (linke-AMIGA-N Tastenkombina-
  223.       tion) nicht möglich. Aus diesem Grund wurde die Funktion PROJECT->
  224.       CLI/WB implementiert, welche dies ermöglicht. Auf der Workbench
  225.       kann nun das gewünschte Fenster angeklickt und darin weitergear-
  226.       beitet werden. Die Tastenkombination linke-AMIGA-M schaltet wieder
  227.       zu MOLEC3D zurück. Danach muss irgendwo in den MOLEC3D-Bildschirm
  228.       geklickt werden, um das Programm zu reaktivieren!
  229.       
  230.       
  231.       3. FARBBILD-MODUS
  232.       
  233.       Der Farbbild-Modus erzeugt plastische 3D-Farbbilder eines Moleküls
  234.       in einer Vielzahl von Variationen. Diese Bilder können im IFF-
  235.       Standard abgespeichert werden.
  236.       
  237.       Der Farbbild-Modus stellt Moleküle in 16 Farben und in der höchst-
  238.       möglichen Auflösung dar (hires/interlace; d.h. 640x512 pixels
  239.       PAL). Obwohl sich der Bildschirm im Interlace-Modus befindet, ist
  240.       wegen der gewählten Farben und Formen der Objekte praktisch kein
  241.       Flimmern zu erkennen, ausser bei der schwarzweiss-Darstellung.
  242.       
  243.       Die Möglichkeit, Bilder als IFF-Files abzuspeichern, ist ein di-
  244.       rekter Kommunikationspfad zu anderen Programmen. So gibt es her-
  245.       vorragende Programme zum Druck, zur grafischen Nachbearbeitung
  246.       oder zur Animation ("page flipping") solcher Bilder.
  247.       
  248.       Der Farbbild-Modus kann auf zwei Arten aktiviert werden: entweder
  249.       ber FUNCTIONS->COLORPIC, oder einfacher, über die "."-Taste des
  250.       numerischen Tastenfeldes.
  251.       
  252.       Alle Settings für den Farbbild-Modus werden im SETTINGS-menu des
  253.       Drahtgitter-Modus definiert, da Menus nur in diesem Modus verfüg-
  254.       bar sind. 
  255.       
  256.       Das Drücken einer Maustaste im Farbbild-Modus produziert einen
  257.       Requesters mit folgenden Optionen: Save Pic (abspeichern des Bil-
  258.       des als komprimiertes IFF-File), Cancel (Requester rckgängig ma-
  259.       chen) und Quit Pic (zurück zum Drahtgitter-Modus). Letzteres kann
  260.       auch durch Drücken von "." im numerischen Tastenfeld erreicht
  261.       werden.
  262.       
  263.       Zur Farbdarstellung stehen insgesamt 7 indidviduelle Atomfarben
  264.       zur Verfügung, wobei jede aus zwei Schattierungen plus Weiss be-
  265.       steht. Die Farben werden den einzelnen Atomen mithilfe des Farb-
  266.       zuordnungs-Requesters zugewiesen, welcher nach SETTINGS->COLOR_
  267.       TABLE->ASSIGN erscheint. Zum Beispiel kann Blau allen C-Atomen,
  268.       Rot allen O-Atomen und Grün allen Cl-,Br- und J-Atomen zugeordnet
  269.       werden. Alle Atome, welchen keine Farbe zugeordnet wurde, er-
  270.       scheinen grau. 
  271.       
  272.       Zur Eingabe wird ein Feld des Farbzuordnungs-Requesters angeklickt
  273.       und das gewünschte Atomsymbol eingetippt (maximal 2 Buchstaben,
  274.       Gross- oder Kleinschrift oder gemischt). Individuelle Farbzu-
  275.       ordnungs-Tabellen können mit SETTINGS->COLOR_TABLE->SAVE ge-
  276.       speichert und mit SETTINGS->COLOR_TABLE->LOAD eingelesen werden.
  277.       Das File Tables/OrigCols kann eingelesen werden, um die beim
  278.       Programmstart vorhandenen Farbzuordnungen wiederherzustellen.
  279.       
  280.       MOLEC3D bietet zahlreiche Optionen zur Farbdarstellung von Mole-
  281.       külen. Fast alle dieser Optionen können gleichzeitig aktiv sein
  282.       oder einzeln ein/ausgeschaltet werden. Dies geschieht über SET-
  283.       TINGS->BONDMODE...
  284.       
  285.       -> SPHERES: Schaltet die Darstellung von Kugeln ein/aus. Alle
  286.                   Atomarten werden mit demselben relativen Kugelradius
  287.                   dargestellt, d.h. van der Waals Radii werden nicht
  288.                   bercksichtigt.
  289.       
  290.       -> CONNECT: Die beiden Hälften eines Bindungsstabs erhalten die
  291.                   Farbe des jeweiligen Atoms, mit dem sie verbunden
  292.                   sind. Falls diese Option ausgeschaltet ist, wird die
  293.                   ganze Bindung in grau dargestellt.
  294.       
  295.       -> SHADED_STICK: Schaltet die simulierten Schatten auf den Bin-
  296.                   dungsstäben ein/aus.
  297.       
  298.       Daneben gibt es zwei Funktionen, um das Molekül mit zunehmender
  299.       Distanz zum Beobachter in den Hintergrund übergehen zu lassen:
  300.       
  301.       -> GRADPAT: Ueberlagert die entferntere Hälfte des Moleküls mit
  302.                   einem Raster der Hintergrundfarbe. Im SHADOWS Modus
  303.                   scheinen die hinteren Teile im Dunst zu verschwinden;
  304.                   der Schattenwurf wird temporär ausgeschaltet.
  305.       
  306.       -> GRADCOL: Diese Funktion verdunkelt das Molekül graduell von
  307.                   vorne nach hinten in fünf Farbabstufungen. In diesem
  308.                   Modus stehen nur fünf Atomfarben zur Verfügung (näm-
  309.                   lich die ersten fünf effektiv benützten Farben des
  310.                   Farbzuordnungs-Requesters), SPHERES und SHADED sind
  311.                   nicht aktiv, auch werden SHADOWS, BLACK&WHITE und
  312.                   PATFADE automatisch ausgeschaltet. Falls CONNECT aus-
  313.                   geschaltet ist, wird die erste effektiv benützte Farbe
  314.                   des Farbzuordnungs-Requesters als Bindungsfarbe ver-
  315.                   wendet.
  316.       
  317.       Schliesslich gibt es zwei Funktionen zur generellen Beeinflussung
  318.       der Darstellung:
  319.       
  320.       -> SHADOWS: Diese Funktion erzeugt einen Schattenwurf hinter dem
  321.                   Molekül. Dies erhöht den 3D-Effekt des Bildes dras-
  322.                   tisch. Die Intensität des Schattens kann mit SETTINGS
  323.                   ->SET_SHADOWS->... eingestellt werden: STRONG (stark),
  324.                   NORMAL, WEAK (schwach) und NONE (gar kein Schatten
  325.                   mehr, der graue Hintergrund bleibt jedoch erhalten;
  326.                   ist u.a. im Zusammenhang mit GRADPAT nützlich). GRAD-
  327.                   COL wird automatisch ausgeschaltet. Falls graue Atome
  328.                   verwendet werden, sollte mindestens eine Farbe des
  329.                   Farbzuordnungs-Requesters unzugeordnet bleiben, da
  330.                   sonst Fehler bei der Schattengenerierung auftreten.
  331.       
  332.       -> BLACK&WHITE: Erzeugt aus dem Farbbild ein Schwarzweiss-Bild.
  333.                   Dies ist sehr nützlich für schwarzweiss-Publikationen,
  334.                   ergibt aber auch an sich einen sehr speziellen Effekt.
  335.                   GRADCOL wird in diesem Modus automatisch ausgeschal-
  336.                   tet. Der Bildschirm flackert u.U. in diesem Modus
  337.                   relativ stark, speziell wenn Schatten verwendet wer-
  338.                   den.
  339.       
  340.       
  341.       4. KOORDINATENFILES:
  342.       
  343.       Ein Koordinatenfile enthält Atomkoordinaten (x,y,z), deren Verbin-
  344.       dungen, sowie eine Bindungslängen-Definition. Solche Files können
  345.       auf jedem Text-Editor als ASCII-Files geschrieben werden. Alle
  346.       Eingaben werden durch einen oder mehrer Leerschläge oder Tabs se-
  347.       pariert, jedoch nicht durch Kommas. Beispiele dafr sind im DEMOS-
  348.       directory der Programm-Diskette zu finden.
  349.       
  350.       MOLEC3D gibt bei einem fehlerhaften File-Format detaillierte
  351.       Fehlermeldungen aus (s.Kap.7).
  352.       
  353.       Der erste Teil des Files enthält Atom-Labels und Koordinaten.
  354.       Labels sind Atombezeichnungen, z.B."C21" oder "Si14", dürfen
  355.       höchstens vier Zeichen umfassen und müssen mit einem Atomsymbol
  356.       beginnen, nicht aber mit einer Zahl (also Si27 und nicht 27Si).
  357.       Unter Atomkoordinaten werden kartesische x,y,z-Koordinaten ver-
  358.       standen, deren Wert sich im Bereich von +-(99'999 und 0.0001)
  359.       befinden befinden muss.
  360.       
  361.                 C1      123.4   432.5   -15.8
  362.                 Si11    233.6   -231.7  122.8
  363.       
  364.       Der zweite Teil des Files enthält eine Bindungslängen-Definition.
  365.       Darin wird die Bindungsart einer einzelnen Bindung des Moleküls
  366.       definiert: Einfachbindung(=s), Doppelbindung(=d), Dreifachbindung
  367.       (=t) oder aromatische Bindung(=a). Das Programm berechnet damit
  368.       die tatsächliche Grösse des Molekls (scaling). Die Bindungs-
  369.       längen-Definition beginnt mit einem Stern ("*"), gefolgt von der
  370.       Bindungs-Abkürzung und zwei Labels, welche die Bindung definieren.
  371.       Alle Teile werden mit einem "-" verbunden. Nur eine einzige Bin-
  372.       dung des Moleküls braucht auf diese Weise definiert zu werden.
  373.       
  374.        *d-C3-C7
  375.       
  376.       Der dritte und letzte Teil des Files enthält die Verbindungen
  377.       zwischen den einzelnen Atomen. Dazu werden die entsprechenden
  378.       Labels mit einem "-" verbunden. Die Labelbezeichnungen müssen
  379.       genau mit denjenigen des Koordinaten-Teils des Files überein-
  380.       stimmen, sonst wird eine Fehlermeldung ausgegeben. Es kann eine
  381.       beliebige Anzahl solcher Zeilen verwendet werden:
  382.       
  383.        C1-C2-C5-C7
  384.        O27-C16-S12-O15-C12
  385.        
  386.       
  387.       5. FILE-REQUESTER
  388.       
  389.       Wenn Sie schon mit File-Requestern auf dem AMIGA vertraut sind,
  390.       können Sie dieses Kapitel getrost überspringen.
  391.       
  392.       Bei Funktionen wie LOAD, SAVE, SPEAK o.ä. erscheint ein File Re-
  393.       quester, in welchem die Files und Directories der aktuellen Dis-
  394.       kette angezeigt werden. Falls MOLEC3D vom CLI gestartet wird, wird
  395.       der Inhalt von "df0:" angegeben, beim Start von der Workbench der-
  396.       jenige der Programmdiskette.
  397.       
  398.       Das Pathname-Feld beschreibt, wo ein File gefunden werden kann
  399.       (Diskdrive/Diskname, Directory, Subdirectory), ohne den Filenamen
  400.       selbst zu spezifizieren. Beispiel: "df1:demos". Der Inhalt des
  401.       Pathname-Feldes wird automatisch vom File-Fenster (siehe unten)
  402.       aktualisiert, kann aber auch manuell editiert werden, z.B. um den
  403.       aktuellen Diskdrive zu ändern.
  404.       
  405.       Das Filename-Feld enthält den Namen des Files, welches im aktuel-
  406.       len Pfad ausgewählt werden soll. Der Inhalt des Feldes wird vom
  407.       File-Fenster erneuert, kann jedoch auch manuell editiert werden.
  408.       
  409.       Das File-Fenster enthält in alphabetischer Reihenfolge acht Di-
  410.       rectories und/oder Files eines definierten Pfades. Directories
  411.       werden mit "DIR" bezeichnet und zuoberst im Fenster angezeigt.
  412.       Beim Anklicken eines Directory's wird dessen Name ins Pathname-
  413.       Feld kopiert, sowie dessen Inhalt neu im Fenster ausgegeben. Ein
  414.       angeklickter Filename wird ins Filename-Feld kopiert.
  415.       
  416.       Falls mehr als acht Einträge in einem Directory vorhanden sind, 
  417.       kann der sichtbare Ausschnitt davon mit dem Balken rechts vom
  418.       File-Fenster verschoben werden. Dies wird graphisch durch Grösse
  419.       und Position des Balkens innerhalb des Reglers dargestellt. Falls
  420.       acht oder weniger Einträge in einem Directory vorhanden sind,
  421.       füllt der Balken den ganzen Regler und kann nicht bewegt werden.
  422.       Je mehr Einträge vorhanden sind, desto kleiner wird der Balken.
  423.       
  424.       Update aktualisiert den Inhalt des gegenwärtigen Pfades.
  425.       
  426.       Cancel macht den File-Requester rückgängig.
  427.       
  428.       Beim Anklicken der OK-Box verschwindet der File Requester, und der
  429.       zuletzt ausgewählte Filename wird vom Programm benützt. Derselbe
  430.       Effekt wird durch Drücken von RETURN im Filename-Feld erreicht.
  431.       
  432.       6. KONVERSION VON ALCHEMY-FILES ZU MOLEC3D-FILES
  433.       
  434.       Alchemy-Files können ins MOLEC3D-Format konvertiert werden, was
  435.       die Darstellung eigener Molekular-Konstruktionen mittels MOLEC3D
  436.       erlaubt. Alle für diese Umwandlung benötigten Programme befinden
  437.       sich im fileconv-Directory der Programmdiskette.
  438.       
  439.       Als erstes muss das File vom IBM-Format ins AMIGA-Format über-
  440.       tragen werden. Das mitgelieferte PD-Programm "PcPatch" (Be-
  441.       schreibung: s.entsprechendes Doc-File auf Programm-Disk), oder
  442.       jedes andere IBM-> AMIGA Konvertierungsprogramm wird das für Sie
  443.       erledigen.
  444.       
  445.       Das nun im AMIGA-Format vorliegende Alchemy-File wird durch das
  446.       Programm ConvertAlchem ins MOLEC3D-Format übertragen. Dieses Pro-
  447.       gramm muss vom CLI aus innerhalb des fileconv-Directory ("cd Mo-
  448.       lec3D:fileconv") ausgeführt werden. 
  449.       
  450.        ConvertAlchem <sourcefile> <destfile>
  451.       
  452.       Wobei <sourcefile> das Alchemy-File inkl. Pfad ist, <destfile> das
  453.       entsprechende MOLEC3D-File inkl. Pfad. Beispiel: ConvertAlchem
  454.       df1:testos.txt ram:testosterone.
  455.       
  456.       Falls ein Label mehr als vier Zeichen umfasst, z.B. CU234, wird
  457.       zur Anpassung ans MOLEC3D-Format die zweite Ziffer weggelassen.
  458.       Auf diese Weise wird 234 CU zu CU24.
  459.       
  460.       Es ist zu beachten, dass die Bindungslängen-Definition (z.B.
  461.       *s-c1-c3) des MOLEC3D-Files aus der ersten Atom-Atom Verbindung
  462.       des Alchemy-Files stammt. Dies braucht jedoch keine C-C-Bindung
  463.       zu sein. In einem solchen Fall muss die Bindungslängen-Definition
  464.       manuell durch eine tatsächliche C-C-Bindung ersetzt werden. 
  465.       
  466.       
  467.       
  468.       7. FEHLERMELDUNGEN
  469.       
  470.       Fehler im Koordinatenfile:
  471.       
  472.       Line-format: more than 3 coords.
  473.       Eine Koordinatenzeile des Files enthält mehr als 3 Koordinaten.
  474.       Häufige Meldung, wenn versucht wird, ein nicht-Koordinatenfile zu
  475.       laden.
  476.       
  477.       Number >99999 detected in file.
  478.       Eine grössere Zahl als +- 99999 wurde im Koordinatenteil gefunden
  479.       (kleinere Zahlen als +-0.0001 werden als Null angesehen).
  480.       
  481.       Bondlength label not found.
  482.       Die Bindungslängen-Definition enthält ein undefiniertes Atom-
  483.       Label.
  484.       
  485.       Just ONE bonddescriptor allowed.
  486.       Es wurde mehr als eine Bindungslängen-Definition im File verwen-
  487.       det, obwohl nur eine einzige erlaubt und nötig ist.
  488.       
  489.       Too many labels in bonddescriptor.
  490.       Fr die Bindungslängen-Definition werden lediglich 2 Labels be-
  491.       nötigt.
  492.       
  493.       Invalid bonddescriptor format.
  494.       Die Bindungslängen-Definition entspricht nicht dem Format
  495.       "*x-label1-label2" (x=s,d,t,a).
  496.       
  497.       Undefined connect item: xxxx
  498.       Das angezeigte Verbindungs-Label (xxxx) stimmt mit keinem Label
  499.       aus dem Atomkoordinatenteil des Files überein.
  500.       
  501.       
  502.       Auswahl-Fehler:
  503.       
  504.       More than one point selected.
  505.       Mehr als ein Atom war im Bereich des Mauszeigers, als versucht
  506.       wurde, eine Markierung oder ein Label zu setzen.
  507.       
  508.       Exactly 2 centers required.
  509.       Fr die Distanzbestimmung werden nicht mehr oder weniger als zwei
  510.       Atome benötigt.
  511.       
  512.       Exactly 3 centers required
  513.       Fr die Winkelbestimmung werden nicht mehr oder weniger als drei
  514.       Atome benötigt.
  515.       
  516.       No justify point(s) selected.
  517.       Versuch, ein Atom ohne Markierungen im Raum zu justieren.
  518.       
  519.       More than 3 justify points selected.
  520.       Die maximale Anzahl der Markierungen beträgt 3 (Ebene). Diese Zahl
  521.       wurde ü-berschritten.
  522.       
  523.       
  524.       Speicher-Fehler:
  525.       
  526.       Out of memory - program will abort.
  527.       Nicht genügend Speicher vorhanden, um Files einzulesen. Hoffnungs-
  528.       lose Situation. Entfernen Sie alle gleichzeitig laufenden Program-
  529.       me vom System und versuchen Sie's nochmals. Das Programm läuft auf
  530.       JEDEM Amiga mit 1 MByte Memory.
  531.       
  532.       Out of memory for color display.
  533.       Nicht genügend Speicher zur Farbdarstellung vorhanden. Entfernen
  534.       Sie alle gleichzeitig laufenden Programme vom System und versuchen
  535.       Sie's nochmals. Das Programm läuft auf JEDEM Amiga mit 1 MByte
  536.       Memory.
  537.       
  538.       Out of RAM for file requester.
  539.       Nicht genügend Speicher zur Farbbild-Requester Darstellung vor-
  540.       handen. Entfernen Sie alle gleichzeitig laufenden Programme vom
  541.       System und versuchen Sie's nochmals. Das Programm läuft auf JEDEM
  542.       Amiga mit 1 MByte Memory.
  543.       
  544.       
  545.       Not enough memory for shadows.
  546.       Nicht genügend Speicher zur Schattengenerierung vorhanden. Entfer-
  547.       nen Sie alle gleichzeitig laufenden Programme vom System und ver-
  548.       suchen Sie's nochmals. Das Programm läuft auf JEDEM Amiga mit 1
  549.       MByte Memory.
  550.       
  551.       
  552.       
  553.       DOS-Fehler:
  554.       
  555.       File not found.
  556.       File existiert nicht.
  557.       
  558.       Error while reading disk.
  559.       Disketten-Lesefehler.
  560.       
  561.       Disk is full.
  562.       Diskette voll.
  563.       
  564.       Unable to open file.
  565.       File kann nicht geö-ffnet werden.
  566.       
  567.       
  568.       andere Fehler:
  569.       
  570.       This is no ASCII-file.
  571.       Sie versuchten, sich ein nicht-ASCII File vorlesen zu lassen.
  572.       Sorry, der AMIGA spricht nicht Chinesisch.
  573.       
  574.       Nothing protocolled so far.
  575.       Es wurde bisher gar nichts protokolliert.
  576.       
  577.       Out of colors for correct shadows.
  578.       Bedingt durch interne Routinen benötigt das Programm immer eine
  579.       unzugeordnete Atomfarbe, um damit einen korrekten Schattenwurf zu
  580.       erzeugen. Ordnen Sie Ihre Einträge im Farbzuordnungs-Requester
  581.       dementsprechend um.
  582.       
  583.       
  584.       
  585.       
  586.       8. LITERATUR-REFERENZEN ZU DEN DEMOS
  587.       
  588.       
  589.       In einigen Demos sind die Wasserstoffatome weggelassen, Lösungs-
  590.       mittel-Moleküle entfernt, und/oder die Koordinaten skaliert
  591.       worden.
  592.       
  593.       
  594.       atrovenetin:    ATROVENETIN ORANGE TRIMETHYL ETHER FERRICHLORIDE
  595.                       I.C.Paul, G.A.Sim, J.Chem.Soc., p.1097 (1965).
  596.       
  597.       avenaciolide:   (-)-AVENACIOLIDE
  598.                       D.L.Hughes, Acta Crystallogr., Sect.B, 34,
  599.                       p.3674 (1978).
  600.       
  601.       
  602.       bis-porphyrine: {N3Mn(IV)(TPP)}2O
  603.                       B.C.Schardt, F.J.Hollander, C.L.Hill, J.Chem.
  604.                       Soc.Chem.Commun, p.765 (1981).
  605.       
  606.       bromo-edunol:   BROMO-EDUNOL
  607.                       J.G.Leipoldt, G.J.H Rall, D.G.Roux, J.C.Breyten-
  608.                       bach, J.Chem.Soc.,Chem.Commun. p.349 (1977).
  609.       
  610.       calix(8)arene:  (CALIX(8)ARENE METHYL ETHER)-HEXAKIS(TRIMETHYL-
  611.                       ALUMINIUM) BIS(TOLUENE)
  612.                       A.W.Coleman, S.G.Bott, J.L.Atwood, J.Inclusion
  613.                       Phenomena 5, p.581 (1987).
  614.       
  615.       coenzymeB12:    5'-DEOXYADENOSYLCOBALAMIN (VITAMIN B12 COENZYME)
  616.                       P.G.Lehnhert, Proc.R.Soc.London, Ser.A, 303,
  617.                       p.45 (1968).
  618.       
  619.       cucurbituril:   CUCURBITURIL CALCIUM BISULFATE SULFURIC ACID
  620.                       TRIDECAHYDRATE
  621.                       W.A.Freeman, W.L.Mock, N.Y.Shih, J.Am.Chem.Soc.
  622.                       103, p.7367 (1981).
  623.       
  624.       cyclodextrine:  ALPHA-CYCLODEXTRIN HYDRATE CLATHRATE
  625.                       K.K.Chacko, W.Saenger, J.Am.Chem.Soc.103, p.1708
  626.                       (1981).
  627.       
  628.       cyclosporinA:   CYCLOSPORIN A
  629.                       H.-R.Loosli, H.Kessler, H.Oschkinat, H.-P.Weber,
  630.                       T.J.Petcher, A.Widmer, Helv.Chim.Acta 68, p.682,
  631.                       (1985).
  632.       
  633.       deoxyoligonuc:  DEOXY(CYTIDINE PHOSPHATE GUANOSINE PHOSPHATE
  634.                       THYMIDINE PHOSPHATE)
  635.                       R.G.Brennan, E.Westhof, M.Sundaralingam,
  636.                       J.Biomol.Struct.Dyn.3, p.649 (1986).
  637.       
  638.       furan:          3-METHYL-7-METHOXY-5-(PROP-1-ENYL)-2-(3,4-ME
  639.                       THYLENE-DIOXYPHENYL)-2,3-DIHYDROBENZO(B)FURAN
  640.                       M.N.Ponnuswamy, S.Parthasarathy,
  641.                       Cryst.Struct.Commun. 10, p.1203 (1981).
  642.       
  643.       hexakisbenzene: HEXAKIS(2-PHENYLETHYLTHIOMETHYL)-BENZENE
  644.                       1,4-DIOXANE CLATHRATE
  645.                       K.Burns, C.J.Gilmore, P.R.Mallison, D.D.
  646.                       Macnicol, S.Swanson, J.Chem.Res.30, p.501
  647.                       (1981).
  648.       
  649.       tetrakisCu:     A.S.Batsanov, Yu.T.Struchkov, A.S.Grigor'Eva,
  650.                       E.E.Kriss, N.F.Konakhovich, Yu.A.Fialkov,
  651.                       Koord.Khim.7, p.784 (1981).
  652.