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Text File  |  1995-12-17  |  2.7 KB  |  99 lines  |  [TEXT/R*ch]
  1.  
  2.  
  3.  
  4.  CLUSTAL W(1.4) Multiple Sequence Alignments
  5.  
  6.  
  7.                 DATA (sequences)
  8.  
  9. /INFILE=file.ext                             :input sequences.
  10. /PROFILE1=file.ext  and  /PROFILE2=file.ext  :profiles (old alignment).
  11.  
  12.                 VERBS (do things)
  13.  
  14. /OPTIONS        :list the command line parameters
  15. /HELP  or /CHECK    :outline the command line params.
  16. /ALIGN              :do full multiple alignment 
  17. /TREE               :calculate NJ tree.
  18. /BOOTSTRAP(=n)      :bootstrap a NJ tree (n= number of bootstraps; def. = 1000).
  19.  
  20.                 PARAMETERS (set things)
  21.  
  22. ***General settings:****
  23. /INTERACTIVE :read command line, then enter normal interactive menus
  24. /QUICKTREE   :use FAST algorithm for the alignment guide tree
  25. /NEWTREE=    :file for new guide tree
  26. /USETREE=    :file for old guide tree
  27. /NEGATIVE    :protein alignment with negative values in matrix
  28. /OUTFILE=    :sequence alignment file name
  29. /OUTPUT=     :GCG, GDE, PHYLIP or PIR
  30. /OUTORDER=   :INPUT or ALIGNED
  31. /CASE        :LOWER or UPPER (for GDE output only)
  32.  
  33. ***Fast Pairwise Alignments:***
  34. /KTUP=n      :word size                  /TOPDIAGS=n  :number of best diags.
  35. /WINDOW=n    :window around best diags.  /PAIRGAP=n   :gap penalty
  36. /SCORE       :PERCENT or ABSOLUTE
  37.  
  38. ***Slow Pairwise Alignments:***
  39. /PWMATRIX=   :BLOSUM, PAM, ID or filename
  40. /PWGAPOPEN=f :gap opening penalty        /PWGAPEXT=f  :gap opening penalty
  41.  
  42. ***Multiple Alignments:***
  43. /MATRIX=     :BLOSUM, PAM, ID or filename
  44. /GAPOPEN=f   :gap opening penalty        /GAPEXT=f    :gap extension penalty
  45. /ENDGAPS     :no end gap separation pen. /GAPDIST=n   :gap separation pen. range
  46. /NORGAP      :Residue specific gaps off  /NOHGAP      :hydrophilic gaps off
  47. /HGAPRESIDUES= :list hydrophilic res.    /MAXDIV=n    :% ident. for delay
  48. /TYPE=       :PROTEIN or DNA             /TRANSITIONS :transitions NOT weighted.
  49.  
  50. ***Trees:***                             /SEED=n    :seed number for bootstraps.
  51. /KIMURA      :use Kimura's correction.   /TOSSGAPS  :ignore positions with gaps.
  52.  
  53.  
  54.  
  55. clustalw option list:-
  56.         /help 
  57.         /check 
  58.         /options 
  59.         /infile=filename 
  60.         /profile1=filename 
  61.         /profile2=filename 
  62.         /align 
  63.         /newtree=filename 
  64.         /usetree=filename 
  65.         /bootstrap 
  66.         /tree 
  67.         /quicktree 
  68.         /interactive 
  69.         /type=protein OR dna
  70.         /matrix=filename 
  71.         /negative 
  72.         /gapopen=f 
  73.         /gapext=f 
  74.         /endgaps 
  75.         /norgap 
  76.         /nohgap 
  77.         /hgapresidues=string 
  78.         /maxdiv=n 
  79.         /gapdist=n 
  80.         /pwmatrix=filename 
  81.         /pwgapopen=f 
  82.         /pwgapext=f 
  83.         /ktuple=n 
  84.         /window=n 
  85.         /pairgap=n 
  86.         /topdiags=n 
  87.         /score=percent OR absolute
  88.         /transitions 
  89.         /seed=n 
  90.         /kimura 
  91.         /tossgaps 
  92.         /debug=n 
  93.         /output=gcg OR gde OR pir OR phylip
  94.         /outputtree=nj OR phylip OR dist
  95.         /outfile=filename 
  96.         /outorder=input OR aligned
  97.         /case=lower OR upper
  98.  
  99.