home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Celestin Apprentice 4 / Apprentice-Release4.iso / Source Code / Libraries / DCLAP 4j / DBio / DSeqList.h < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-12-17  |  1.0 KB  |  49 lines  |  [TEXT/R*ch]
  1. // DSeqList.h
  2.  
  3. #ifndef _DSEQLIST_
  4. #define _DSEQLIST_
  5.  
  6. #include <DList.h>
  7. //#include "DSeqFile.h"
  8.  
  9. class DFile;
  10. class DSequence;
  11.  
  12. class DSeqList : public DList //, public DSeqFile
  13. {
  14. public:
  15.     enum Sorts {
  16.         kSortByItem = 0,
  17.         kSortByName = 1,
  18.         kSortBySize = 2,
  19.         kSortByKind = 3,
  20.         kSortByDate = 4
  21.         };
  22.     short fSortOrder;
  23.  
  24.     static short gMinCommonPercent;
  25.     DSeqList();
  26.     virtual ~DSeqList();
  27.  
  28.     virtual Boolean IsEmpty();
  29.     virtual DSequence* SeqAt( short index) { return (DSequence*) this->At( index); }
  30.  
  31.     virtual void DoWrite( DFile* aFile, short format); //ostream os
  32.     virtual void DoWrite( char* aFileName, short format); 
  33.     
  34.     virtual Boolean SortList(Sorts sortorder);
  35.     virtual void AddNewSeq();
  36.     virtual void ClearSelections();
  37.     
  38.     virtual short ZeroOrigin();
  39.     virtual void MakeConsensus();
  40.     virtual DSequence* Consensus();   
  41.     virtual short ConsensusRow();  
  42.     virtual DSequence* FindNamedSeq(char* name, Boolean respectCase = true);
  43.     virtual char* FindCommonBases( short minCommonPerCent, char*& firstCommon);
  44. };
  45.  
  46. extern short gLinesPerSeqWritten;
  47.  
  48. #endif
  49.