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Text File  |  1996-02-04  |  44KB  |  964 lines
  1. /***************************************************************************\
  2. *                                                                           *
  3. *       !MoleDraw,                                                          *
  4. *                                                                           *
  5. *       Molecular DTP,                                                      *
  6. *                                                                           *
  7. *       version 0.225D (4-Feb-96),                                          *
  8. *                                                                           *
  9. *       © Simon Kilvington, 1993-96                                         *
  10. *                                                                           *
  11. \***************************************************************************/
  12.  
  13.  
  14.    MoleDraw is an object based drawing program orientated towards producing
  15. diagrams of chemical structures. It allows you to easily draw pictures of
  16. molecules which can then be exported as Draw files to other applications.
  17.  
  18.    To ease the transfer of data between MoleDraw and other applications it
  19. supports the new RISC OS global clipboard. This allows you to cut, or copy,
  20. data from one application and paste it into another, all at the touch of a
  21. couple of keys.
  22.  
  23.  
  24. Compatibility
  25. =============
  26.  
  27.    MoleDraw has only been tested under RISC OS 3.10. It should be compatible
  28. with all versions of RISC OS from 3.00 onwards, but it will not work under
  29. earlier versions.
  30.  
  31.    MoleDraw requires Acorn's DrawFile module.
  32.  
  33.  
  34. Overview
  35. ========
  36.  
  37.    The basic principle behind creating drawings in MoleDraw is very much
  38. like 'Draw'. That is, you choose an object from the toolbox, or from the
  39. menu if you don't like toolboxes, then position it on the drawing.
  40.  
  41.    Once objects have been added to the drawing they may be selected and then
  42. moved, rotated, grouped together, etc.
  43.  
  44.    The main difference between MoleDraw and Draw is that the objects used in
  45. MoleDraw have been chosen to allow chemical structures to be quickly and
  46. easily drawn. MoleDraw also knows about atoms and bonds and uses these
  47. concepts to not only ease the production of neater drawings, but also to
  48. allow you to build connection tables from your diagrams of chemical
  49. structures. The connection tables can be saved as SMILES strings, these are
  50. a popular and simple way of describing the connectivity in chemical
  51. structures as a one dimensional string of characters. They are described in
  52. the file '!MoleDraw.docs.SMILES'.
  53.  
  54.    Although MoleDraw knows about bonds and atoms it allows you to draw any
  55. structure you want, however chemically unreasonable it may be. The
  56. philosophy is "you know what you are doing" and so it does not impose any
  57. constraints on what you can draw. Silly structures can even be exported as
  58. silly SMILES strings, although these will not be accepted as input to the
  59. 2D->3D/3D->2D converter that will be my next project.
  60.  
  61.    MoleDraw's toolbox contains the following tools, each of which may also
  62. be accessed from the main menu. Their use is described below.
  63.  
  64.                 +-------------------+-------------------+
  65.                 | Bond              | Select            |
  66.                 +-------------------+-------------------+
  67.                 | Dashed bond       | Erase             |
  68.                 +-------------------+-------------------+
  69.                 | Wedge             | Label             |
  70.                 +-------------------+-------------------+
  71.                 | Dashed wedge      | Caption           |
  72.                 +-------------------+-------------------+
  73.                 | Thick bond        | Arrows (menu)     |
  74.                 +-------------------+-------------------+
  75.                 | Thick dashed bond | Orbitals (menu)   |
  76.                 +-------------------+-------------------+
  77.                 | Wiggly bond       | Objects (menu)    |
  78.                 +-------------------+-------------------+
  79.                 | Chain             | Reflected chain   |
  80.                 +-------------------+-------------------+
  81.                 | 3 atom ring       | 4 atom ring       |
  82.                 +-------------------+-------------------+
  83.                 | 5 atom ring       | 6 atom ring       |
  84.                 +-------------------+-------------------+
  85.                 | 7 atom ring       | 8 atom ring       |
  86.                 +-------------------+-------------------+
  87.                 | Chair             | Reflected chair   |
  88.                 +-------------------+-------------------+
  89.                 | Cyclopentadiene   | Benzene           |
  90.                 +-------------------+-------------------+
  91.  
  92.    The toolbox icons may be quite big in small screen modes, ie 12 (640x256
  93. pixels), 27 (640x480) etc. This is because I use mode 39 (896x352) which has
  94. a fairly large screen area. Mode 31 (800x600) is also quite nice, and you
  95. get the hi-res icons.
  96.  
  97.  
  98. Using bond and ring tools
  99. =========================
  100.  
  101.    Firstly use the 'Style' menu to choose the colour, line width etc that
  102. you want your new object to have. The description of the 'Style' menu below
  103. explains exactly what is effected by the 'Line width', 'Bold width' etc.
  104.  
  105.    Once you have decided on a style choose the object type you want to add
  106. to the drawing either from the toolbox or the 'Enter' menu. To add an object
  107. to the drawing first click with 'select' where you want the object to
  108. appear. The position of the object will be shown as a light blue outline
  109. which moves as you move the mouse. Once the object is in the desired
  110. position click again with 'select' to add it. You may click with 'adjust' at
  111. this point instead to move the position of the initial click and start
  112. entering the object again.
  113.  
  114.    Pressing the 'Escape' key at any point will abandon the entering process.
  115.  
  116.    From the 'Tools' menu you may select 'Fixed lengths' and/or 'Fixed
  117. angles'. These restrict the size and orientation of the objects and allow
  118. you to ensure that all your molecules turn out the same size. Note that
  119. moving the mouse when entering 'Chain' objects changes the number of bonds
  120. to be added, not the length of the bonds which is always the 'Fixed' bond
  121. length.
  122.  
  123.    Even if 'Fixed lengths' and/or 'Fixed angles' are selected if your last
  124. mouse click when entering a bond is over an atom the bond will end at that
  125. atom. This applies to rings too, and so polycyclic structures can quite
  126. easily be constructed.
  127.  
  128.    The 3, 4, 5, 6, 7 and 8 atom ring tools can be used to produce aromatic
  129. rings, ie with a circle drawn in the middle of them. To get aromatic rings
  130. hold down 'Shift' when you first click with 'select', or if you subsequently
  131. click with 'adjust'. At it's closest point, the circle will be one and a
  132. half times the bond spacing away from the bonds that form the ring.
  133.  
  134.    When a new bond is aligned on top of an existing single bond it will
  135. become a double bond, doubles will become triples, and triples will go back
  136. to singles again. This only happens for the single bond tools. The rings,
  137. the chains, and the chairs will not increase the bond order of existing
  138. bonds they overlap.
  139.  
  140.    The program places an atom at the end of each bond, these can not be seen
  141. but may later have a label added to them, or be output as a connection table
  142. in the form of a SMILES string.
  143.  
  144.  
  145. Using tools with a menu
  146. =======================
  147.  
  148.    The 'Arrows', 'Orbitals' and 'Objects' tools each have a menu of objects
  149. associated with them. Before you can use one of these tools you must choose
  150. from its menu which object you want to enter. To display the tool's menu
  151. either click with 'menu' or double click with 'select' on the toolbox icon,
  152. or use the 'Enter' menu. Once an object is chosen from a tool's menu it will
  153. be used each time the tool is used.
  154.  
  155.    Once an object has been associated with the tool proceed as before to add
  156. it to the drawing, ie click with 'select' initially, move the mouse to
  157. position the object correctly, and click with 'select' again to add it.
  158.  
  159.    As before, 'adjust' can be used to reposition the object's starting
  160. point, and 'Escape' abandons the process.
  161.  
  162.    Note: when entering objects they are drawn as outlines to speed up the
  163. screen updat