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/ The Datafile PD-CD 5 / DATAFILE_PDCD5.iso / rasmol / scipts / bilayer / !Bilayer / PC-OPH_SCR < prev    next >
Text File  |  1996-06-15  |  2KB  |  148 lines
  1. zap
  2. load "pc-oph.pdb"
  3. rotate z -72
  4. rotate y -10
  5. rotate x 50
  6. zoom 150
  7. wireframe off
  8.  
  9. set fontsize 30
  10. select atomno=21
  11. label "  -"
  12. select atomno=1
  13. label "  +"
  14. select all
  15.  
  16. spacefill
  17. script clrleg.scr
  18. echo PALMITOYL OLEOYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
  19. echo .  spacefilling model (relative atomic diameters)
  20. pause
  21. refresh
  22. script delay1.scr
  23. script wave.scr
  24.  
  25. spacefill off
  26. wireframe 0.2
  27. script labelems.scr
  28. script clrleg.scr
  29. echo PALMITOYL OLEOYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
  30. echo .  wireframe model (shows only bonds, not atoms)
  31. pause
  32. refresh
  33. script delay5.scr
  34. script delay5.scr
  35. script x90-3.scr
  36.  
  37. spacefill off
  38. wireframe 0.2
  39. script glycerol.scr
  40. wireframe 0.5
  41. script clrleg.scr
  42. echo PALMITOYL OLEOYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
  43. echo .  is composed of a glycerol backbone
  44. pause
  45. refresh
  46. script delay3.scr
  47. script x90-3.scr
  48.  
  49. wireframe 0.2
  50. script phosphat.scr
  51. wireframe 0.5
  52. echo .  linked to a phosphate
  53. pause
  54. refresh
  55. script delay3.scr
  56. script x90-3.scr
  57.  
  58. wireframe 0.2
  59. script choline.scr
  60. wireframe 0.5
  61. echo .  linked to choline
  62. pause
  63. refresh
  64. script delay3.scr
  65. script x90-3.scr
  66.  
  67. spacefill off
  68. wireframe 0.2
  69. select all
  70. labels off
  71. script oleoyl.scr
  72. wireframe 0.5
  73. script clrleg.scr
  74. echo The glycerol is esterified to two fatty acids,
  75. echo .  OLEIC ACID (18:1)
  76. pause
  77. refresh
  78. script delay3.scr
  79. script x90-3.scr
  80.  
  81. script palmitoy.scr
  82. wireframe 0.5
  83. script palmyelh.scr
  84. script clrleg.scr
  85. echo The glycerol is esterified to two fatty acids,
  86. echo .  OLEIC ACID (18:1)
  87. echo .                    and PALMITIC ACID (16:0, yellow)
  88. pause
  89. refresh
  90. script delay3.scr
  91. script x90-3.scr
  92.  
  93. set fontsize 30
  94. select atomno=21
  95. label "  -"
  96. select atomno=1
  97. label "  +"
  98.  
  99. select all
  100. spacefill
  101. script clrleg.scr
  102. echo PALMITOYL OLEOYL PHOSPHATIDYL CHOLINE -
  103. echo .  spacefilling model (relative atomic diameters).
  104. pause
  105. refresh
  106. script x90-3.scr
  107.  
  108. echo HYDROGEN WILL BE OMITTED TO SIMPLIFY THE DISPLAY.
  109. pause
  110. script delay3.scr
  111.  
  112. restrict not hydrogen
  113. refresh
  114. script delay3.scr
  115. script x90-3.scr
  116.  
  117. spacefill off
  118. wireframe 0.4
  119. script delay5.scr
  120. script x90-3.scr
  121.  
  122. set fontsize 20
  123. rotate z -18
  124. zoom 140
  125. refresh
  126. script delay1.scr
  127.  
  128. rotate z -18
  129. zoom 130
  130. refresh
  131. script delay1.scr
  132.  
  133. rotate z -18
  134. zoom 120
  135. refresh
  136. script delay1.scr
  137.  
  138. set fontsize 15
  139. rotate z -18
  140. zoom 110
  141. refresh
  142. script delay1.scr
  143.  
  144. rotate z -18
  145. zoom 100
  146. refresh
  147. script delay5.scr
  148.