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Text File  |  1996-06-15  |  3KB  |  195 lines
  1. script clrleg.scr
  2. script biltitle.scr
  3. script lectver.scr
  4. script lectuse.scr
  5.  
  6. script clrleg.scr
  7. script choleste.scr
  8. script pc-oph.scr
  9. zap
  10. script titlec.scr
  11. zap
  12. script pc4.scr
  13. script pc20a.scr
  14. script pc20b.scr #multicolored spacefilled slice
  15. script pcw40.scr
  16.  
  17. zap
  18. script titlec2.scr
  19. zap
  20. load "cutc2.pdb"
  21. script pre200.scr
  22. script 20-200.scr
  23. script pc200.scr
  24.  
  25. zap
  26. script titleg.scr
  27. zap
  28. load "cutg2.pdb"
  29. script pre200.scr
  30. script pc200.scr
  31.  
  32. zap
  33. script titlef.scr
  34. zap
  35. load "cutf2.pdb"
  36. script pre200.scr
  37. script pc200.scr
  38.  
  39. script delay5.scr
  40.  
  41. script gramicid.top
  42. script clrleg.scr
  43. script crouzy1.scr
  44. script crouzy2.scr
  45. select all
  46. label ""
  47. script copyrite.scr
  48. script lectver.scr
  49. script lectuse.scr
  50.  
  51. zap
  52. script clrleg.scr
  53. load "gramisl.pdb"
  54. zoom 130
  55. wireframe off
  56. spacefill
  57. select water
  58. color greenblue
  59.  
  60. translate x -10
  61. script gramlab.scr
  62. refresh
  63. script delay3.scr
  64. script wave5.scr
  65. script delay3.scr
  66.  
  67. select all
  68. label ""
  69. select pop
  70. spacefill off
  71. wireframe
  72. select atomno=608
  73. label "<-GRAMICIDIN DIMER"
  74. refresh
  75. script delay3.scr
  76. script wave10.scr
  77.  
  78. label ""
  79. restrict water or pop
  80. refresh
  81. script delay3.scr
  82.  
  83. restrict not pop
  84. refresh
  85. script delay3.scr
  86.  
  87. select protein
  88. backbone 0.7
  89. color magenta
  90. select atomno=3690
  91. label "  GRAMICIDIN BACKBONE"
  92. select atomno=3751
  93. label "  BETA-6.3 HELIX"
  94.  
  95. refresh
  96. script delay3.scr
  97.  
  98. restrict not water
  99. refresh
  100. script x90-3.scr
  101. script delay3.scr
  102.  
  103. backbone off
  104. select all
  105. label ""
  106. restrict not water and not pop
  107. spacefill
  108. color magenta
  109. refresh
  110. script delay3.scr
  111.  
  112. color cpk
  113. script delay3.scr
  114. script x-90-3.scr
  115. script delay3.scr
  116.  
  117. zoom 300
  118. refresh
  119. echo HYDROPHILIC RESIDUES LINE THE CHANNEL, WHILE HYDROPHOBIC RESIDUES
  120. echo ON THE OUTSIDE OF THE GRAMICIDIN BOND WITH THE FATTY ACID TAILS.
  121. pause
  122. script delay3.scr
  123. script y90-3.scr
  124.  
  125. select water
  126. spacefill
  127. refresh
  128. script delay3.scr
  129.  
  130. slab 50
  131. echo
  132. echo VERTICAL SECTION THROUGH GRAMICIDIN CHANNEL
  133. echo SHOWING INTERNAL WATER.
  134. pause
  135. script delay5.scr
  136. slab off
  137. script clrleg.scr
  138. script delay3.scr
  139.  
  140. select not water and not pop
  141. spacefill off
  142. wireframe 0.3
  143. refresh
  144. script delay3.scr
  145.  
  146. select all
  147. label ""
  148. translate x 0
  149.  
  150. zoom 200
  151. refresh
  152. script delay3.scr
  153. script y-90-3.scr
  154.  
  155. select not water and not pop
  156. color magenta
  157. script delay3.scr
  158.  
  159. spacefill
  160. script delay3.scr
  161.  
  162. select pop
  163. spacefill
  164. script delay3.scr
  165.  
  166. select water
  167. spacefill off
  168. wireframe 0.3
  169. script x90-3.scr
  170. script delay3.scr
  171.  
  172. zoom 300
  173. refresh
  174. script delay3.scr
  175. script x90-3.scr
  176. spacefill #water
  177. script delay3.scr
  178.  
  179. slab 52
  180. echo VERTICAL SECTION THROUGH GRAMICIDIN CHANNEL
  181. echo SHOWING INTERNAL WATER.
  182. pause
  183. script delay3.scr
  184. zoom 130
  185. script gramlab.scr
  186. select atomno=3900
  187. label "         GRAMICIDIN"
  188. translate x -12
  189. refresh
  190. script delay3.scr
  191. slab off
  192. script clrleg.scr
  193. script delay3.scr
  194. script delay3.scr
  195.