home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ The Datafile PD-CD 5 / DATAFILE_PDCD5.iso / rasmol / scipts / antibody / !Antibody / PEP4_SCR < prev    next >
Text File  |  1996-03-03  |  2KB  |  85 lines
  1. zap
  2. load pdb "b27pep4.PDB"
  3. reset
  4. set hourglass on
  5. rotate z -13
  6. rotate y 37
  7. rotate x 130
  8. zoom 200
  9.  
  10. # 1-AA backbone only
  11. restrict ala and not atomno=1907
  12. wireframe 0.15
  13. script clrleg.scr
  14. echo This is the backbone of 1 amino acid (AA).
  15. pause
  16.  
  17. # 3-AA backbone
  18. restrict ((ala or lys or ile) and backbone) or hydrogen
  19. wireframe 0.15
  20. script clrleg.scr
  21. echo Here is the backbone of a tripeptide (3 AA's).
  22. echo No side groups are shown, and most hydrogens are omitted.
  23. pause
  24.  
  25. # tri-alanine
  26. restrict selected or atomno=1907 or atomno=1894 or atomno=1913
  27. wireframe 0.15
  28. script clrleg.scr
  29. echo Now each AA has a 1-carbon side group, so we have
  30. echo .  Ala Ala Ala (tri-alanine)
  31. script wave.scr
  32. pause
  33.  
  34. restrict selected or lys
  35. wireframe 0.15
  36. script clrleg.scr
  37. echo Adding an NH3 to a carbon chain on the 1st AA gives
  38. echo .  Lys Ala Ala
  39. pause
  40.  
  41. restrict selected or ile
  42. wireframe 0.15
  43. script clrleg.scr
  44. echo Adding two carbons to the 3rd AA gives isoleucine:
  45. echo .  Lys Ala Ile
  46. pause
  47.  
  48. restrict selected or thr
  49. wireframe 0.15
  50. script clrleg.scr
  51. echo The 4th AA is threonine with its hydroxyl, giving
  52. echo .  Lys Ala Ile Thr
  53. script wave.scr
  54. pause
  55.  
  56. spacefill
  57. echo Here is the shape of the tetrapeptide.
  58. pause
  59.  
  60. zoom 100 
  61. echo This is a good size for rotating the tetrapeptide.
  62. script wave.scr
  63. pause
  64.  
  65. zoom 200
  66. spacefill off
  67. backbone 0.1
  68. color backbone green
  69. script clrleg.scr
  70. echo The stick representation has too much detail for larger
  71. echo proteins.  The alpha-carbons are connected with a line
  72. echo called the BACKBONE trace.
  73. script wave.scr
  74. pause
  75.  
  76. wireframe off
  77. script clrleg.scr
  78. echo Showing only the backbone makes it easier to see the
  79. echo secondary and tertiary structure of a protein.
  80. script wave.scr
  81. pause
  82.  
  83. wireframe 0.15
  84. pause
  85.