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/ The Datafile PD-CD 5 / DATAFILE_PDCD5.iso / rasmol / scipts / antibody / !Antibody / CDRLY-A_SC < prev    next >
Text File  |  1996-03-03  |  1KB  |  76 lines
  1. zap
  2. set hourglass on
  3. load "fab_lyso.pdb"
  4. rotate z -89
  5. rotate y 25
  6. rotate x -10
  7. wireframe off
  8.  
  9. #SPACEFILL CPK
  10. spacefill
  11. script clrleg.scr
  12. echo Hen egg white lysozyme (left) bound to Fab (right).
  13. echo .  (Hydrogens [white] are not shown because they cannot be
  14. echo .   resolved by X-ray diffraction.)
  15. pause
  16.  
  17. #COLOR BY CHAIN
  18. select :l
  19. color green
  20. select :h
  21. color orange
  22. select :y
  23. color magenta
  24.  
  25. #LABEL CHAINS
  26. set fontsize 15
  27. select atomno=1780
  28. label HEAVY CHAIN
  29. select atomno=1568
  30. label .LIGHT CHAIN
  31. select atomno=3682
  32. label LYSOZYME
  33. select atomno=3306
  34. label HINGE
  35. script clrleg.scr
  36. script wave1.scr
  37. pause
  38.  
  39. #BACKBONE
  40. select all
  41. spacefill off
  42. backbone 0.3
  43. echo
  44. echo Backbone representation.
  45. pause
  46.  
  47. #LABELS OFF
  48. select all
  49. label off
  50. pause
  51.  
  52. #Fv + LYSOZYME ONLY
  53. restrict 1-117:h or 1-108:l or :y
  54. echo
  55. echo Fv is the smallest antibody fragment which can bind antigen.
  56. pause
  57.  
  58. #Fv ONLY
  59. reset
  60. rotate z -89
  61. rotate y 25
  62. rotate x -10
  63. select atomno=307 #this atom is not part of the backbone so is invisible
  64. color white
  65. set fontsize 25
  66. #color label white - this makes subsequent labels lose their atomcolor
  67. label Fv
  68. script fv.scr
  69. backbone 0.15
  70. echo Fv: "Fragment" containing the "Variable" domains of the H+L chains.
  71. pause
  72.  
  73. #LARGER
  74. zoom 200
  75. pause
  76.