home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ The Datafile PD-CD 5 / DATAFILE_PDCD5.iso / rasmol / scipts / antibody / !Antibody / CDR6CL_SCR < prev    next >
Text File  |  1995-09-16  |  827b  |  53 lines
  1. #These are the CDR's for 1FDL: D1.3 Fab + lysozyme
  2. #These CDR's were deduced from sequence comparisons with data in Kabat & Wu.
  3. #(The D1.3 sequence does not seem to be in K&W.)
  4.  
  5. set fontsize 15
  6.  
  7. #light chain is greenblue, use cold colors
  8.  
  9. select 24-34:l
  10. color green
  11. backbone 0.4
  12. select atomno=184
  13. label cdrL1
  14. pause
  15.  
  16. select 50-56:l
  17. color cyan
  18. backbone 0.4
  19. select atomno=425
  20. label cdrL2
  21. pause
  22.  
  23. select 89-97:l
  24. color white
  25. backbone 0.4
  26. select atomno=693
  27. label cdrL3
  28. pause
  29.  
  30. #heavy chain is brown, use warm colors
  31. select 31-35:h
  32. color redorange
  33. backbone 0.4
  34. select atomno=1879
  35. label cdrH1
  36. pause
  37.  
  38. backbone 0.4
  39. select 50-65:h
  40. color orange
  41. backbone 0.4
  42. select atomno=2137
  43. label cdrH2
  44. pause
  45.  
  46. backbone 0.4
  47. select 98-105:h
  48. color yellow
  49. backbone 0.4
  50. select atomno=2413
  51. label cdrH3
  52. pause
  53.