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Text File  |  1995-03-04  |  1.4 KB  |  32 lines

  1. *********************************************************
  2. * Bacterial formate and nitrite transporters signatures *
  3. *********************************************************
  4.  
  5. A number  of  bacterial  and archebacterial proteins involved in the transport
  6. of formate or nitrite have been shown [1] to be related:
  7.  
  8.  - focA,  from  Escherichia  coli, a transporter involved in the bidirectional
  9.    transport of formate.
  10.  - fdhC, from Methanobacterium formicicum, a probable formate transporter.
  11.  - nirC,  from Escherichia coli and Salmonella typhimurium, a probable nitrite
  12.    transporter.
  13.  
  14. These transporters are proteins of about 280 residues that seem to contain six
  15. transmembrane regions.  As  signature  patterns,  we  selected  two  conserved
  16. regions. The  first  one seems to be located in a cytoplasmic loop between the
  17. second and third transmembrane domains and the second is in a periplasmic loop
  18. between the fifth and sixth transmembrane regions.
  19.  
  20. -Consensus pattern: G-[SA]-[DE]-L-F-T-[GS]
  21. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  22. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  23.  
  24. -Consensus pattern: F-[LIVM]-x(2)-G-[FY]-E-H-x-[LIVM]-A-N-M-x(3)-[PA]
  25. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  26. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  27.  
  28. -Last update: June 1994 / First entry.
  29.  
  30. [ 1] Suppmann B., Sawers G.
  31.      Mol. Microbiol. 11:965-982(1994).
  32.