home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00745 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  1.7 KB  |  44 lines
  1. ***********************
  2. * Syndecans signature *
  3. ***********************
  4.  
  5. Syndecans [1,2]  (from  the  greek  syndein; to bind together) are a family of
  6. transmembrane heparan  sulfate  proteoglycans  which  are  implicated  in  the
  7. binding of extracellular matrix components and growth factors. Syndecans bind
  8. a variety  of  molecules  via  their  heparan  sulfate  chains  and can act as
  9. receptors or a co-receptors.
  10.  
  11. Structurally, these proteins consist of four separate domains:
  12.  
  13.  a) A signal sequence;
  14.  b) An extracellular domain (ectodomain) of variable length and whose sequence
  15.     is not  evolutionary  conserved  in  the  various  forms of syndecans. The
  16.     ectodomain contains  the  sites  of  attachment  of  the  heparan  sulfate
  17.     glycosaminoglycan side chains;
  18.  c) A transmembrane region;
  19.  d) A  highly  conserved  cytoplasmic  domain of about 30 to 35 residues which
  20.     could interact with cytoskeletal proteins.
  21.  
  22. The proteins known to belong to this family are:
  23.  
  24.  - Syndecan 1.
  25.  - Syndecan 2 or fibroglycan.
  26.  - Syndecan 3 or neuroglycan or N-syndecan.
  27.  - Syndecan 4 or amphiglycan or ryudocan.
  28.  
  29. The signature  pattern  that  we  developed for syndecans starts with the last
  30. residue of  the transmembrane region and includes the first 10 residues of the
  31. cytoplasmic domain.   It   contains   a   tyrosine   which   is   a  candidate
  32. phosphorylation site.
  33.  
  34. -Consensus pattern: Y-R-M-[KR]-K(2)-D-E-G-S-Y
  35. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  36. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  37. -Last update: June 1994 / First entry.
  38.  
  39. [ 1] Bernfield M., Kokenyesi R., Kato M., Hinkes M.T., Spring J., Gallo R.L.,
  40.      Lose E.J.
  41.      Annu. Rev. Cell Biol 8:365-393(1992).
  42. [ 2] David G.
  43.      FASEB J. 7:1023-1030(1993).
  44.