home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00723 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  1.4 KB  |  29 lines
  1. *********************************
  2. * Initiation factor 3 signature *
  3. *********************************
  4.  
  5. Initiation factor  3  (IF-3)  (gene  infC)  [1]  is  one  of the three factors
  6. required for  the  initiation  of  protein  biosynthesis in bacteria.  IF-3 is
  7. thought to function as  a  fidelity  factor during the assembly of the ternary
  8. initiation complex  which  consist of the 30S ribosomal subunit, the initiator
  9. tRNA and  the  messenger  RNA. IF3 binds to the 30S ribosomal subunit; it is a
  10. basic protein of 170 to 212 residues.
  11.  
  12. The chloroplast  initiation  factor  IF3(chl)  is  a protein that enhances the
  13. poly(A,U,G)-dependent binding  of  the initiator tRNA to chloroplast ribosomal
  14. 30s subunits. In its mature form it  is a protein of  about 400 residues whose
  15. central section is evolutionary related to the sequence of bacterial IF-3 [2].
  16.  
  17. As a  signature  pattern  we selected a highly conserved region located in the
  18. central section of bacterial IF-3 and of IF-3(chl).
  19.  
  20. -Consensus pattern: [KR]-[LIVM](2)-[DN]-Y-[GS]-K-[LIVMF]-x-[FY]-E-x(2)-K
  21. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  22. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  23. -Last update: June 1994 / First entry.
  24.  
  25. [ 1] Liveris D., Schwartz J.J., Geertman R., Schwartz I.
  26.      FEMS Microbiol. Lett. 112:211-216(1993).
  27. [ 2] Lin Q., Ma L., Burkhart W., Spremulli L.L.
  28.      J. Biol. Chem. 269:9436-9444(1994).
  29.