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Text File  |  1995-03-04  |  1.4 KB  |  33 lines
  1. ************************************************
  2. * Aspartate and glutamate racemases signatures *
  3. ************************************************
  4.  
  5. Aspartate racemase (EC 5.1.1.13)  and  glutamate racemase (EC 5.1.1.3) are two
  6. evolutionary related bacterial enzymes  that do not seem to require a cofactor
  7. for their activity [1].  Glutamate  racemase,  which interconverts L-glutamate
  8. into D-glutamate,  is  required for the biosynthesis of peptidoglycan and some
  9. peptide-based antibiotics such as gramicidin S.
  10.  
  11. In addition  to  characterized  aspartate and glutamate racemases, this family
  12. also includes  a  hypothetical  protein  from  Erwinia carotovora and one from
  13. Escherichia coli (ygeA).
  14.  
  15. Two conserved cysteines are present in the sequence of these enzymes. They are
  16. expected to  play  a  role  in catalytic activity by acting as bases in proton
  17. abstraction from  the  substrate.  We  developed  signature  patterns for both
  18. cysteines.
  19.  
  20. -Consensus pattern: [LIVM]-x-C-x(0,1)-N-T-[MA]-[STH]
  21. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  22. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: Caenorhabditis elegans hypothetical
  23.  protein F42H10.1.
  24.  
  25. -Consensus pattern: [LIVM](2)-x-[AG]-C-T-[DEH]-[LIVMF]-[PNGS]-x-[LIVM]
  26. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  27. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  28.  
  29. -Last update: June 1994 / Text revised.
  30.  
  31. [ 1] Gallo K.A., Knowles J.R.
  32.      Biochemistry 32:3981-3990(1993).
  33.