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Text File  |  1995-03-04  |  2.1 KB  |  43 lines
  1. *************************************************
  2. * Sodium:galactoside symporter family signature *
  3. *************************************************
  4.  
  5. It has  been shown [1] that integral membrane proteins that mediate the intake
  6. of a  wide  variety  of  molecules  with the concomitant uptake of sodium ions
  7. (sodium symporters)  can  be  grouped, on the basis of sequence and functional
  8. similarities into  a  number  of  distinct  families. One of these families is
  9. known as the  sodium:galactoside symporter family (SGF) and currently consists
  10. of the following proteins:
  11.  
  12.  - The  melibiose  carrier  (gene melB) from a variety of enterobacteria. This
  13.    protein is  responsible  for  melibiose  transport  and is capable of using
  14.    hydrogen, sodium, and lithium cations as coupling cations for cotransport.
  15.  - The  lactose  permease from Lactobacillus (gene lacS or lacY). This protein
  16.    is responsible  for  the transport of beta-galactosides into the cell, with
  17.    the concomitant   export  of  a  proton.  It  consists of two domains; a N-
  18.    terminal SGF  domain  and a C-terminal domain that resembles that of enzyme
  19.    IIA of the PEP:sugar phosphotransferase system.
  20.  - Escherichia coli hypothetical protein yicJ.
  21.  - Escherichia coli hypothetical protein yihO.
  22.  - Escherichia coli hypothetical protein yihP.
  23.  
  24. Like sugar transport  proteins, these integral membrane proteins are predicted
  25. to comprise    twelve  membrane  spanning  domains.  As a signature pattern we
  26. selected a  highly  conserved  region  which  is located in a cytoplasmic loop
  27. between  the second  and third transmembrane regions.  This region starts with
  28. a conserved  aspartate which has been shown [2], in melB, to  be important for
  29. the activity of the protein.
  30.  
  31. -Consensus pattern: D-x(3)-G-x(3)-[DN]-x(6,8)-G-K-F-[KR]-P-[FYW]-[LIVM](2)-x-
  32.                     [GSTA](2)
  33. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  34. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  35.  
  36. -Expert(s) to contact by email: Reizer J.
  37.                                 jreizer@ucsd.edu
  38.  
  39. -Last update: October 1993 / First entry.
  40.  
  41. [ 1] Reizer J., Reizer A., Saier M.H. Jr.
  42.      Submitted(1993).
  43.