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Text File  |  1995-03-04  |  1.8 KB  |  41 lines
  1. **********************************************
  2. * Serine proteases, omptin family signatures *
  3. **********************************************
  4.  
  5. Escherichia coli  protease  VII  (EC 3.4.21.87) (omptin) (gene ompT) [1] is an
  6. outer-membrane associated   protease  with  a  specificity  for  paired  basic
  7. residues. It  seems  to be a serine protease inhibited by zinc ions. Omptin is
  8. highly similar to the following proteins:
  9.  
  10.  - Salmonella  typhimurium  outer  membrane   protease E (gene pgtE) [2], also
  11.    specific for paired basic residues.
  12.  - Yersinia pestis coagulase/fibrinolysin  (plasminogen activator) (gene  pla)
  13.    [3]. This  enzyme  is  encoded  on  a  plasmid required  for the pathogenic
  14.    potential of the bacteria. It cleaves and activates plasminogen at the foci
  15.    of infection; this allows plasmin to degrade fibrin barriers thus promoting
  16.    the invasiveness of the plague bacteria.
  17.  - Escherichia coli outer membrane protease ompP [4].
  18.  
  19. The mature  forms of these enzymes are proteins of about 280 to 300 amino-acid
  20. residues. As signature patterns, we selected two well conserved regions in the
  21. central part of these proteins.
  22.  
  23. -Consensus pattern: W-T-D-x-S-x-H-P-x-T
  24. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  25. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  26.  
  27. -Consensus pattern: A-G-Y-Q-E-[ST]-R-[FYW]-S-[FYW]-[TN]-A-x-G-G-[ST]-Y
  28. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  29. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  30.  
  31. -Last update: June 1994 / Patterns and text revised.
  32.  
  33. [ 1] Sugimura K., Nishihara T.
  34.      J. Bacteriol. 170:5625-5632(1988).
  35. [ 2] Grodberg J., Dunn J.J.
  36.      J. Bacteriol. 171:2903-2905(1989).
  37. [ 3] Sodeinde O.A., Goguen J.D.
  38.      Infect. Immun. 57:1517-1523(1989).
  39. [ 4] Kaufmann A., Stierhof Y.-D., Henning U.
  40.      J. Bacteriol. 176:359-367(1994).
  41.