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Text File  |  1995-03-04  |  1.9 KB  |  39 lines
  1. ***********************************************
  2. * 2'-5'-oligoadenylate synthetases signatures *
  3. ***********************************************
  4.  
  5. 2'-5'-oligoadenylate synthetases [1] constitute a family of interferon-induced
  6. enzymes that bind double-stranded  RNA (dsRNA) and  polymerizes ATP into 2'-5'
  7. linked oligomers of adenosine (pppA(2'p5'A)n) (2-5A) of various lengths.   The
  8. 2-5A molecules activate a  latent  ribonuclease (Rnase L)  that  then  cleaves
  9. single-stranded  RNAs; as  a result  protein  synthesis  and  virus growth are
  10. inhibited.  Thus 2-5A synthetases  play  an  important  role  in the antiviral
  11. action of interferons.
  12.  
  13. Three distinct classes of 2-5A synthetases have been described that correspond
  14. to proteins of 40-46 Kd, 69-71 Kd, and 100 Kd.  The  40  and  46 Kd forms  are
  15. produced by alternative splicing of the same gene. The 69  and 71 Kd forms are
  16. also produced by alternative  splicing of a gene and  consist  of two adjacent
  17. homologous domains whose sequences are  highly similar to that of the 40/46 Kd
  18. forms. The sequence of the 100 Kd form is not yet known.
  19.  
  20. We  developed  two  signature patterns for these enzymes.   The  first spans a
  21. region rich in glycine  residues which has been proposed [2] to be part of the
  22. ATP-binding site.  The  second  signature  corresponds  to  a highly conserved
  23. region located in the C-terminal part of 2-5A synthetases proteins or domains.
  24.  
  25. -Consensus pattern: G-G-S-x-[AG]-[KR]-x-T-x-L-[KR]-[GST]-x-S-D-[AG]
  26. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  27. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  28.  
  29. -Consensus pattern: R-P-V-I-L-D-P-x-[DE]-P-T
  30. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  31. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  32.  
  33. -Last update: October 1993 / First entry.
  34.  
  35. [ 1] Hovanessian A.G.
  36.      J. Interferon Res. 11:199-205(1991).
  37. [ 2] Marie I., Hovanessian A.G.
  38.      J. Biol. Chem. 267:9933-9939(1992).
  39.