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Text File  |  1995-03-04  |  2.3 KB  |  48 lines
  1. ****************************
  2. * Transketolase signatures *
  3. ****************************
  4.  
  5. Transketolase  (EC 2.2.1.1) (TK)   catalyzes  the   reversible  transfer  of a
  6. two-carbon ketol unit from xylulose 5-phosphate to an aldose receptor, such as
  7. ribose 5-phosphate, to  form  sedoheptulose  7-phosphate and glyceraldehyde 3-
  8. phosphate. This enzyme, together with transaldolase, provides  a  link between
  9. the glycolytic and pentose-phosphate pathways.
  10.  
  11. TK requires thiamin pyrophosphate as a cofactor.  In most sources where TK has
  12. been purified, it is a homodimer of approximately 70 Kd subunits. TK sequences
  13. from a  variety  of  eukaryotic  and  prokaryotic  sources [1,2] show that the
  14. enzyme has been evolutionarily conserved.
  15.  
  16. In the peroxisomes of    methylotrophic yeast Hansenula polymorpha, there is a
  17. highly  related  enzyme, dihydroxy-acetone  synthase (DHAS) (EC 2.2.1.3) (also
  18. known as   formaldehyde   transketolase),   which   exhibits  a  very  unusual
  19. specificity by including formaldehyde amongst its substrates.
  20.  
  21. A  hypothetical 67.9 Kd  protein  encoded in  the  photosynthesis  cluster  of
  22. Rhodobacter capsulatus (ORF 641)  also  belongs  to  this  family.  Its  exact
  23. function is not yet known.
  24.  
  25. We selected two regions of TK as signature patterns. The first, located in the
  26. N-terminal section, contains a histidine residue which appears to  function in
  27. proton transfer  during  catalysis  [3].  The second, located in  the  central
  28. section, contains conserved acidic residues  that are part of the active cleft
  29. and may participate in substrate-binding [3].
  30.  
  31. -Consensus pattern: R-x(4)-[DEQ]-x(5,6)-[GST]-G-H-[PLIVM]-[GST]-x(3)-[GST]
  32. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  33. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  34.  
  35. -Consensus pattern: G-E-[DN]-G-[PA]-[ST]-[HQ]-x-[PA]-[LIVM]-E-x(2)-A-x(2)-R
  36. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  37.  for Rhodobacter capsulatus ORF 641.
  38. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  39.  
  40. -Last update: October 1993 / Patterns and text revised.
  41.  
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  48.