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Text File  |  1995-03-04  |  1.9 KB  |  37 lines
  1. ****************************************
  2. * Aminotransferases class-IV signature *
  3. ****************************************
  4.  
  5. Aminotransferases  share certain mechanistic features with   other  pyridoxal-
  6. phosphate dependent enzymes, such as  the  covalent  binding of the pyridoxal-
  7. phosphate group  to  a  lysine  residue.  On the basis of sequence similarity,
  8. these various  enzymes  can  be  grouped [1,2] into subfamilies. One of these,
  9. called class-IV, currently consists of the following enzymes:
  10.  
  11.  - Branched-chain amino-acid aminotransferase  (EC 2.6.1.42)  (transaminase B)
  12.    (gene ilvE), a bacterial enzyme which catalyzes the reversible transfer  of
  13.    an amino  group from 4-methyl-2-oxopentanoate to glutamate, to form leucine
  14.    and 2-oxoglutarate.
  15.  - D-alanine aminotransferase (EC 2.6.1.21). A Bacillus enzyme which catalyzes
  16.    the transfer of the amino group from D-alanine (and other D-amino acids) to
  17.    2-oxoglutarate, to form pyruvate and D-aspartate.
  18.  - 4-amino-4-deoxychorismate (ADC) lyase (gene pabC). A  bacterial enzyme that
  19.    converts ADC into 4-aminobenzoate (PABA) and pyruvate.
  20.  
  21. The above enzymes  are  proteins of about 270  to 300 amino-acid residues that
  22. share a few regions of sequence similarity.  Surprisingly, the  best conserved
  23. region does not include the  lysine residue  to  which the pyridoxal-phosphate
  24. group is  known  to  be  attached,  in  ilvE. The region we use as a signature
  25. pattern is located some 40 residues from the C-terminus of the PlP-lysine.
  26.  
  27. -Consensus pattern: N-[LIVM]-F-x(2)-K-x(3)-[LIVM]-[FY]-T-x(7)-[LIVM]-x-G-
  28.                     [LIVM]-x-R
  29. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  30. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  31. -Last update: December 1992 / First entry.
  32.  
  33. [ 1] Green J.M., Merkel W.K., Nichols B.P.
  34.      J. Bacteriol. 174:5317-5323(1992).
  35. [ 2] Bairoch A.
  36.      Unpublished observations (1992).
  37.