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Text File  |  1995-03-04  |  2.8 KB  |  54 lines
  1. ************************************************************
  2. * Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase signatures *
  3. ************************************************************
  4.  
  5. Enzymes that participate in the transfer of  one-carbon  units are involved in
  6. various biosynthetic pathways. In many of  these  processes  the  transfers of
  7. one-carbon units are mediated by the coenzyme  tetrahydrofolate (THF). Various
  8. reactions generate one-carbon derivatives of THF  which can be  interconverted
  9. between   different  oxidation  states  by  formyltetrahydrofolate  synthetase
  10. (EC 6.3.4.3),   methylenetetrahydrofolate   dehydrogenase   (EC 1.5.1.5)   and
  11. methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase (EC 3.5.4.9).
  12.  
  13. The dehydrogenase and cyclohydrolase activities are expressed  by a variety of
  14. multifunctional enzymes:
  15.  
  16.  - Eukaryotic C-1-tetrahydrofolate synthase (C1-THF synthase), which catalyzes
  17.    all three reactions  described above.  Two  forms  of C1-THF synthases  are
  18.    known [1],  one  is  located in the mitochondrial matrix,  while the second
  19.    one is cytoplasmic. In  both forms the  dehydrogenase/cyclohydrolase domain
  20.    is located in the N-terminal  section  of  the 900 amino acids protein  and
  21.    consists of about 300 amino acid residues.  The  C1-THF synthases are NADP-
  22.    dependent.
  23.  - Eukaryotic  mitochondrial  bifunctional  dehydrogenase/cyclohydrolase  [2].
  24.    This is  an  homodimeric  NAD-dependent  enzyme  of  about  300  amino acid
  25.    residues.
  26.  - Escherichia coli  folD [3].  FolD  is  an  homodimeric  bifunctional  NADP-
  27.    dependent enzyme of about 290 amino acid residues.
  28.  
  29. The sequence of the dehydrogenase/cyclohydrolase  domain  is highly  conserved
  30. in all forms of the enzyme.   As signature patterns  we selected two conserved
  31. regions.  The first one is located in the N-terminal part of these enzymes and
  32. contains three acidic residues.  The second pattern  is  a perfectly conserved
  33. sequence of 14 amino acids which is located in the C-terminal section. It must
  34. be noted  that it,  to  the  best  of  our  knowledge, the  longest  perfectly
  35. conserved protein sequence segment shared by prokaryotes and eukaryotes.
  36.  
  37. -Consensus pattern: [EQ]-x-E-[LIVM](2)-x(2)-[LIVM]-x(2)-[LIVM]-N-x-D-x(5)-
  38.                     [LIVMF](3)-Q-L-P-[LV]
  39. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  40. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  41.  
  42. -Consensus pattern: I-T-P-V-P-G-G-V-G-P-M-T-V-A
  43. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  44. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  45.  
  46. -Last update: October 1993 / Patterns and text revised.
  47.  
  48. [ 1] Shannon K.W., Rabinowitz J.C.
  49.      J. Biol. Chem. 263:7717-7725(1988).
  50. [ 2] Belanger C., Mackenzie R.E.
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  52. [ 2] d'Ari L., Rabinowitz J.C.
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  54.