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Text File  |  1995-03-04  |  1.7 KB  |  40 lines
  1. *****************************
  2. * WHEP-TRS domain signature *
  3. *****************************
  4.  
  5. A conserved domain of 46 amino  acids has been shown [1]  to exist in a number
  6. of higher eukaryote aminoacyl-transfer RNA synthetases. This domain is present
  7. one to six times in the following enzymes:
  8.  
  9.  - Mammalian multifunctional aminoacyl-tRNA synthetase. The domain is  present
  10.    three  times in  a  region  that  separates  the  N-terminal  glutamyl-tRNA
  11.    synthetase domain from the C-terminal prolyl-tRNA synthetase domain.
  12.  - Drosophila multifunctional aminoacyl-tRNA synthetase. The domain is present
  13.    six times in the intercatalytic region.
  14.  - Mammalian tryptophanyl-tRNA synthetase.  The  domain  is  found  at  the N-
  15.    terminal extremity.
  16.  - Bombyx mori glycyl-tRNA synthetase.  The domain is found  at the N-terminal
  17.    extremity [2].
  18.  - Mammalian histidyl-tRNA synthetase.  The domain is found  at the N-terminal
  19.    extremity.
  20.  
  21. This domain,  which  we  call  WHEP-TRS, could contain a central alpha-helical
  22. region and  may  play  a  role  in  the  association  of tRNA-synthetases into
  23. multienzyme complexes.
  24.  
  25. We developed a signature pattern based on the first 29  positions of the WHEP-
  26. domain.
  27.  
  28. -Consensus pattern: Q-G-[DE]-x-[LIV]-[KR]-x(2)-K-x(2)-[KN]-[AS]-x(4)-[LIV]-
  29.                     [DENK]-x(2)-V-x(2)-L-x(3)-K
  30. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  31.  for hamster histidyl-tRNA synthetase whose sequence  may be incorrect in that
  32.  region.
  33. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  34. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  35.  
  36. [ 1] Cerini C., Kerjan P., Astier M., Gratecos D., Mirande M., Semeriva M.
  37.      EMBO J. 10:4267-4277(1991).
  38. [ 2] Nada S., Chang P.K., Dignam J.D.
  39.      J. Biol. Chem. 268:7660-7667(1993).
  40.