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Text File  |  1995-03-04  |  1.5 KB  |  35 lines
  1. ************************************************************
  2. * Prokaryotic-type peptide chain release factors signature *
  3. ************************************************************
  4.  
  5. Peptide chain  release  factors (RFs) are  required  for  the  termination  of
  6. protein biosynthesis. RFs bind to ribosomes that have encountered a stop codon
  7. at their decoding site.  In prokaryotes there are at least two RFs that act in
  8. a codon  specific manner [1]: RF-1 (gene prfA)  mediates UAA and UAG-dependent
  9. termination while RF-2 (gene prfB) mediates UAA and UGA-dependent termination.
  10. RF-1 and RF-2 are  structurally  and  evolutionary related proteins which have
  11. been shown [2] to make up a family that also contains the following proteins:
  12.  
  13.  - Yeast MRF1, a mitochondrial RF which recognizes the UAA and UAG codons.
  14.  - Escherichia coli RF-H, a protein of unknown function.
  15.  
  16. We use as a signature pattern a highly conserved region located in the central
  17. part of these proteins.
  18.  
  19. -Consensus pattern: S-G-x-G-G-Q-H-V-N
  20. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  21. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  22.  
  23. -Note: RF-3 (gene prfC), the third  bacterial release factor,  does not belong
  24.  to this family, it is related to GTP-binding elongation factors.
  25.  
  26. -Expert(s) to contact by email: Tate W.
  27.                                 biocwpt@otago.ac.nz
  28.  
  29. -Last update: June 1994 / Text revised.
  30.  
  31. [ 1] Craigen W.J., Lee C.C., Caskey C.T.
  32.      Mol. Microbiol. 4:861-865(1990).
  33. [ 2] Pel H.J., Rep M., Grivell L.A.
  34.      Nucleic Acids Res. 20:4423-4428(1992).
  35.